Ⅰ标记和检测蛋白质 3
1.蛋白质确定 3
2.磷酸肽作图：一个基本方案 13
3.蛋白质和肽的放射性碘化 21
4.银染法检测凝胶中的蛋白质：一种与质谱分析兼容的方法 29
5. 用SYPRO染料荧光检测凝胶r中的蛋白质 35
6.放射自显影法和荧光自显影法：基于胶片的平面标本放射性成像技术 47
Ⅱ 基于蛋白质分离的蛋白质组学分析 57
7.自由流电泳 57
8.基于凝胶的蛋白质组学：蛋白质的高分辨双向凝胶电泳。等电聚焦和非平衡PH梯度电泳 65
9.高分辨双向电泳结合固定化pH梯度的蛋白质组学分析 77
10.双向差异凝胶电泳：应用于多生物样本中 蛋白表达差异分析 97
11.图像分析和定量 109
12.用体内同位素标记方法对翻译后修饰蛋白质进行双向凝胶分析 121
Ⅲ蛋白质-蛋白质相互作用和蛋白质-小分子相互作用 133
13非三变性条件下蛋白质的免疫沉淀 133
14.非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳作为研究蛋白质相互作用的一种方法：在线粒体氧化磷酸化复合物分析中的应用 141
15.化学交联法分析蛋白质一蛋白质相互作用 151
16.靶向过氧化物酶体作为检测蛋白白质-蛋白质相互作用的-工具 157
17.生物分子相互作用分析质谱 163
18. 配体印迹重叠实验：检测钙离子和小GTP结合蛋白 171
19.模块规模酵母双杂交筛选 179
20.亲和电泳研究生物特异的相互作用：高分辨双向亲和电泳用于从小鼠血浆中将半抗原特异的多克隆抗体分离至单克隆抗体 191
21.蛋白质泛素化研究方法 203
Ⅳ蛋白质-DNA相互作用 219
22.凝胶迁移率改变分析 219
23.转录因子的DNA亲和层析：寡核苷酸捕获技术 231
Ⅴ用于鉴定蛋白质及其修饰的质谱方法 243
24.蛋白质鉴定和序列测定的质谱方法 243
25.蛋白质组特异的样品制备方法用于基质辅助激光解析／离子化质谱分析 253
26.蛋白质点的胶内酶切用于质谱分析 263
27.用串联质谱法进行肽序列测定 269
28.用肽的串联质谱谱图直接进行数据库检索 279
29.运用串联质谱法和序列相似性数据库搜索工具对未测序基因组生物的蛋白质进行鉴定 289
30.运用质谱鉴定蛋白质磷酸化位点 301
31.运用质谱进行糖类或糖蛋白分析 309
32.稳定同位素标记细胞培养中氨基酸用于定量蛋白质组学 325
33.在复杂多肽混合物中对半胱氨酸肽进行位点特异性的稳定同位素标记 337
34.用电喷雾离子化质谱测量蛋白质氢交换 345
35.非凝胶蛋白质组学：选择性反向色谱从复杂多肽混合物中分离含甲硫氨酸的肽 355
36.质谱法研究非共价的蛋白质相互作用和蛋白质装配体 361