第一部分 基础篇 1
第1章 ImageJ概述 1
1.1 ImageJ简介 1
1.1.1功能简介 1
1.1.2应用前景 1
1.2 ImageJ安装与删除 2
1.2.1安装ImageJ 2
1.2.2删除ImageJ 5
1.3发布与更新 6
1.4帮助信息 6
1.4.1软件手册 6
1.4.2邮件列表和论坛 7
第2章 图像基本概念 8
2.1图像类型 8
2.1.1两种数字化图像形式 8
2.1.2两种图像压缩方式 8
2.2图像格式 9
2.2.1 ImageJ支持的格式 9
2.2.2使用插件支持的格式 10
2.2.3其他常用文件格式 11
2.3图像栈、虚栈和超栈 11
2.3.1图像栈 11
2.3.2虚栈 12
2.3.3超栈 12
2.4彩色图像 12
2.4.1真彩色图像 13
2.4.2伪彩色图像 13
2.4.3色彩模式 13
2.5图像信息与属性 16
2.5.1图像信息 16
2.5.2图像属性 16
第3章 图像处理基础 18
3.1图像增强与复原 18
3.1.1基本灰度增强 18
3.1.2直方图均衡 19
3.1.3空间滤波基础 19
3.1.4频域变换基础 20
3.1.5空间域图像去噪 23
3.1.6频率域滤波 24
3.2形态学图像处理 26
3.2.1膨胀和腐蚀 26
3.2.2开操作和闭操作 28
3.2.3基本形态学算法 28
3.3图像分割 30
3.3.1基础知识 30
3.3.2阈值分割 31
3.3.3区域分割 33
3.4分水岭图像分割 34
3.4.1基本算法 34
3.4.2改进算法 35
第二部分 应用篇 37
第4章 界面介绍 37
4.1 ImageJ工作环境 37
4.1.1标题栏 37
4.1.2菜单栏 37
4.1.3工具栏 38
4.1.4状态栏 38
4.1.5进度条 40
4.2弹出菜单 40
4.3结果表 42
4.4 ImageJ编辑器 43
4.5窗口显示 45
4.6用户设置 46
4.6.1基本设置 46
4.6.2高级设置 48
4.6.3其他 50
4.7首选项 50
第5章 文件操作 52
5.1新建 52
5.1.1新建图像 52
5.1.2图像栈 53
5.1.3超栈 53
5.1.4文本窗口 54
5.2打开与关闭 55
5.2.1打开文件 55
5.2.2打开样本 55
5.2.3打开最近文档 56
5.2.4 5.24重命名 56
5.2.5还原 57
5.2.6关闭所有 57
5.3导入 58
5.3.1图像序列 58
5.3.2原始图像 59
5.3.3查找表 60
5.3.4文本图像 60
5.3.5文本文件 61
5.3.6网页地址（URL） 61
5.3.7结果 61
5.3.8 AVI 61
5.3.9列表里的栈 62
5.3.10 TIFF虚拟栈 62
5.4保存和另存为 62
5.4.1常用图像格式 63
5.4.2原始数据格式 64
5.4.3文本图像保存 64
5.4.4图像序列格式 65
5.4.5查找表格式 65
5.4.6 XY坐标 65
5.4.7选取区域保存 65
5.4.8另存为结果 66
5.5页面设置和打印 66
5.5.1页面设置 66
5.5.2打印 66
5.6退出 67
第6章 区域选取与编辑 68
6.1区域选取 68
6.1.1矩形选取 68
6.1.2圆角矩形选取 69
6.1.3卵形选取 69
6.1.4椭圆选取 70
6.1.5刷子选取 70
6.1.6多边形选取 71
6.1.7自动选取 71
6.1.8魔法棒 71
6.2区域的编辑 72
6.2.1区域选取 73
6.2.2移动区域 73
6.2.3对区域进行缩放 73
6.2.4对区域进行变形 73
6.2.5区域填充 74
6.3选取区域操作 74
6.3.1拟合 74
6.3.2凸壳 76
6.3.3反选 76
6.3.4创建掩膜 77
6.3.5旋转 77
6.3.6创建条带 77
6.3.7其他选取命令 78
6.4其他工具 80
6.4.1点工具 80
6.4.2多点工具 81
6.4.3线选取 82
6.4.4角度 84
6.4.5文本 84
6.4.6放大镜 84
6.4.7滚动工具 85
6.4.8颜色拾取器 85
第7章 编辑图像 86
7.1基本命令 86
7.1.1剪切 86
7.1.2复制和复制到系统 86
7.1.3粘贴和粘贴控制 86
7.1.4撤销和恢复 87
7.1.5清除图像 88
7.1.6绘制 88
7.1.7取反 88
7.2颜色通道 89
7.2.1通道工具 89
7.2.2分裂通道 89
7.2.3合并通道 89
7.2.4图像栈转为RGB彩色图像 90
