第1章 绪论 1
1.1研究背景 1
1.2本书结构 3
参考文献 6
第2章 蛋白质的折叠速率 7
2.1蛋白质的折叠速率研究进展 7
2.1.1基于蛋白质三级结构的预测方法 8
2.1.2基于蛋白质二级结构的预测方法 9
2.1.3基于蛋白质一级结构的预测方法 9
2.2氨基酸片段的极性对相应肽链折叠速率的影响 11
2.2.1材料准备 11
2.2.2统计分析 11
2.2.3研究结果 13
2.2.4讨论 14
2.3 mRNA对蛋白质结构的影响 15
2.3.1 mRNA对蛋白质结构影响的必然性分析 15
2.3.2数据获得方法 17
2.3.3数据分析方法 18
参考文献 21
第3章 基因序列信息参数对蛋白质折叠速率的影响 25
3.1全β类蛋白质mRNA序列的GC含量对蛋白质折叠速率的影响 25
3.1.1材料 25
3.1.2统计分析 26
3.1.3结果 28
3.1.4讨论 30
3.2核苷酸统计关联 31
3.3 mRNA序列信息参数对蛋白质折叠速率的影响 33
3.3.1材料 33
3.3.2统计分析 36
3.3.3结果与讨论 39
参考文献 41
第4章 回文结构 43
4.1回文结构及其生物学意义 43
4.1.1回文结构的意义 43
4.1.2回文结构的获得 45
4.2 SARS病毒全序列回文结构的统计分析 46
4.2.1材料的选取 46
4.2.2研究方法 47
4.2.3结果 48
4.2.4讨论 51
4.3艾滋病病毒全序列回文结构的统计分析 52
4.3.1回文结构的统计 53
4.3.2结果与讨论 53
4.3.3结论 56
参考文献 57
第5章 回文结构对蛋白质折叠速率的影响 61
5.1病毒mRNA序列中回文结构对蛋白质折叠速率的影响 61
5.1.1材料 62
5.1.2统计分析 62
5.1.3结果 63
5.1.4讨论 67
5.2全β类蛋白质相应mRNA序列中的回文结构对蛋白质折叠速率的影响 69
5.2.1材料 70
5.2.2统计分析 71
5.2.3结果 72
5.2.4讨论 74
5.3 mRNA序列中回文结构对蛋白质折叠速率的影响 75
5.3.1数据 76
5.3.2统计分析 80
5.3.3结果 81
5.3.4讨论 86
参考文献 87
第6章 同义密码子的使用偏性 89
6.1 mRNA同义密码子的使用偏性 89
6.1.1同义密码子使用偏性 89
6.1.2同义密码子使用偏性分析方法 90
6.2大肠杆菌核蛋白的同义密码子使用偏性对肽链折叠速率的影响 91
6.2.1材料 92
6.2.2统计分析 97
6.2.3结果 97
6.2.4讨论 100
6.3枯草芽孢杆菌核蛋白同义密码子使用偏性对肽链折叠速率的影响 101
6.3.1材料 102
6.3.2统计分析 107
6.3.3结果 107
6.3.4讨论 112
6.4人类核蛋白同义密码子使用偏性对肽链折叠速率的影响 113
6.4.1材料 113
6.4.2结果 121
6.4.3讨论 122
6.5同义密码子的使用偏性对蛋白质折叠速率的影响 122
6.5.1材料 124
6.5.2统计分析 127
6.5.3结果 127
6.5.4讨论 133
参考文献 134
第7章mRNA二级结构及其对蛋白质折叠速率的影响 139
7.1 RNA二级结构 139
7.1.1 RNA二级结构预测算法 139
7.1.2 RNA二级结构的元件 140
7.1.3二级结构的图形表示方法 141
7.1.4 RNA二级结构特征量提取 143
7.2 A型流感病毒同义密码子的使用偏性对mRNA二级结构的影响 145
7.2.1材料 146
7.2.2分析方法 150
7.2.3结果 151
7.2.4讨论 157
7.3冠状病毒同义密码子的使用偏性对mRNA二级结构的影响 158
7.3.1材料 158
7.3.2统计分析 160
7.3.3结果 160
7.3.4 讨论 168
7.4 mRNA的二级结构对蛋白质折叠速率的影响 169
7.4.1数据集 169
7.4.2分析方法 173
7.4.3结果 174
7.4.4讨论 176
参考文献 178
第8章 总结与展望 182
索引 186