第1章 基因组学 1
1.1基因组学的定义 1
1.2基因组学的分类 1
1.3基因组学研究现状 2
1.4研究功能基因组学的挑战 5
1.5我国基因组学研究进展 7
第2章 生态与环境基因组学 8
2.1生态与环境基因组学的含义 8
2.2生态与环境基因组学的研究对象 8
2.3生态与环境基因组学研究的主要项目 10
2.4生态与环境基因组学研究的意义 11
第3章 模式生物基因组学 13
3.1模式生物的定义 13
3.2模式生物基因组研究进展 13
3.3模式生物的基因工程 14
第4章 水体基因组学——海洋环境生态基因组学 26
4.1水体的概念 26
4.2水体污染治理方法与现状 26
4.3宏基因组学研究方法进展 27
第5章 土壤基因组学 33
5.1土壤宏基因组文库 33
5.2土壤宏基因组文库的筛选技术 35
5.3宏基因组测序及数据分析 36
5.4基于宏基因组的微生物生态学与环境学分析 38
5.5宏基因组学在土壤微生物生态学中的应用与展望 40
第6章 环境中的病原微生物基因组学 43
6.1通过基因组测序和功能注释研究细菌致病机理 43
6.2利用比较基因组学研究细菌致病性 47
第7章 生态与环境基因组学研究方法 55
7.1基因芯片 55
7.2 DNA微阵列的原理与应用 60
7.3荧光原位杂交技术 71
7.4基因差异表达研究技术 81
第8章 生态环境中的微生物群落功能基因与表达分析 91
8.1环境微生物群落功能基因与定位 91
8.2环境微生物群落功能基因表达分析 102
第9章 生态环境中的抗逆、抗病基因 132
9.1植物在生态环境中的抗逆机制 132
9.2生态环境中的植物抗逆基因工程研究进展 133
9.3植物抗逆相关基因的分离 135
9.4植物在生态环境中的抗病研究 140
9.5植物抗病基因工程的原理 142
第10章 生态环境中的毒理基因组学 145
10.1生态环境中毒理基因组学的产生 145
10.2毒理基因组学的特点 146
10.3生态与环境中的毒理基因组学技术支持 147
10.4毒理基因组学的生物平台 148
10.5毒理基因组学的应用 149
10.6毒理基因组学在生态风险评价方面的应用 150
10.7毒理基因组学目前尚待解决的问题 151
10.8 MicroRNA毒理基因组学的优势和挑战 154
10.9结论与展望 155
第11章 基因组学在生态环境中的催化和降解作用 156
11.1生物降解 157
11.2生物催化 163
11.3生物催化和生物降解的信息学 165
11.4总结 166
第12章 基因组学在环境中对抗菌药物的发现及影响 167
12.1抗生素药物筛选简介 167
12.2抗生素药物发现的历史进程 168
12.3新药物开发所遇到的挑战 169
12.4微生物基因组学和药物靶点的筛选 173
12.5确定治疗用途：药物靶点筛选和验证 178
12.6基因组学和毒理学：毒物基因组学的产生 184
12.7总结 186
第13章 基因组学与酶的发现和疫苗开发 188
13.1酶的发现 188
13.2疫苗的开发 196
第14章 生态与环境基因组展望 204
14.1基因组发展的领域 204
14.2基因组学在生态环境中的实际应用 211
参考文献 217