第1章 基因表达序列标签（EST）及其应用 胡松年 1
1.1 简介 1
1.2 EST的应用 2
1.3 EST测序分析流程 7
1.4 参考文献 12
第2章 EST数据分析平台的构建 柴惠 王建斌 陶林 傅衍 13
2.1 简介 13
2.2 硬件设备 13
2.3 Unix/Linux操作系统及其常用命令 15
2.4 常用EST数据分析软件的安装 22
2.5 参考文献 39
3.2 文献检索 41
3.1 简介 41
第3章 EST信息检索及常用数据库 曾晓维 张忠华 傅衍 41
3.3 文献管理 55
3.4 EST数据库 56
3.5 参考文献 83
第4章 EST聚类，常见问题及解决方法 王建斌 陈欢 傅衍 85
4.1 简介 85
4.2 EST序列聚类方法 86
4.3 EST聚类中常见的问题及解决方法 100
4.4 参考文献 101
第5章 EST数据注释及多序列比对 方永军 张兵 薛庆中 103
5.1 简介 103
5.2 序列比对（BLAST） 104
5.3 InterPro 111
5.4 多序列比对（Clustal W） 120
5.5 参考文献 126
第6章 EST功能分类与代谢途径分析 李娟 刘贵明 薛庆中 128
6.1 简介 128
6.2 EST功能分类 128
6.3 EST代谢途径分析 138
6.4 EST对应基因产物系统分析 143
6.5 参考文献 149
第7章 基因核苷酸序列分析 贾佳 杨柳 薛庆中 152
7.1 简介 152
7.2 基因开放阅读框的识别 152
7.3 内含子／外显子剪切位点识别 158
7.4 基因调控区域分析 171
7.5 密码子使用偏性分析 180
7.6 限制性核酸内切酶位点分析 185
7.7 核苷酸序列综合分析软件 188
7.8 参考文献 192
第8章 蛋白质序列分析 贾佳 杨柳 薛庆中 195
8.1 简介 195
8.2 蛋白质理化性质分析 195
8.3 蛋白质二级结构预测 200
8.4 蛋白质结构域 205
8.5 蛋白质三维结构预测 206
8.6 分子系统发育分析 216
8.7 参考文献 225
索引 229