第一篇 组合合成 9
第一章 组合高效有机合成法的发展及应用 9
1.1 简介 9
1.2 非编码的组合合成 10
1.2.1 微量分析 10
1.2.2 解析 11
1.3 编码组合合成 13
1.3.1 化学编码 14
1.3.2 非化学编码及直接的分类 18
1.4 非化学编码在组合合成中的应用 23
1.4.1 合成taxoid，epothilone和muscone化学库 23
1.4.2 tyrphostin库的合成 28
1.4.3 条码微反应器：一个低聚核苷酸合成例子 31
1.5 总结 31
第二章 多样性导向的有机合成在组合化学中的应用 37
2.1 有生物活性天然产物的组合合成 37
2.2 组合化学库合成的基本策略 38
2.3 新型高效合成苯并呋喃、黄酮类化合物骨架的策略 40
2.3.1 一种新型高效合成2，3二取代苯并呋喃的策略及其在固相合成中的应用 40
2.3.2 一种新型高效合成黄酮骨架类化合物的策略 48
2.3.3 一种新型高效合成benzo[b]furo[3，4-d]furan-1-ones的策略 51
2.3.4 一种新型高效合成2-取代-3-芳酰基苯并呋喃类化合物的策略 54
2.3.5 新型高效合成4-取代香豆素类化合物的策略 58
2.4 总结 63
第三章 采用液相和均相方法设计、合成化学库 73
3.1 前言 73
3.2 基本液相组合化学 73
3.3 多组分反应 77
3.4 固相载体参与的液相合成：试剂树脂和清洁树脂 78
3.5 均相合成 82
3.6 结论 85
第四章 化学合成库中的固相载体和连接桥以及固载化试剂 88
4.1 固相载体 88
4.1.1 聚苯乙烯树脂 88
4.1.2 TentaGel（TG）树脂 89
4.1.3 其他固相载体 90
4.2 连接桥 90
4.2.1 对酸及亲电试剂敏感的连接桥 91
4.2.2 对碱和亲核试剂敏感的连接桥 101
4.2.3 对光敏感的连接桥 107
4.2.4 对氧化敏感的连接桥 108
4.2.5 对还原敏感的连接桥 109
4.2.6 过渡金属催化开裂的连接桥 111
4.2.7 对酶敏感的连接桥 112
4.3 用于液相合成的固载化试剂 113
4.3.1 净化剂 114
4.3.2 固定在高分子聚合物上的试剂 116
[附录]各种缩写符号 122
第五章 Mimotopes的SynPhaseTM固相合成技术及其在组合化学中的应用 133
5.1 简介 133
5.2 SynPhase固相载体的性能与特点 134
5.3 SynPhase固相载体在固相多肽合成中的应用 136
5.4 SynPhase固相载体在有机小分子固相合成中的应用 141
5.5 连接桥分子在SynPhase固相载体上的应用 150
5.6 标签技术在SynPhase固相合成中的应用 154
5.7 其他 158
5.8 结束语 158
第二篇 高通量分析及纯化 165
第六章 组合化学合成中的分析方法 165
6.1 前言 165
6.2 可行性研究过程中的分析方法 165
6.2.1 固相载体上的分析方法 165
6.2.2 解离后分析 170
6.3 分析方法的可行性和预实验 171
6.3.1 结构确认 171
6.3.2 纯度测定 172
6.3.3 产率分析 173
6.4 结束语 174
第七章 质谱和液相色谱质谱技术在组合化学中的应用 176
7.1 高通量的LC/MS方法和仪器 176
7.1.1 FIA-MS与LC/MS 176
7.1.2 高通量的LC/MS系统 178
7.1.3 “通用的”HPLC方法 180
7.1.4 LC-TOF和MUX-LCT 184
7.2 化学合成条件探索阶段的开放式LC/MS系统 185
7.3 用于组合化学库质量控制的LC/MS 188
7.4 LC/MS系统在混合物解析中的应用 191
7.5 用于新药发现过程中的一些新的质谱技术 194
7.5.1 精确质谱的测量 194
7.5.2 利用MS对化合物的纯化 197
第八章 组合化学中的高通量分析与高通量纯化技术 202
8.1 高通量分析 203
8.1.1 快速梯度HPLC系统 203
8.1.2 新型快速分离色谱柱——硅胶棒色谱柱 205
8.1.3 多通道LC-MS系统 208
8.1.4 定量分析系统 210
8.1.5 高通量定性定量分析系统 214
8.2 高通量纯化 215
