第一章 绪论 1
一、动物分子育种的定义及理论基础 1
二、动物分子育种的研究内容 2
三、动物分子育种的成就 9
四、动物分子育种的趋势 13
第二章 基因的理论及新发展 19
第一节 关于基因的理论 19
一、基因概念的建立 19
二、基因的经典概念 20
三、基因与DNA的关系 20
四、基因的顺反子学说 21
第二节 基因研究的新发展 22
一、重叠基因 23
二、断裂基因 23
三、移动基因 27
四、假基因 33
第三节 基因的大小及分子结构 35
一、基因的大小 35
二、基因的分子结构 35
第三章 动物数量性状的遗传基础 39
第一节 数量性状 39
一、数量性状的概念 39
二、数量性状与质量性状有本质的区别吗 39
三、数量性状的研究概况 40
四、数量性状研究的目标与意义 41
第二节 数量性状的遗传模式 42
一、微效多基因假说 42
二、数量性状遗传模式的扩展 42
三、数量性状的数学模型 43
四、数量性状的基因效应 44
五、数量性状基因数目的估测方法 45
第三节 动物数量性状的主基因 47
一、主基因的概念 47
二、主基因与数量性状位点（QTL）的关系 47
三、主基因对动物遗传育种产生的影响 48
四、主基因的检测方法 49
第四节 动物数量性状主基因的研究 52
一、猪数量性状主基因的研究 52
二、羊数量性状主基因的研究 54
三、牛数量性状主基因的研究 55
四、家禽数量性状主基因的研究 57
五、动物数量性状主基因研究展望 58
第四章 动物的核基因组 61
第一节 基因组 61
一、基因组含义 61
二、基因组的大小及组成 61
三、C值悖理 63
四、基因组的基因数目 64
五、基因组必需基因及基因总数 65
第二节 基因组学 66
一、结构基因组学 66
二、功能基因组学 67
三、比较基因组学 67
四、进化基因组学 69
五、动物基因组学研究的意义 69
第三节 动物基因组研究的策略 70
一、动物基因组研究的目标与内容 70
二、动物基因组研究的方法 70
三、动物基因组研究的水平 73
第四节 动物核基因组结构 74
一、动物基因组的结构特征 74
二、基因组DNA的复杂度 74
三、动物基因组DNA的序列 75
四、基因家族 77
五、动物核基因组的卫星DNA 80
第五节 动物核基因组的进化 82
一、分子进化 82
二、基因的进化 87
三、基因组的进化 90
四、蛋白质的进化 96
第五章 动物的线粒体基因组 101
第一节 线粒体形态结构及其基因的遗传 101
一、线粒体的形态与分布 101
二、线粒体的结构 102
三、线粒体基因的遗传特征 102
第二节 动物的线粒体基因组 103
一、动物线粒体基因组的大小 103
二、动物线粒体基因组的结构 104
三、动物线粒体基因组的组成特点 104
四、动物线粒体基因组的编码特点 105
五、动物线粒体基因组与核基因组的关系 105
六、动物线粒体基因组的进化 106
第三节 动物线粒体DNA遗传信息的传递 107
一、线粒体DNA的复制 107
二、线粒体基因的转录与翻译 110
三、线粒体基因的表达调控 112
第四节 动物线粒体DNA的遗传多态性研究 113
一、动物线粒体 DNA产生多态性的原因 113
二、动物线粒体DNA多态性的研究方法 114
三、动物线粒体DNA多态性的研究 115
四、线粒体DNA多态性在动物遗传育种中的应用 121
第六章 动物分子遗传标记 127
第一节 分子遗传标记的技术原理与特点 127
一、RF LP标记 127
二、AFLP标记 128
三、RAPD标记 130
四、DNA指纹标记 132
五、微卫星DNA标记 133
六、PCR-SSCP标记 135
七、SNP标记 137
八、表达序列标签（EST）标记 139
第二节 分子遗传标记在动物遗传育种中的应用 141
一、动物的起源进化研究 141
二、动物群体间亲缘关系及群体遗传结构分析 142
三、动物杂种优势预测 143
四、分子遗传标记与动物基因图谱构建以及QTLs的定位 143
五、标记动物的经济性状 144
六、动物品种遗传资源评价与保护 145
第三节 mRNA差异显示技术 146
一、mRNA差异显示技术的基本原理 146
