第一章 猪、鸡生长发育的功能基因组 1
第一节 猪、鸡肌肉生长发育相关机制的研究 1
一、采用组学方法对猪、鸡肌肉生长发育分子机制的研究 1
二、采用候选基因方法对猪、鸡肌肉生长发育性状的研究 16
第二节 猪、鸡脂肪生长发育的功能基因研究 21
一、猪的Caveolin基因家族 21
二、猪Wnt信号通路和microRNA在调控脂肪生成中的作用 24
三、脂蛋白脂肪酶基因多态性与脂肪性状关联分析 25
第三节 猪、鸡性腺对生长发育调控的研究 28
一、雄性性腺对猪肌肉和脂肪组织生长发育调控的研究 29
二、性腺对公鸡生长发育影响的研究 35
第四节 藏鸡低氧适应机制的研究 39
一、采用组学方法对藏鸡低氧适应机制的研究 40
二、采用候选基因法对藏鸡低氧适应性机制的研究 52
参考文献 59
第二章 猪、鸡品质性状形成的分子机制 60
第一节 猪品质性状形成的分子机制 60
一、部分地方品种和引进品种肉质性状测定 60
二、品质差异品种和不同生长发育阶段组织中基因表达差异研究 65
三、猪肌肉组织差异蛋白质组学研究 91
四、猪品质性状的候选基因和分子标记研究 98
五、猪品质性状相关印记基因的研究 110
六、猪肌肉细胞系的建立以及品质性状相关基因的RNA干扰研究 113
七、复杂性状与基因组多位点的关联分析方法研究 116
第二节 鸡品质性状形成的分子机制 116
一、蛋品质性状测定与遗传参数估计 116
二、应用高通量的检测方法筛选蛋品质性状候选基因 119
三、鸡蛋鱼腥味易感基因FMO3的研究 125
四、鸡脂肪代谢功能基因的研究 127
五、鸡肌纤维发育的分子机制研究 134
参考文献 139
第三章 繁殖性状形成的遗传机制 143
第一节 家猪繁殖性状基因位点的遗传解析 143
一、大规模“白色杜洛克猪×二花脸猪”F2/F3资源群体的构建及繁殖性状表型测定 143
二、遗传图谱的构建和QTL定位统计分析 153
三、繁殖性状QTL定位 159
四、繁殖性状QTL精细定位和候选基因研究 169
五、母猪杀婴行为表型极端个体下丘脑差异表达基因的分离 184
六、候选基因影响母猪杀婴行为的表观遗传机制研究 184
第二节 性别决定、分化及生殖细胞的发育 184
一、性别决定和分化的机制 185
二、雄性生殖细胞的发育 201
三、雌性生殖细胞的发育 216
小结 231
参考文献 231
第四章 抗病和抗逆基因的克隆分析 246
第一节 猪免疫性状的QTL精细定位 246
一、猪资源群体的构建 246
二、资源群体免疫性状的测定与分析 246
三、猪免疫指标QTL全基因组扫描分析 247
四、后续研究：基于高密度SNP芯片的全基因组关联分析 250
第二节 猪腹泻抗性基因的克隆分析 252
一、F4体外黏附表型 252
二、SSH差异表达基因分析 253
三、腹泻候选基因Muc4关联分析 254
四、F4受体基因精细定位 255
五、大肠杆菌K88ad受体全基因组扫描 256
六、大肠杆菌F18受体候选基因α1-岩藻糖转移酶基因分析 256
七、K88ac受体候选基因Muc4突变与表达的关系 256
八、差异蛋白质组学方法，筛选腹泻候选基因 256
九、后续研究：大肠杆菌F4和F18受体候选基因Muc4、FUT1基因功能验证 257
第三节 猪抗病、抗逆候选基因的克隆分析 257
一、CD14基因的克隆、定位、组织表达 257
二、TLR4基因的定位、组织表达 257
三、SLC11A和BPI基因的组织表达及与免疫性状关联分析 259
四、低分子质量多肽2、低分子质量多肽7（LMP2、LMP7）基因的克隆分析 260
五、MECL-1的克隆分析 263
六、猪能量代谢功能基因的克隆分析 264
第四节 鸡抗逆基因的分子遗传基础和克隆分析 267
一、蛋壳膜抑菌作用的分子机制 267
二、不同品种鸡蛋清抗菌性研究 267
三、鸡色素性状的分子遗传学基础及其抗逆保护作用 269
参考文献 273
第五章 重要复杂性状的比较基因组 275
