基础篇 3
第一章 概述 3
第一节 本草基因组学的产生和发展 3
第二节 本草基因组学研究内容 8
第三节 本草基因组学的实践应用 12
参考文献 14
第二章 结构基因组学 17
第一节 中草药核基因组研究 18
第二节 中草药叶绿体基因组研究 40
第三节 中草药线粒体基因组研究 51
参考文献 64
第三章 转录组学 67
第一节 根及根茎类中草药转录组 69
第二节 皮类中草药转录组 78
第三节 叶及花果类中草药转录组 82
第四节 全草类中草药转录组 86
第五节 真菌类中草药转录组 91
参考文献 95
第四章 功能基因组学——天然产物生物合成途径解析 100
第一节 天然产物生物合成途径解析策略 101
第二节 萜类生物合成途径解析 104
第三节 生物碱类合成途径解析 110
第四节 黄酮类生物合成途径解析 116
参考文献 118
第五章 蛋白质组学 123
第一节 中草药蛋白质组研究 124
第二节 中药作用靶点的蛋白质组研究 128
参考文献 132
第六章 代谢组学 135
第一节 代谢组学研究方法 136
第二节 中草药鉴别和质量控制的代谢组学研究 139
第三节 中草药有效成分合成的代谢组学研究 144
第四节 中草药抗逆代谢组学研究 147
参考文献 148
第七章 表观基因组学 151
第一节 中草药非编码RNA 152
第二节 中草药DNA甲基化与RNA编辑 157
参考文献 162
第八章 宏基因组学 165
第一节 宏基因组学研究策略与应用前景 166
第二节 中草药土壤宏基因组 168
第三节 中草药内生菌宏基因组 177
参考文献 179
应用篇 185
第九章 药用模式生物研究 185
第一节 药用模式生物研究概述 186
第二节 药用模式真菌——灵芝 191
第三节 药用模式植物——丹参 196
第四节 其他相关模式生物 202
参考文献 204
第十章 中药合成生物学研究 208
第一节 中药合成生物学体系优化策略 208
第二节 萜类合成生物学研究 213
第三节 生物碱合成生物学研究 217
第四节 黄酮合成生物学研究 221
参考文献 223
第十一章 基因组辅助育种研究 229
第一节 基因组辅助优质高产中草药的选育 230
第二节 基因组辅助中草药抗逆育种 234
参考文献 237
第十二章 DNA鉴定研究 239
第一节 中药DNA条形码鉴定 241
第二节 叶绿体全基因组超级条形码 257
第三节 基于分子杂交等技术的中药鉴定 261
参考文献 268
第十三章 中药体内代谢基因组研究 270
第一节 中药基因组研究 272
第二节 肠道宏基因组研究 275
参考文献 278
第十四章 关键实验技术 281
第一节 中草药基因组关键技术 283
第二节 中药基因功能研究关键技术 290
第三节 蛋白质组学关键技术 295
第四节 代谢组学关键技术 298
第五节 合成生物学关键技术 300
参考文献 303
第十五章 生物信息学及数据库 305
第一节 生物信息学分析方法 306
第二节 基因组相关数据库 309
参考文献 313
索引 315