第一篇 基因组学研究常用实验方法第一章 核酸凝胶电泳及常见问题对策 2
第一节 DNA琼脂糖凝胶电泳 3
一、原理与分类 3
二、仪器、材料与试剂 4
三、操作步骤 6
四、注意事项 8
五、琼脂糖凝胶电泳常见问题及解决对策 8
第二节 DNA的双向琼脂糖凝胶电泳技术 14
一、原理与分类 14
二、仪器、材料与试剂 16
三、操作步骤 16
四、注意事项 19
第三节 RNA的变性琼脂糖凝胶检测 20
一、原理与分类 20
二、仪器、材料与试剂 21
三、操作步骤 22
四、注意事项 23
第四节 DNA聚丙烯酰胺凝胶电泳 24
一、原理与分类 24
二、仪器、材料与试剂 26
三、操作步骤 27
四、注意事项 28
第五节 脉冲场凝胶电泳 29
一、原理与分类 29
二、仪器、材料与试剂 30
三、操作步骤 33
四、注意事项 35
五、脉冲场电泳条件与影响因素 36
附 凝胶的染色 36
第二章 PCR、RT-PCR、PCR-SSCP、实时荧光定量PCR和DDRT-PCR实验技术及常见问题对策 39
第一节 PCR技术 40
一、原理与分类 40
二、仪器、材料与试剂 42
三、操作步骤 43
四、注意事项 44
五、PCR引物设计原则及影响PCR的因素 44
六、PCR扩增中出现的问题及对策 48
第二节 RT-PCR 51
一、原理与分类 51
二、仪器、材料与试剂 53
三、操作步骤 53
四、注意事项 58
五、常见问题及对策 59
第三节 PCR-SSCP 61
一、原理与分类 61
二、仪器、材料与试剂 62
三、操作步骤 63
四、注意事项 65
第四节 实时荧光定量PCR方法 66
一、原理与分类 66
二、仪器、材料与试剂 66
三、操作步骤 67
第五节 DDRT-PCR 74
一、原理与分类 74
二、仪器、材料与试剂 76
三、操作步骤 76
四、注意事项 83
第三章 分子杂交技术及常见问题对策 84
第一节 原位杂交技术 85
一、原理与分类 85
二、仪器、材料与试剂 86
三、操作步骤 88
四、注意事项 97
五、原位杂交常见问题的分析与对策 98
第二节 缺口平移、多头引物与α-32P标记的探针制备 101
一、原理 101
二、仪器、材料与试剂 102
三、操作步骤 102
四、提高杂交特异性的对策 107
第三节 Southern印迹杂交 108
一、原理与分类 108
二、仪器、材料与试剂 110
三、操作步骤 110
四、注意事项 112
第四节 Northern印迹杂交 114
一、原理与分类 114
二、仪器、材料与试剂 114
三、操作步骤 115
四、注意事项 117
第四章 基因组DNA与RNA的提取纯化及常见问题对策 118
第一节 组织细胞基因组DNA的提取 119
一、原理与分类 119
二、仪器、材料与试剂 119
三、操作步骤 121
四、注意事项 123
第二节 人全血细胞基因组DNA的提取 124
一、原理与分类 124
二、仪器、材料与试剂 124
三、操作步骤 125
四、注意事项 126
五、基因组DNA提取常见问题及对策 127
第三节 RNA提取和纯化 127
一、原理与分类 127
二、仪器、材料与试剂 128
三、操作步骤 128
四、注意事项 131
第四节 mRNA提取纯化 132
一、原理与分类 132
二、仪器、材料与试剂 132
三、操作步骤 133
四、注意事项 134
五、RNA提取中的常见问题及对策 135
第五节 质粒DNA的提取 140
一、原理与分类 140
二、仪器、材料与试剂 141
三、操作步骤（试剂盒法） 142
四、注意事项 143
第六节 超速离心提取质粒DNA 144
一、原理与分类 144
二、仪器、材料与试剂 145
三、操作步骤 146
四、注意事项 149
第七节 噬菌体DNA的提取 149
一、原理与分类 149
二、仪器、材料与试剂 150
三、操作步骤 151
四、注意事项 155
第八节 酵母DNA的提取 155
一、原理与分类 155
二、仪器、材料与试剂 156
三、操作步骤 157
四、注意事项 159
第九节 分离酵母人工染色体 159
一、原理与分类 159
二、仪器、材料与试剂 160
三、操作步骤 161
四、注意事项 162
第五章 DNA酶切与凝胶回收及常见问题对策 163
第一节 DNA的限制性内切酶酶切技术 164
一、原理与分类 164
二、仪器、材料与试剂 165
三、操作步骤 165
四、注意事项 166
五、提高酶切效率的对策 168
第二节 双酶切DNA连接前的脱磷反应 170
一、原理与分类 170
二、仪器、材料与试剂 171
三、操作步骤 173
四、注意事项 175