第一节 猪重要复杂性状基因功能及调控网络的研究 275
一、猪比较基因组学和比较转录组学研究 276
二、基因网络分析 278
三、比较蛋白质组学研究 280
四、复杂性状重要基因、通路及调控规律的功能分析 281
第二节 猪肌肉及胎盘发育相关的功能基因及microRNA研究 295
一、猪肌肉发育相关重要功能基因研究 295
二、猪肌肉发育相关microRNA克隆与表达研究 297
第三节 鸡脂肪组织生长发育重要基因的筛选及其功能研究 306
一、影响鸡脂肪组织生长发育的重要基因的筛选 307
二、重要基因的功能研究 311
第四节 绵羊和山羊高繁殖力候选基因研究及应用 316
一、绵羊和山羊BMPR-IB基因的研究 318
二、绵羊和山羊BMP15基因的研究 322
三、绵羊和山羊GDF9基因的研究 325
四、小尾寒羊BMPR-IB和BMP15基因协同作用的研究 327
小结 328
参考文献 329
第六章 表观遗传和miRNA影响性状形成的机制 332
第一节 表观遗传、miRNA及siRNA研究 332
一、在全基因组范围内研究并论证了G4 DNA与基因表达调控的关系 332
二、红色原鸡和AA鸡全基因组甲基化模式及基因表达研究 333
三、鸡miRNA调控表达机制的研究 335
四、miR-15a、miR-144参与鸡胚肺通气调控及低氧胁迫应答的研究 336
五、利用RNA干扰对鸡黑色素沉积相关基因Slc24a5的功能研究 338
六、miR-122与肝脏功能的关系 339
七、CLB处理的香猪肌肉组织中microRNA的差异表达 339
八、miRNA在猪卵母细胞成熟过程中的作用 340
九、双肌羊与湖羊miRNA表达差异分析 341
十、鸡中一种新的非编码RNA的研究 341
第二节 重要功能基因的定位及解析 343
一、精确定位并系统揭示了鸡类胰岛素生长因子-I单碱基突变是影响鸡生长和屠体性状的重要主效基因 343
二、影响乌骨鸡“十全”性状的基因定位 343
三、通过位置候选克隆的分析策略，进一步研究揭示了鸡类胰岛素生长因子-I单碱基突变是影响鸡生长和屠体性状的主效基因 343
四、藏鸡低氧适应遗传与生理机制的研究 343
第三节 利用DNA芯片技术对重要基因表达调控的研究 345
一、利用DNA芯片技术研究了猪卵泡不同发育时期的基因表达谱，为揭示卵泡发育的分子调控机制奠定基础 345
二、利用DNA芯片开展盐酸克伦特罗减少猪脂肪积累分子机制的研究 346
三、建立利用DNA芯片进行高通量和大规模的、依赖于全基因组图谱选择（map-based selection）方法，分析重要经济性状基因的表达调控规律 346
四、建立利用DNA芯片进行高通量和大规模的、依赖于全基因组图谱选择方法，分析家鸡起源研究 347
参考文献 348
第七章 鸡、猪重要经济性状的分子改良 349
第一节 北京油鸡和乌鸡选择试验及候选基因研究 349
一、试验鸡群选择试验 349
二、鸡生长和繁殖性状候选基因的寻找及确定 353
三、生长和繁殖性状候选基因关联分析 353
四、候选基因SNP的功能验证 358
第二节 杏花鸡生长、肉质与繁殖性状的标记辅助选择试验 359
一、杏花鸡选择试验 360
二、杏花鸡重要经济性状的遗传基础研究 365
第三节 鸡抗病性状研究 370
一、单核细胞吞噬指数与鸡的抗病力 370
二、单核细胞高吞噬力交配组合获得的G1代抗病能力显著提高 377
三、单核细胞高吞噬力组合对G1代繁殖及生长性能的影响 378
四、单核细胞高吞噬特性影响抗病力初探 379
第四节 猪重要经济性状候选基因分离克隆与功能分析 380
一、猪重要经济性状候选基因分离与克隆 380
二、抗素降低肝细胞葡萄糖耐受和增强胰岛素抵抗功能研究 382
三、ChREBP和ACC1在肝细胞糖／脂代谢调控中的作用 392
四、脂联素介导的脂肪积累调控研究 400
五、成熟脂肪细胞中脂联素基因表达的脂肪酸应答调控 408
参考文献 413