第一章 动物发育中的“调控基因组” 1
基本构架 1
DNA编码的调控装置 3
基因组、基因与基因组中的“间隔” 3
调控结构概述 8
基因调控网络 11
发育中的调控需求 16
发育特化中调控信息的解读与产生 16
基因表达的空间特异性 18
从区域特化到终末分化 21
演化、发育与调控基因组 27
第二章 顺式调控模块，调控逻辑的结构／功能基础 31
通用性规则 31
基因组顺式调控单位的基本特征——模块化 33
顺式调控模块内部的逻辑加工与输入／输出关系 47
顺式调控逻辑处理器：实例 48
靶位点结合率与转录输出 57
顺式调控逻辑编码的联合性 59
顺式调控设计 61
空间输入信息在顺式调控水平的整合 61
抑制性调控与顺式调控设计的多样性 68
顺式调控设计与发育中空间表达复杂性的产生 73
由相隔较远的顺式调控元件之间序列特异性相互作用产生的调控 78
发育与BTA的特异性 79
序列特异性的，基因内和基因间的染色体环化的调控功能 80
第三章 发育是一个调控状态特化的过程 87
原肠胚之前的发育过程 87
胚胎发生的单向性 88
体轴极性的母源性各向异性与外源因子诱导 90
空间调控的复杂性与卵裂球间的信号传递 94
区域化 100
胚胎发育与其背后的基因调控网络结构的比较研究 102
1型胚胎较简单的基因调控网络 103
更复杂的胚胎发育形式 109
成体结构建成中的调控状态与网络线路 114
胚后发育过程的步骤 114
前体域的概念 115
前体域调控状态的再分 121
躯体构型的发育与生物演化 122
第四章 发育中的基因调控网络：它们是什么，如何工作以及它们意味着什么 125
发育基因调控网络的一般性结构特征 126
网络的基本结构 127
从不同层次看基因调控网络：从支路到流程图 135
网络组件的质的多样性 136
扩展 140
胚胎发育中的基因调控网络 144
海胆的内中胚层调控网络 144
爪蟾胚胎中胚层特化中的基因调控网络 159
果蝇胚胎背腹轴区域特化中的基因调控网络 166
成体结构建成的网络调控 175
胰腺β细胞特化的调控网络 176
线虫味觉神经元终末分化调控网络中由小RNA介导的细胞命运排除 180
结论 184
第五章 基因调控网络：动物演化的因果性与多样性之根源 187
基因调控网络的结构与功能对于演化的启示 188
基因调控网络的构件与演化变异的性质 188
基因调控网络的改变可以引起林奈分类系统中不同层次的演化后果 195
两侧对称动物基因调控网络的核心单元，预测的与实际的情形 196
说明与一点提醒 197
两侧对称动物神经系统的区域特化 200
两侧对称动物的消化道 212
两侧对称动物心脏前体域特化过程中可能存在一个共有的调控核心 218
核心单元的分布 221
两侧对称动物躯体构型的种系内演化：hox基因作为可变的网络输入／输出开关 223
hox基因表达的多种功能性后果 223
几个例子：区域性抑制与图式化信息的输出及躯体结构多样性的演化 224
hox基因次级网络与空间演化 233
后生动物的起源与核心元出现之前的基因网络 235
按时间解析两侧对称动物的基因调控网络 235
结论与回顾：动物发育与演化的原理 239
参考文献 241
图版出处 275
索引 279