第1章 绪论 1
1.1 引言 1
1.2 密码子研究的发展 2
参考文献 13
第2章 密码对使用研究的理论方法 20
2.1 密码对相对模式数随频数的分布和分布模型拟合理论 20
2.2 基于密码对使用偏好性的基因组相似性分析方法 24
2.3 密码对使用在DNA双链上的不对称性分析方法 26
2.4 线性相关分析 28
2.5 依赖上下文关系的密码对使用偏好性 28
参考文献 32
第3章 密码对的相对模式数分布与基因组进化 34
3.1 数据资料 34
3.2 分析方法 35
3.3 结果和讨论 36
3.4 结论 46
参考文献 47
第4章 基于密码对使用的基因组相似性研究 50
4.1 数据资料 50
4.2 分析方法 52
4.3 结果和讨论 52
4.4 总结 59
参考文献 60
第5章 DNA双链密码对使用的不对称性 62
5.1 数据资料 62
5.2 分析方法 63
5.3 结果和讨论 63
5.4 总结 66
参考文献 67
第6章 密码对的偏倚与基因组进化的线性相关分析 71
6.1 数据资料 71
6.2 分析方法 71
6.3 结果和讨论 73
6.4 总结 77
参考文献 77
第7章 密码对的使用偏好性与基因组进化 79
7.1 数据资料 80
7.2 分析方法 80
7.3 结果和讨论 80
7.4 总结 89
参考文献 89
第8章 依赖上下文关系的密码对使用偏好性 92
8.1 数据资料 93
8.2 分析方法 93
8.3 结果 94
8.4 讨论 97
参考文献 98
附录 102