第一篇 基础知识 2
第1章 引言 2
第2章 DNA和基因分型的基础 5
2.1 DNA结构 5
2.2 DNA重组和遗传距离 7
2.3基因型分析 9
2.4基因分型技术 10
2.5小结 11
第3章 群体遗传学简介 13
3.1历史背景 13
3.2孟德尔遗传定律 13
3.3随机婚配 14
3.4多基因遗传 16
3.5亲缘关系和遗传共享 18
3.6单基因位点的Fisher模型 20
3.7多位点和环境效应的Fisher模型 26
3.8小结 29
第4章 统计学基础 32
4.1简介 32
4.2描述性统计量 32
4.3统计推断 35
4.4线性回归 36
4.5似然 38
4.6混合分布 40
4.7小结 42
第5章 统计把握度 44
5.1正确（不正确）决策的概率 45
5.2最大似然估计 46
5.3小结 53
5.4示例 54
5.5最小二乘估计 55
5.6充分统计量 57
5.7小结与局限性 57
第6章 群体遗传学及其在基因定位中的作用 62
6.1简介 62
6.2哈迪-温伯格平衡 63
6.3遗传漂变和近亲交配 66
6.4连锁不平衡 71
6.5小结 78
第二篇 连锁分析 82
第7章 连锁分析原则 82
7.1基因定位 82
7.2模型依赖的连锁分析 83
7.3非模型依赖的连锁分析 86
7.4经验估计全基因组连锁显著性 91
7.5小结 92
第8章 IBD估计算法 98
8.1简介 98
8.2计算问题：处理未知相型 98
8.3家系数据分析 99
8.4举例 102
第9章 用于连锁分析的回归法 110
9.1简介 110
9.2 Haseman-Elston算法 110
9.3 Haseman-Elston算法拓展 110
9.4基于回归的全谱系连锁 111
9.5模拟研究 116
9.6使用MERLIN回归的几个实例 124
9.7小结 126
第10章 数量性状的方差成分连锁分析 130
10.1简介 130
10.2方差成分连锁模型 130
10.3用MERLIN进行方差成分连锁分析 133
10.4结构方程建模软件包中的方差成分连锁分析 136
10.5小结 146
第11章 单变量连锁分析的扩展 148
11.1亲源效应 148
11.2基因型-环境相互作用 155
11.3 X染色体连锁 161
11.4单因素连锁分析扩展的实施 165
第12章 同胞对中多元数据的数量性状位点检测 172
12.1简介 172
12.2多变量分析在人类遗传学/双胞胎研究的简史 172
12.3特征选择 174
12.4多元方差成分连锁分析 175
12.5多元QTL分析：实践问题 179
12.6小结 184
第13章 连锁分析中影响第一类错误和统计把握度的因素 191
13.1选择性抽样 192
13.2样本量大小 194
13.3性状分布偏差 199
13.4异常值 202
13.5家系误差 203
13.6基因分型错误 204
13.7标记位点的信息性、密度和遗传图谱 206
13.8质量控制准则 213
第三篇 关联研究 224
第14章 关联研究概述 224
14.1简介 224
14.2关联研究中的方法 224
14.3关联研究中的概念 226
14.4国际人类基因组单倍型图计划 227
14.5关联研究的把握度 228
14.6关联分析的应用 228
14.7小结 229
第15章 单基因座位关联模式 232
15.1简介 232
15.2基于随机样本的关联分析 233
15.3病例-对照研究 236
15.4以家系为基础的关联研究 239
15.5小结 251
第16章 全基因组关联研究数据分析：PLINK使用手册 256
16.1简介 256
16.2 GWAS 256
16.3 GWAS SNP基因分型及数据处理 259
16.4分析前的GWAS数据准备 263
16.5 GWAS数据分析概论 266
16.6质量控制 267
16.7拷贝数变异 270
16.8肌萎缩侧索硬化症病例-对照GWAS数据的描述性分析 271
16.9 GWAS数据的关联分析 276
16.10 PLINK的附加功能 281
16.11未来发展方向 283
16.12小结 283
第17章 单倍型分析 287
17.1简介 287
17.2人群基础的单倍型重建 288
17.3基于家系的单倍型构建 294
17.4利用单倍型定位疾病基因 297
17.5小结 300
第18章 区域性多位点关联模型 305
18.1简介及基本方法 305
18.2己定相与未定相 306
18.3多位点检验的使用 309
18.4 WHAP分析 311
18.5小结 319
第19章 连锁不平衡与遗传标记 324
19.1连锁不平衡相关统计量 324
19.2基因组的区块样特性 326
19.3遗传标记 328
19.4群体变异 329
19.5复等位基因标记 330
19.6小结 331
第20章 Haploview连锁不平衡分析和标签的应用指南 336
20.1简介 336
20.2数据检查 336
20.3连锁不平衡分析 339
20.4标签分析 340
20.5在Haploview中查看PLINK结果 342
20.6其他的考虑和程序 349
20.7小结 349
第21章 影响关联分析把握度和第一类错误的因素 351
21.1简介 351
21.2检测关联性把握度的影响因素 352
21.3人群分层 360
21.4基因分型错误 366
21.5全基因组关联分析 369
21.6发现关联性的计算把握度 371
21.7小结 376
第22章 统计推断的重抽样方法 383
22.1简介 383
22.2自助法估计 384
22.3置换检验 390
附录 文件格式 394
A1.1概述 394
A1.2 MERLIN/MERLIN-Regress/Pedstats/Minx/QTDT/GRR 394
A1.3 WHAP 401
A1.4 Haploview 402
A1.5 PLINK 403
A1.6 DOS与Unix/Linux下运行程序的比较 405
网络资源 407
索引 409