第一册 天仙正理直论增注 1
祖师守阳伍真人宝诰 2
重刻天仙正理序嘉庆七年李纯一序 3
复刻天仙正理序嘉庆九年武定全序 5
直论本序并注 7
道源浅说篇 21
先天后天二气直论第一 77
药物直论第二 87
鼎器直论第三 97
火候经第四 105
煉己直论第五 145
筑基直论第六 155
煉药直论第七 159
伏气直论第八 169
胎息直论第九 175
直论起由 183
后跋 191
增注说 204
重修天仙正理书后乾隆二十九年申兆定序 205
伍真人事实及授受源流略 207
重刊记述康熙五十八年朱序 208
第二册 仙佛合宗语录 209
序沖虚子伍真人自序 211
序光绪二十三年邓徽绩序 212
最初还虚第一 213
真意第二 214
水源清浊、真丹、幻丹第三 216
火足候、止火景、采大药天机第四 217
七日采大药天机第五 220
大药过关，服食天机第六 223
守中第七 227
出神景，出神收神法第八 232
末后还虚第九 233
门人问答 235
伍真人修仙歌 360
邱祖秘传小周天歌诀 363
第三册 金仙证论 365
华阳柳真人宝诰 366
序乾隆五十五年高双景序 367
序乾隆五十六年僧妙悟序 369
金仙证论，慧命经合刻序道光二十六年梁靖阳序 371
义例 373
序煉丹第一 379
正道浅说第二 387
煉己直论第三 397
小周天药物直论第四 405
小周天鼎器直论第五 411
风火经第六 415
效验说第七 453
总说第八 454
图第九 457
图说第十 458
顾命说第十一 459
风火煉精赋第十二 461
禅机赋第十三 463
妙诀歌第十四 465
论道德沖和第十五 466
火候次序第十六 468
任督二脉图第十七 470
决疑第十八 471
危险说第十九 477
后危险说第二十 493
增注说 496
第四册 慧命经 497
序乾隆五十九年孙廷璧序 499
慧命经自序 501
漏尽图第一 503
法轮六候图第二 506
任督二脉图第三 508
道胎图第四 509
出胎图第五 510
化身图第六 511
面壁图第七 512
虚空粉碎图第八 513
集说慧命经第九 515
正道修煉直论第十 575
正道工夫直论第十一 585
禅机论第十二 595
杂类说第十三 603
决疑第十四 610
附录张紫阳八脉经 617
附录先圣调息法集录 617
附录循途录 涵虚李真人著述 619
附录文终经 涵虚李真人著述 624