8.2.1 平行闪电式纯化系统 216
8.2.2 平行制备型HPLC系统 218
8.2.3 质谱导引自动纯化系统 219
第三篇 组合合成与生物筛选的整合 225
第九章 “一珠一化合物”组合化学法 225
9.1 前言 225
9.2 多肽化学库的合成 227
9.2.1 配制氨基酸溶液 227
9.2.2 线性多肽化学库的合成 228
9.2.3 合成二硫键环化化学库 230
9.2.4 合成Lys和Glu侧链环化肽化学库 231
9.3 化学库的筛选 233
9.3.1 受体连接到酶上的酶联显色筛选 234
9.3.2 用酶联第二抗体报告未标记的受体与树脂上化合物之间的相互作用 235
9.3.3 显色法和同位素标记法交叉筛选合成化学库 236
9.3.4 筛选蛋白质激酶底物 238
第十章 “一珠一化合物”组合化学方法筛选抗万古霉素耐药菌活性化合物 241
10.1 实验部分 241
10.1.1 实验材料 241
10.1.2 固相合成biotinylated-linker-L-Lys（Ac）-D-Ala-D-lactate（BKal）和3-（4-hydroxyphenyl）propionic acid amide-Linker-L-Lys（Ac）-D-Ala-D-lactate（HKal）探针化合物 242
10.1.3 固相合成biotinylated-linker-L-Lys（Ac）-D-Ala-D-Ala（BKaa）和3-（4-hydroxyphenyl）propionic acid amide-linker-L-Lys（Ac）-D-Ala-D-Ala（HKaa）探针化合物 243
10.1.4 固相合成diacetyl-L-Lys-D-Ala-D-lactate（DKal） 243
10.1.5 碘化HKal和HKaa 243
10.1.6 以BKal和125I-HKal作为探针正交筛选“一珠一化合物”化学库 244
10.1.7 利用19种天然L-构型氨基酸（半胱氨酸除外）在TentaGel树脂上合成“一珠一化合物”肽库 245
10.1.8 多肽化合物的合成及纯化 245
10.1.9 活性肽骨架的非肽衍生化 245
10.1.10 易感性抑菌实验 246
10.2 结果与讨论 247
10.3 结论 254
第十一章 液相法合成1，5二烷氨基2，4二硝基苯化学库及从该库中筛选鉴定新的抑菌化合物 256
11.1 前言 256
11.2 实验结果 256
11.2.1 化学库的设计和合成 256
11.2.2 偶联反应的高效性 258
11.2.3 从化学库中筛选抑菌剂 261
11.3 讨论 264
11.4 实验部分 264
11.4.1 化学库的合成 264
11.4.2 液相合成单一化合物 265
11.4.3 固相合成活性化合物 265
11.4.4 抑菌实验 265
11.4.5 最小抑制浓度（MIC）和最小被抑制细菌的浓度（MBC） 266
第十二章 “集束网袋”组合合成法的发明以及胞壁酰二肽模板化合物化学库的合成 267
12.1 固相合成胞壁酰二肽衍生物 267
12.2 “集束网袋”组合合成法以及胞壁酰二肽模板化合物化学库的合成 270
12.2.1 制作“集束网袋” 270
12.2.2 MDP类似物与促吞噬肽衍生物的共轭物的合成 271
12.2.3 二肽N端及C端接枝各种羧酸的MDP类似物的合成 271
12.2.4 MDP的环肽类似物的合成 272
12.2.5 结果与讨论 272
12.2.6 结论 279
12.3 以胞壁酰二肽为模板化合物化学库的构建及筛选 280
12.3.1 第一代以胞壁酰二肽为模板骨架的化学库设计及合成 280
12.3.2 第二代以胞壁酰二肽为模板化合物化学库的设计及合成 282
12.3.3 化学库的初步筛选结果——体外激活巨噬细胞及吞噬小鼠肿瘤细胞的能力 282
第十三章 系统研究水蛭素活性C端的构效关系 285
13.1 前言 285
13.2 实验 286
13.2.1 材料 286
13.2.2 多肽合成 286
13.2.3 纤维蛋白原凝固实验 287
13.2.4 酰胺水解实验 287
13.3 结果和讨论 288
13.3.1 多肽合成 288
13.3.2 活性多肽的筛选 289
13.3.3 化学库的合成 292
13.3.4 化学库的纤维蛋白原的裂解凝固实验 292
13.3.5 酰胺水解实验 295
13.4 结论 297
