第一部分 生物医学信息学中反复出现的主题 3
第1章 计算机结合医学与生物学：一个新学科的兴起 3
1.1集成信息管理：技术展望 3
1.2计算机在生物医学中的应用 10
1.3医学信息的性质 18
1.4集成生物医学计算和医疗实践 19
推荐读物 20
问题讨论 21
第2章 生物医学数据：获取、存储和使用 22
2.1什么是医学数据 22
2.2医学数据的用途 26
2.3传统医学记录系统的缺陷 30
2.4医学数据的结构 32
2.5医学数据选择和使用策略 35
2.6计算机和医学数据的收集 38
推荐读物 39
问题讨论 39
第3章 生物医学决策：临床概率推理 40
3.1临床决策的本质：不确定性与诊断过程 40
3.2概率估计：估计验前概率的方法 42
3.3诊断检验工作特性的度量 45
3.4验后概率：贝叶斯定理和预测值 48
3.5期望值决策 52
3.6关于治疗、检验或不做处理的决策 58
3.7决策模型的图形表示方法：影响图和信念网络 60
3.8医学中概率和决策分析的作用 61
附录：贝叶斯定理的推导 62
推荐读物 62
问题讨论 63
第4章 认知科学和生物医学信息学 64
4.1引言 64
4.2认知科学：解释性框架的产生 65
4.3人类信息处理 67
4.4医学认知 72
4.5人机交互：认知工程法 76
4.6临床实践指南 84
4.7结论 88
推荐读物 88
问题讨论 88
第5章 生物医学计算的基本概念 89
5.1计算机体系结构 89
5.2数据获取与信号处理 106
5.3数据和系统安全性 108
5.4总结 110
推荐读物 110
问题讨论 110
第6章 医疗保健中的系统设计与工程 112
6.1计算机系统如何为医疗保健提供帮助？ 112
6.2理解健康信息系统 115
6.3开发与实施医疗保健系统 118
6.4总结 124
推荐读物 125
问题讨论 125
第7章 生物医学信息学标准 127
7.1标准的理念 127
7.2健康信息学标准需求 127
7.3标准事业和组织 128
7.4编码术语、术语和命名方案 133
7.5数据交换标准 141
7.6当今现状和未来趋向 147
推荐读物 149
问题讨论 149
第8章 生物医学中的自然语言和文本处理 150
8.1 NLP动机 150
8.2 NLP的应用 150
8.3在NLP所用到的知识 151
8.4 NLP技术 152
8.5临床语言的挑战 158
8.6挑战生物语言处理 162
8.7 NLP的生物医学资源 163
致谢 163
推荐读物 163
问题讨论 164
第9章 影像和结构信息学 165
9.1引言 165
9.2基本概念 165
9.3结构成像 166
9.4二维图像处理 169
9.5三维图像处理 170
9.6功能成像 178
9.7结论 180
推荐读物 180
问题讨论 180
第10章 伦理学与健康信息学：用户、标准及结果 181
10.1健康信息学中的伦理问题 181
10.2健康信息学应用：合理的使用、用户及环境 181
10.3隐私权、机密性与数据共享 184
10.4社会挑战和伦理学义务 186
10.5法律和监管问题 188
10.6总结和结论 191
推荐读物 191
问题讨论 191
第11章 评价与技术评估 192
11.1术语介绍与定义 192
11.2研究设计和开展面临的挑战 194
11.3所能研究的总范围 195
11.4研究设计的方法 196
11.5客观主义研究的开展 200
11.6主观主义研究的开展 205
11.7结论：评价和技术评估的思维模式 207
推荐读物 208
问题讨论 209
第二部分 生物医学信息学应用 213
第12章 电子健康记录系统 213
12.1什么是电子健康记录？ 213
12.2历史回顾 214
12.3电子健康记录系统的功能组成 215
12.4基于计算机的病历系统的基本问题 223
12.5面临的挑战 227
推荐读物 228
问题讨论 229
第13章 医疗保健机构信息管理 230
13.1概述 230
13.2医疗保健信息系统的功能及组成 238
13.3医疗保健信息系统的历史变革 240
13.4环境变迁中的设计理念 242
13.5影响未来医疗信息系统的重要因素 244
推荐读物 245
问题讨论 245
第14章 消费者健康信息学和远程健康 246
14.1引言 246
14.2历史回顾 247
14.3用信息学跨越距离：真实世界系统 248
14.4挑战和未来方向 255
推荐读物 257
问题讨论 258
第15章 公共健康信息学和健康信息基础设施 259
15.1引言 259
15.2公共健康信息学 259
15.3免疫登记：一个公共健康信息学实例 261
15.4健康信息基础设施 264
15.5实例：国家健康信息基础设施和国土安全 268
15.6结论和未来的挑战 269
推荐读物 270
问题讨论 270
第16章 患者护理系统 271
16.1患者护理中的信息管理 271
16.2患者护理系统的历史演变 274
16.3当前研究 278
16.4展望未来 279
推荐读物 279
问题讨论 280
第17章 患者监护系统 281
17.1什么是患者监护？ 281
17.2历史回顾 282
17.3数据获取和信号处理 284
17.4重症监护室（ICU）中的信息管理 291
17.5患者监护的当前问题 298
推荐读物 303
问题讨论 303
第18章 放射影像系统 304
18.1引言 304
18.2基本概念和问题 304
18.3历史的发展 313
18.4现状 315
18.5影像系统的未来方向 318
推荐读物 319
问题讨论 319
第19章 信息检索与数字图书馆 320
19.1生物医学信息检索的发展历史 320
19.2卫生保健和生物医学方面的知识型信息 320
19.3信息检索 326
19.4数字图书馆 336
19.5情报检索信息检索系统以及数字图书馆的未来方向 338
推荐读物 338
问题讨论 338
第20章 临床决策支持系统 340
20.1临床决策的性质 340
20.2历史回顾 341
20.3临床决策支持系统的主要特征结构 345
20.4决策支持工具的建造 347
20.5临床决策支持系统的例证 349
20.6未来10年的决策支持 355
推荐读物 358
问题讨论 358
第21章 计算机在医学教育中的应用 360
21.1在医学教育中计算机的角色 360
21.2基于计算机学习的模式 362
21.3目前的应用程序 365
21.4设计、开发和技术 367
21.5评估 370
21.6结论 371
推荐读物 371
问题讨论 372
第22章 生物信息学 373
22.1生物学信息处理中的问题 373
22.2生物信息的起源 374
22.3生物学现在由数据驱动 375
22.4关键生物信息学算法 377
22.5当前生物信息学应用成果 380
22.6生物信息学与临床信息学结合的未来挑战 384
22.7结论 385
推荐读物 385
问题讨论 386
第三部分 未来的生物医学信息学 389
第23章 医疗保健财政与信息技术：历史回顾 389
23.1引言 389
23.2无限制的消费时代 389
23.3 20世纪80～90年代医疗保健支出的增长和改革策略 392
23.4管理式医疗保健时代：采用、抵制、超越 396
23.5医疗保健财政、医疗保健服务提供和医疗保健技术三者间的关系 401
推荐读物 405
问题讨论 405
第24章 生物医学中计算机应用的未来 406
24.1生物医学计算的进展 406
24.2基于计算机技术的整合 409
24.3计算机在保健和生物医学中未来的作用 410
24.4影响医学计算未来的动力 411
24.5回顾：我们学到了什么？ 412
推荐读物 413
问题讨论 413
参考文献 414
词汇表 460