第一部分 信息框架与数据源 3
第一章 实时公共卫生生物监测：体制和政策因素 3
1引言 3
2背景 4
3生物监测中的政策因素 7
4实现集成且实时的生物监测 9
5结论与讨论 12
供讨论的问题 12
第二章 设计符合伦理道德的生物监测：Argus项目 16
1引言 16
2背景 16
3综述——信息保护 17
4方法 19
5结果和分析 24
6结论 26
致谢 26
供讨论的问题 27
第三章 使用急诊数据进行生物监测：北卡罗来纳州的经验 30
1引言 30
2文献回顾 31
3将急诊数据归类到症候群的技术方法 33
4北卡罗来纳州的生物监测 35
5结论 41
供讨论的问题 41
第四章 生物监测的临床实验室数据 45
1引言 45
2监测类型 45
3结论和讨论 54
供讨论的问题 54
第五章 基于兽医诊断实验室的生物监测 58
1引言 58
2人畜共患病暴发的疫情监测 59
3提高疫情暴发探测能力 61
4结论 67
供讨论的问题 67
第二部分 监测分析 73
第六章 探测传染病暴发的马尔可夫转换模型 73
1引言 73
2马尔可夫转换模型 74
3贝叶斯推理：概述 78
4马尔可夫转换模型的条件后验分布 83
5案例分析 88
6结论 90
供讨论的问题 91
第七章 基于多源监测数据的事件探测：多元、多流和多维分析方法 93
1引言 93
2多变量分析 94
3多流分析 98
4多维分析 102
5结论 105
致谢 105
供讨论的问题 105
第八章 提高生物监测性能的算法集合：单变量监测 109
1引言 109
2控制图和生物监测 110
3数据和疾病暴发 112
4联合模型 114
5实践学习和结果 116
6结论 120
致谢 120
供讨论的问题 120
第九章 空间和时间建模：可视化和协作框架 122
1引言 122
2建模：概述 122
3关于STEM 123
4结论 130
致谢 130
供讨论的问题 130
第十章 利用空间和时间聚类方法对传染病进行监测和流行病学分析 133
1引言 133
2目前常用于空间、时间和时空聚类分析的方法 134
3利用传染病流行病学中的空间聚类方法进行病例研究 141
4总结、局限和未来方向 145
致谢 147
供讨论的问题 148
第十一章 国家生物监测系统中的年龄调整：生物监测中的年龄调整问题调查和分析工具 151
1介绍 151
2数据源标准 153
3评估疾病年龄模式的图形工具 155
4年龄调整的分析工具 158
5结论 163
致谢 163
供讨论的问题 163
第十二章 免疫和生物监测研究中的建模 166
1引言 166
2免疫接种项目的建模 167
3可免疫预防疾病生物监测的数学模型 174
致谢 177
供讨论的问题 177
第十三章 生物监测中的自然语言处理：面向临床诊断文本报告的探测与特征抽取 180
1引言 180
2生物监测的数据源 181
3临床文本数据源进行监测 183
4结论和讨论 196
致谢 196
供讨论的问题 196
第十四章 生物恐怖相关文献的知识地图绘制 201
1引言 201
2文献综述 202
3研究设计 207
4研究测试平台 208
5分析结果和讨论 210
6结论 218
致谢 218
供讨论的问题 219
第十五章 接触追踪的社会网络分析 222
1引言 222
2社会网络分析中的网络可视化和相关度量法 223
3流行病学中的社会网络分析 224
4案例分析：台湾的非典型肺炎暴发疫情 228
5结论 233
致谢 233
供讨论的问题 234
第三部分 应急响应与个案研究 239
第十六章 多智能体生物学模型和化学威胁 239
1引言 239
2为什么是多智能体建模 239
3 BioWar 240
4说明性结果 247
5验证问题 248
6结论 249
致谢 249
供讨论的问题 250
第十七章 综合卫生预警与报告：纽约州的案例研究 253
1引言 253
2卫生预警与报告系统的基本结构 254
3卫生预警与报告系统的需求 254
4案例研究 261
5讨论 265
6结论 266
致谢 267
供讨论的问题 267
第十八章 公共卫生准备的信息学框架设计和执行：来自模拟流感暴发演练的证据 270
1引言 270
2用于卫生信息交换的信息学模型框架 273
3用于健康信息交换和公共卫生准备整体支持的纽约州信息学框架 273
4在全面演练中评估框架响应 276
5讨论和经验教训 286
6结论 287
致谢 288
供讨论的问题 288
第十九章 系统评估和用户技术采纳：BioPortal案例研究 292
1引言 292
2 BioPortal的概述 293
3基于实验的评价研究和关键结果 294
4一项现场用户研究和关键结果 297
5结论 299
供讨论的问题 299
第二十章 北海道八国峰会的症状监测 304
1引言 304
2背景 305
3方法 305
4结果 310
5总结与讨论 311
6日本实验层次上的其他症状监测系统 312
致谢 316
供讨论的问题 316