第一部分 分子生态学理论 3
第一章 分子生态与遗传变异 3
第一节 遗传变异的产生 3
第二节 分子标记的种类 5
第三节 遗传变异的衡量 7
第四节 遗传变异的维持、丧失 11
第二章 分子生态学研究内容 18
第一节 个体与物种区分、鉴定（差异与多样性） 18
第二节 基因流和适应 23
第三节 小种群 28
第二部分 分子生态数据获得与分析——以微卫星体分子标记为例 35
第三章 分子遗传标记的获得——微卫星体 35
第一节 微卫星体获得：MsatCommander、inGAP、MicroFamily和GelQuest软件 35
第二节 微卫星体数据初步整理分析：GenAlEx软件及其遗传多样性大小衡量 55
第四章 遗传变异状况 61
第一节 Hardy-Weinberg平衡检测：Genepop、SGoF＋软件 61
第二节 连锁不平衡检测：Genepop软件 68
第三节 等位基因丰富度比较：ADZE软件 70
第五章 遗传分化 74
第一节 FST分析：Genetix软件 74
第二节 AMOVA分析：GenAlEx软件 78
第六章 分组分析 83
第一节 Structure软件分析及CONVERT、Structure Harvester、CLUMPP软件 83
第二节 TESS软件分析及PAST、TESS Ad-Mixer软件 114
第七章 空间遗传结构分析 132
第一节 sPCA分析 132
第二节 Alleles in space和Surfer软件 149
第三节 空间自相关分析：SPAGeDi软件 159
第四节 空间遗传结构的异向性：PASSaGE软件和R程序 166
第八章 景观遗传学分析 183
第一节 表面距离：ArcGIS软件 183
第二节 加权线性距离、最小成本距离和阻抗距离：R程序 198
第三节 Mantel test和Partial Mantel test：PASSaGE软件 206
参考文献 214