导言 1
第1章 进化论公理化的几个方案 14
1.1 鲁斯论进化论的结构 14
1.1.1 所有的进化研究都预设群体遗传学 15
1.1.2 进化论的公理化是可能的吗？ 18
1.2 玛丽·威廉斯的公理化方案 21
1.2.1 公理和定义 21
1.2.2 族和亚族 24
1.2.3 达尔文毕奥卡 26
1.2.4 玛丽公理化方案的恰当性 33
1.3 遗传学理论的结构主义重构 36
1.3.1 结构主义的理论观概述 37
1.3.2 抽象的交配演算 39
1.3.3 性状—因子遗传学（经典遗传学）的核心（CFG） 41
1.3.4 分子遗传学（MOLGEN） 44
1.3.5 从CFG到MOLGEN的还原 47
1.4 进化论的语义观重构 52
1.4.1 汤普森的方案 53
1.4.2 劳埃德的重构方案 56
1.5 进化生物学的理论化及其多样性 60
1.5.1 学科的定义问题 60
1.5.2 语义观的不恰当性 64
1.5.3 为什么进化论不是一个统一的理论？ 67
第2章 达尔文的理论观与论证方法 71
2.1 关于《物种起源》论证结构的几种重构方案 71
2.1.1 达尔文是否遵循假说—演绎法？ 71
2.1.2 最佳解释推理 77
2.1.3 模型与假设：两种论证途径 78
2.1.4 达尔文的总体论证策略 81
2.2 一个多元论的分析 85
2.2.1 《物种起源》的总体框架 85
2.2.2 达尔文是不是归纳主义者？ 90
2.2.3 达尔文是怎样使用类比方法的？ 99
2.2.4 最佳解释推理与回应反驳策略 103
2.3 达尔文为什么采用多种论证模式 107
第3章 进化解释的两种模式 110
3.1 进化论的统计特征及其意义 110
3.1.1 工具主义命题及其论证 111
3.1.2 对工具主义命题的反驳 115
3.1.3 进化论的统计特征有不同的来源 121
3.2 动力学的解释模式 125
3.2.1 索伯尔的类比 125
3.2.2 索伯尔类比的不恰当性 126
3.3 统计学的解释模式 128
3.3.1 自然选择的多层实现模型 129
3.3.2 对自然选择多层实现模型的批评 131
3.4 两种解释模式的关系 138
3.4.1 群体遗传学的“翻译手册” 138
3.4.2 依随关系不能统一两种解释模式 141
第4章 进化生物学中的规律问题 144
4.1 进化过程的复杂性与严格定律 145
4.1.1 什么是自然定律 145
4.1.2 关于严格定律 147
4.1.3 怎样理解进化现象的复杂性 149
4.2 进化的偶然性命题 155
4.2.1 进化史事件的唯一性 156
4.2.2 进化史事件的偶然性 157
4.3 先验定律与局部的经验定律 158
4.3.1 模型与先验定律 159
4.3.2 从事实概括到规律概括的连续统 161
4.4 进化定律的类型 163
4.4.1 公认观点的规律标准不是先天合理的 163
4.4.2 解释目标决定解释性原理的类型 167
第5章 选择与适应 172
5.1 自然选择原理的解释和预见功能 172
5.1.1 什么是自然选择？ 172
5.1.2 同义反复问题的几种解决方案 181
5.1.3 自然选择原理的误用 188
5.2 对适合度的不同解释及其问题 194
5.2.1 生态学定义和群体遗传学定义 194
5.2.2 适合度的倾向解释 200
5.2.3 适合度作为未定义的初始词项 207
5.2.4 生物学家怎样使用适合度概念？ 209
5.3 适应主义的解释纲领 213
5.3.1 什么是适应主义？ 213
5.3.2 适应主义与可检验性问题 217
5.3.3 发育约束问题：适应主义与反适应主义的互补关系 223
第6章 选择的层次与单位 228
6.1 关于选择单位的问题 228
6.1.1 问题的起因与演变 228
6.1.2 单位与层次 233
6.2 利他主义的进化模型 238
6.2.1 利他主义进化的群体选择模型 238
6.2.2 亲族选择理论 242
6.2.3 基因选择理论 246
6.3 多层选择论中的争论 249
6.3.1 协变与关联 249
6.3.2 实在与约定 255
6.4 关于物种选择的争论 260
6.4.1 大进化与物种选择 261
6.4.2 物种的聚合性状与突现性状 264
第7章 物种概念及其哲学问题 269
7.1 分类学与物种概念 269
7.1.1 阶元与单元 269
7.1.2 定义物种的方法 271
7.2 物种概念的本体论问题 274
7.2.1 物种是个体还是集合？ 275
7.2.2 多元论与实在论 282
7.2.3 三维实体与四维实体 293
7.3 分类学与科学哲学 297
7.3.1 分类学的基础 297
7.3.2 谱系的推导及其困难 300
第8章 依随、还原与统一 308
8.1 个体的生态学性质与群体的遗传学性质 308
8.1.1 适合度的物理基础 308
8.1.2 对依随关系的分析 312
8.1.3 解释性还原与理论还原的条件 317
8.2 大进化与小进化 326
8.2.1 大进化及其进化速率问题 326
8.2.2 大进化向小进化的还原 331
主要参考文献 335
索引 346