7.2.5构建复合图像 90
7.3图像颜色类型转换 91
7.3.1颜色拾取器 91
7.3.2颜色类型转换 91
7.3.3显示查找表 93
7.3.4编辑查找表 93
第三部分 提高篇 94
第8章 修改图像 94
8.1基本修改 94
8.1.1裁剪和复制 94
8.1.2缩放 95
8.1.3变换 97
8.2高级调整 99
8.2.1亮度和对比度调整 99
8.2.2窗口与灰度级调整 101
8.2.3色彩平衡 102
8.2.4阈值处理 103
8.2.5调整图像和画布尺寸 105
8.3覆盖和查找表 106
8.3.1覆盖 106
8.3.2查找表 109
第9章 图像栈及其操作 110
9.1图像栈基本操作 110
9.1.1切片的操作 110
9.1.2图像与图像栈 111
9.1.3制作Montage图 112
9.1.4正交视图 113
9.1.5投影 114
9.1.6其他栈操作 115
9.2工具集 117
9.2.1简单图像栈操作 117
9.2.2 Montage图像到图像栈 119
9.2.3创建子图像栈 119
9.2.4归并Z投影 119
9.2.5动画选项 120
9.3超栈 120
9.3.1新建超栈 120
9.3.2图像栈与超栈 120
9.3.3降维操作 122
9.3.4通道操作 122
第四部分 精通篇 124
第10章 空域图像处理 124
10.1平滑 124
10.2锐化处理 126
10.3获取边缘和最大值 127
10.3.1获取边缘 127
10.3.2获取最大值 128
10.4对比度增强 129
10.5噪声处理 130
10.6阴影处理 132
10.7二值化处理 133
10.7.1二值化图像的生成 133
10.7.2形态学处理 136
10.8算术运算 138
第11章 频域图像处理 140
11.1频域变换 140
11.2使用滤波器 144
11.3其他处理方法 148
11.3.1批处理 148
11.3.2图像计算器 150
11.3.3减背景 151
11.3.4重复命令 153
第12章 图像分析 154
12.1测量与分析 154
12.1.1测量 154
12.1.2分析粒子 155
12.2汇总与分布 158
12.2.1汇总 158
12.2.2分布 158
12.3设置测度和尺度 159
12.3.1设置测度 159
12.3.2设置尺度 161
12.4绘制剖面图和表面 162
12.4.1绘制剖面图 162
12.4.2绘制表面 162
12.5图胶 164
12.6工具集 167
12.6.1保存XY坐标 167
12.6.2分形盒子计数 168
12.6.3曲线拟合 169
12.6.4 ROI管理器 170
12.6.5尺寸条 172
12.6.6校正条 173
12.6.7分析线状图 173
12.7其他功能 174
12.7.1加标签 174
12.7.2校正 174
12.7.3直方图 176
第五部分 扩展篇 178
第13章 ImageJ扩展 178
13.1宏 178
13.1.1什么是宏 178
13.1.2打开宏文件 178
13.1.3运行宏 179
13.1.4安装宏 179
13.1.5新建宏 182
13.1.6宏记录器 183
13.1.7调试宏 184
13.2宏函数 186
13.2.1宏语言 186
13.2.2宏函数 186
13.3插件 188
13.3.1概述 188
13.3.2创建插件 189
13.3.3调用插件 193
13.4脚本 194
13.4.1脚本 194
13.4.2脚本创建及运行 194
13.4.3打开脚本 196
13.4.4优缺点 197
第14章 应用实例 198
14.1实例一 图像灰度分析 198
14.1.1打开图像 198
14.1.2灰度直方图 199
14.2实例二 图像分割 201
14.2.1阈值分割 201
14.2.2边缘提取 203
14.3实例三 三维可视化 203
14.3.1导入序列图 204
14.3.2构建3D模型 204
14.3.3三维切割 206
14.4实例四 目标计数 208
14.4.1导入图像 208
14.4.2阈值设置 208
14.4.3细胞计数 209
14.5实例五 区域物理面积计算 211
14.5.1预处理 211
14.5.2设定比例尺 211
14.5.3测量线长度 213
14.5.4测量区域面积 214
14.6实例六 三维体积计算 217
14.6.1导入序列 217
14.6.2阈值处理 217
14.6.3面积计算 218
14.6.4累加法计算体积 220
附录 快捷键与转意键 221
参考文献 227