二、mRNA差异显示技术的特点 147
三、mRNA差异显示技术的改进 148
四、mRNA差异显示技术在动物遗传育种中的应用 150
第七章 动物基因定位 157
第一节 动物基因定位概述 157
一、基因定位的概念 157
二、动物基因定位的研究简史 158
第二节 动物基因定位的方法 159
一、体细胞融合法 159
二、连锁分析法 162
三、染色体原位杂交法 168
四、比较作图法 171
五、DNA芯片法 171
第三节 动物数量性状基因（QTL）的定位 172
一、动物QTL定位的基本原理 172
二、动物QTL定位的方法 173
三、动物QTL定位的研究 177
四、动物QTL定位存在的问题 178
五、动物QTL定位的展望 178
第四节 动物的基因图谱研究 179
一、遗传图谱 179
二、物理图谱 185
三、转录图谱 187
四、序列图谱 190
五、基因图谱在动物遗传育种中的应用 190
第八章 转基因技术与动物分子育种 196
第一节 动物转基因技术的基本原理 196
一、动物转基因技术产生与发展的理论基础 196
二、动物转基因的选择及结构 197
三、转基因的表达特性与调控 198
四、动物转基因技术与传统技术的关系 200
第二节 转基因动物的研究方法 201
一、显微注射法 201
二、反转录病毒载体法 201
三、胚胎干细胞转染法 204
四、精子载体法 206
五、核移植（克隆）法介导的基因转移 207
六、痘苗病毒介导的基因转移 207
七、性腺转基因方法 207
八、基因打靶转基因方法 208
九、转基因动物的鉴定 210
第三节 转基因动物育种的研究概况 212
一、转基因动物的研究简史 212
二、常规性转基因动物育种 213
三、非常规性转基因动物育种 214
第四节 动物的转基因研究 216
一、转基因猪 216
二、转基因牛 217
三、转基因羊 218
四、转基因兔 220
五、转基因鸡 221
六、转基因动物育种中存在的问题 222
七、转基因动物育种的前景展望 224
第五节 动物克隆技术 224
一、动物克隆的概念及研究简史 225
二、动物克隆的方法 226
三、影响克隆动物成功的主要因素 227
四、动物克隆技术对畜牧业生产的影响 230
第九章 动物分子标记辅助育种 234
第一节 分子标记辅助选择 234
一、分子标记辅助选择产生的背景 234
二、分子标记辅助选择的理论基础 235
三、分子标记辅助选择的优越性 235
四、分子标记辅助选择的前提 237
五、分子标记辅助选择的基本策略 238
六、分子标记辅助选择的方法 239
七、影响分子标记辅助选择效果的因素 242
八、分子标记辅助选择应用的制约因素 244
第二节 分子遗传标记与杂种优势分析 245
一、杂种优势的概念、特点与度量 245
二、杂种优势的遗传基础 246
三、应用分子标记研究杂种优势的遗传机理 250
四、分子标记与杂种优势预测 253
第三节 分子标记辅助保种 255
一、动物遗传资源保护理论与方法的研究简史 256
二、分子标记辅助保种的原理与方法 257
三、分子标记辅助保种的特点 259
四、分子标记辅助保种有待研究的问题及应用前景 259
第十章 动物基因组育种 263
第一节 结构基因组学 263
一、结构基因组学的创立 263
二、结构基因组学的研究目标 264
三、结构基因组学的研究主要内容及策略 265
四、结构基因组学的研究现状 265
五、结构基因组学研究中NMR的特点 267
六、结构基因组学面临的挑战 267
第二节 比较基因组学 268
一、比较基因组学的起源 268
二、比较基因组学的研究方法 269
三、比较基因组学的应用 272
第三节 功能基因组学 274
一、功能基因组学的研究内容 274
二、功能基因组学的研究方法 275
三、动物功能基因组学的研究 278
第四节 全基因组选择及其在动物育种中的应用 279
一、全基因组选择的理论基础 280
二、全基因组选择参数的估计方法 280
三、动物全基因组选择的影响因素 281
四、全基因组选择的优势及应用 282
第五节 生物信息学与动物分子育种 283
一、生物信息学概述 283
二、生物信息学的数据库 284
三、生物信息学在动物分子育种中的应用 287