第十四章 人脑乙酰胆碱酯酶的抗原表位研究 300
14.1 前言 300
14.2 材料与方法 300
14.2.1 材料和试剂 300
14.2.2 人脑AChE的分离纯化及鉴定 300
14.2.3 小鼠抗人脑AChE抗血清的制备和纯化 301
14.2.4 人脑AChE抗原肽库的构建 301
14.2.5 人脑AChE抗原表位的识别 301
14.2.6 人AChE抗原表位的计算机辅助预测 302
14.2.7 兔抗电鳐电器官AChE多克隆抗体的制备及纯化 302
14.2.8 电鳐电器官AChE多克隆抗体与人脑AChE的抗原合成十肽的免疫交叉反应性 302
14.3 结果 303
14.3.1 纯化的人脑AChE的鉴定 303
14.3.2 鼠抗人脑抗血清的纯化及鉴定 304
14.3.3 多肽合成 304
14.3.4 人脑AChE抗原表位的识别 305
14.3.5 人AChE抗原表位的预测 307
14.3.6 兔抗电鳐电器官AChE抗血清的纯化及鉴定 308
14.3.7 抗电鳐电器官AChE多克隆抗体与人脑AChE的抗原十肽的免疫反应性 309
14.4 讨论 312
第四篇 筛选与生物靶点 319
第十五章 抗艾滋病毒化疗药物的体外筛选 319
15.1 前言 319
15.2 实验部分 326
15.2.1 材料 326
15.2.2 评价药物抗HIV-1活性的方法 327
15.2.3 评价两个药物抗HIV-1的协同活性的方法 330
15.2.4 淋巴细胞增生测定 333
第十六章 新药发现和筛选的药靶选择 336
16.1 新药发现和筛选的一般特点 336
16.1.1 现代制药工业的特点 336
16.1.2 新药的来源和研发过程 339
16.1.3 新技术和新方法可能改变新药的来源和研发方式 340
16.1.4 互补的方法是最“合理”的药物设计方法 341
16.2 后基因组时代新药研发的特征和对策 342
16.2.1 选择正确的药靶是新药研发过程中最关键的决定 342
16.2.2 药靶的分类和选择药靶的标准 345
16.2.3 药靶的检验和确认 347
16.3 细胞膜G蛋白偶合受体作为药靶 348
16.3.1 作为药靶的G蛋白偶合受体家族的结构特点 349
16.3.2 G蛋白偶合受体信号传递通道和分子药靶 350
16.3.3 细胞跨膜G蛋白偶合受体亚型为药靶 353
16.3.4 以偶联化的G蛋白偶合受体或受体亚型为药靶 354
16.3.5 为孤立性G蛋白偶合受体寻找配基 355
16.4 细胞膜离子通道蛋白作为药靶 358
16.4.1 离子通道的一般结构和功能特点 359
16.4.2 离子通道基因突变引起离子通道病 360
16.4.3 细胞膜离子通道蛋白作为药靶 369
16.5 细胞膜生长因子受体和信号传递通道成分作为药靶 372
16.5.1 生长因子及其受体的结构特点 372
16.5.2 信号传导通道，信号功能和潜在药物作用部位 373
16.5.3 以生长因子受体及其信号传导通道成分为药靶——广谱或选择性药靶 375
16.5.4 生长因子受体信号传导通道作为药靶——链式考虑 376
16.5.5 重要的信号传导通道成分作为药靶 378
16.6 细胞核受体作为药靶 381
16.6.1 细胞核受体的一般结构特点 382
16.6.2 细胞核受体作为新药发现的药靶 384
16.6.3 为孤立性细胞核受体寻找配基 385
16.7 功能性蛋白质作为药靶 387
16.7.1 蛋白酶同工酶 388
16.7.2 治疗性单克隆抗体 388
16.7.3 以肿瘤抗原为药靶：抗肿瘤免疫疫苗 393
16.7.4 以功能性蛋白分子为药靶：核酸相似物和脱氧核糖核酸诱饵的治疗作用 397
16.8 核糖核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）作为药靶 400
16.8.1 核糖核酸药靶 400
16.8.2 脱氧核糖核酸药靶 405
第十七章 高通量药物筛选 413
17.1 前言 413
17.2 高通量筛选的样品制备 415
17.3 高通量药物筛选模型的建立 416
17.3.1 体外生化检测 417
17.3.2 细胞水平的检测 445
17.4 自动化及相关数据处理系统 460
17.4.1 仪器自动化 460
17.4.2 数据处理及分析 464
17.5 展望 464