第三节 双酶切的缓冲液交换 176
一、原理与分类 176
二、仪器、材料与试剂 178
三、操作步骤 178
四、注意事项 181
五、酶切反应与凝胶回收的常见问题及对策 182
第六章 cDNA克隆与DNA序列分析方法及常见问题对策 186
第一节 cDNA的合成和克隆 187
一、原理与分类 187
二、仪器、材料与试剂 187
三、操作步骤 190
四、注意事项 197
第二节 λ gtll cDNA文库扩增及免疫法筛选 197
一、原理与分类 197
二、仪器、材料与试剂 198
三、操作步骤 199
四、注意事项 202
第三节 DNA序列分析 202
一、原理与分类 202
二、仪器、材料与试剂 204
三、操作步骤 205
四、注意事项 207
五、测序过程常见问题分析与对策 208
第四节 DNA酶Ⅰ“足迹”法 210
一、原理与分类 210
二、仪器、材料与试剂 211
三、操作步骤 213
四、注意事项 214
第二篇 蛋白质组学研究常用实验方法第七章 2-DE技术及主要影响因素与对策 216
第一节 双向电泳技术 217
一、原理与分类 217
二、仪器、材料与试剂 222
三、操作步骤 223
四、注意事项 234
五、IEF和SDS-PAGE的一些知识细解 236
第二节 SDS-PAGE的染色 245
一、原理与分类 245
二、仪器、材料与试剂 248
三、操作步骤 249
四、注意事项 253
第八章 2-DE样品制备及常见问题对策 256
第一节 2-DE样品的制备 257
一、原理与分类 257
二、仪器、材料与试剂 259
三、操作步骤及注意事项 260
第二节 2-DE样品使用的试剂盒及可能影响成功的因素 265
一、蛋白质组2-DE样品制备中的化学抽提试剂盒 265
二、2-DE技术关键及可能影响成功的因素 266
第九章 2-DE结果图像分析与图像的扫描、采点、量的分析及建立数据库 269
第一节 2-DE图像结果分析及问题对策 270
一、理想的2-DE结果图 270
二、2-DE结果图常见问题实例分析及对策 271
三、常见问题原因分析及解决对策 287
第二节 凝胶图像的扫描、采点、量的分析及建立数据库 296
一、图像采集与加工 296
二、斑点检测 298
三、斑点匹配 299
四、数据分析及输出 301
五、量的分析 301
六、重复组 301
七、归一化 302
八、2-DE数据库的建立 302
九、蛋白质的胶内酶切 303
第十章 质谱分析及常见问题对策 304
第一节 质谱技术 305
一、原理与组成 305
二、技术流程与鉴定蛋白质策略 306
第二节 质谱分析 307
一、质谱峰结果分析 307
二、质谱图与结构解析 309
三、质谱分析结果及常见问题对策 312
第十一章 Western印迹及常见问题对策 317
第一节 Western印迹技术 318
一、原理与分类 318
二、仪器、材料与试剂 318
三、操作步骤 320
四、注意事项 324
第二节 银染色及Western印迹常见问题对策 328
一、银染色操作步骤 328
二、注意事项 329
三、Western印迹常见问题对策 329
四、一些Western印迹结果图 331
第十二章 ELISA技术及常见问题对策 333
第一节 ELISA技术 333
一、原理与分类 333
二、仪器、材料与试剂 334
三、操作步骤 336
四、注意事项 343
五、ELISA技术的关键 345
六、ELISA常见问题及处理对策 350
第二节 免疫荧光技术及对细胞膜、细胞内蛋白质的检测 356
一、原理与分类 356
二、仪器、材料与试剂 357
三、操作步骤 358
四、注意事项 360
第十三章 蛋白质相互作用组学分析技术 361
第一节 Pull-down技术 361
一、原理与分类 361
二、仪器、材料与试剂 362
三、操作步骤 363
四、注意事项 364
第二节 免疫共沉淀技术 364
一、原理与分类 364
二、仪器、材料与试剂 365
三、操作步骤 366
四、注意事项 367
第三节 噬菌体展示技术 368
一、原理与分类 368
二、仪器、材料与试剂 369
三、操作步骤 370
四、注意事项 373
第四节 酵母双杂交系统 374
一、原理与分类 374
二、仪器、材料与试剂 375
三、操作步骤 376
四、注意事项 376
第五节 蛋白质芯片技术 377
一、原理与分类 377
二、仪器、材料与试剂 378
三、操作步骤 378
四、注意事项 379
第六节 其他蛋白质相互作用组学分析的有关技术 380
一、等离子共振技术 380
二、荧光能量转移技术 380
三、微阵列技术 381