科普篇 2
统计物理学介绍 2
谈谈统计物理学的对象和方法 8
附录1：致《自然杂志》编辑的信 18
附录2：谈谈超导金属中的准粒子——与郝柏林同志商榷 19
附录3：关于宏观物体中的“元激发”和“准粒子”——答管惟炎同志 22
自然界中的有序和混沌 25
分形和分维 31
牛顿力学三百年 47
混沌现象的研究 57
世界是必然的还是偶然的——混沌现象的启示 70
究竟是谁发明了无线电 83
关于理论物理与理论生命科学的一些思考 87
非线性科学与地震预测 93
混沌和物理学 99
复杂性的刻画与“复杂性科学” 108
生物信息学 119
怀念优秀的青年物理学家孟宪振 126
20世纪我国自然科学基础研究的艰辛历程 130
物理学和生物学 140
谈谈自然科学和社会科学的“大交叉” 161
分子进化和细菌分类 174
读《基因组：人种自传23章》一书 177
复旦缘 178
布朗运动理论一百年 180
朗道百年 193
基于全基因组的生命之树原核生物支 204
圣菲研究所与复杂性研究 218
“1019任务”四十年 227
怀念陈春先 233
统计物理学 238
生物信息学浅说 252
科学与人生 278
从若干自然规律看某些社会现象 290
基因组测序永无止境的根本原因 300
我的恩师王竹溪 310
物理是一种文化 313
博文篇 322
个人博客前言 322
一篇《科学时报》先答应而又不敢发表的短文：论文署名和投稿的严肃性 323
对“国家中长期科学和技术发展规划”的一些意见 326
伊辛模型背后的故事 330
对《中华人民共和国科技进步法（修订草案）》的修改意见 333
我国自然科学基础研究的管理和资助体制必须彻底改变 335
告别邹承鲁先生 338
警惕用“宽容失败”掩饰研究资源的巨大浪费 339
一篇被“留中不发”的座谈会书面发言 340
实名、转载与评论删除 343
中国科学院理论物理研究所30年 344
周光召同志的学风 346
“国家生物医学信息中心”搁浅十年 351
老实做学问，努力带学生 358
一面明镜：周光召的论文统计 368
对李俊博士的补充 372
“批判爱因斯坦”追忆 375
生物领域是数理和计算科学的广阔用武之地 379
出版作品总目录 381