第一篇 概述 1
第1章 介绍：什么是基因表达？ 3
1.1分子生物学的中心法则 3
1.2基因转录的复杂性 7
1.3转录调控元件 8
1.4染色质活动在基因调控中的作用 11
1.5基因表达程序 12
1.6主要概念 14
拓展阅读 15
第2章 染色质的功能 16
2.1常染色质和异染色质 16
2.2核小体 19
2.3染色质开放和封闭时的组蛋白修饰 22
2.4组蛋白修饰的基因组效应 25
2.5染色质结构 28
2.6表观遗传信号对健康和疾病的影响 30
2.7主要概念 32
拓展阅读 33
第二篇 转录因子篇 35
第3章 基础转录机器 37
3.1核心启动子 37
3.2 TATA框 42
3.3核心启动子元件 44
3.4 TFⅡD作为多蛋白复合物的范例 46
3.5基因组范围内识别核心启动子的方法 47
3.6中介复合物 49
3.7主要概念 52
拓展阅读 53
第4章 转录因子 54
4.1位点特异性转录因子 54
4.2转录因子结构域 55
4.3二聚体化的转录因子复合物：核受体异源二聚体的例子 59
4.4生物信息学方法识别转录因子结合位点 61
4.5转录因子表达谱 64
4.6转录因子的分类 66
4.7主要概念 68
拓展阅读 70
第5章 信号转导与基因调控 71
5.1潜在转录因子的激活 72
5.2转录因子网络 74
5.3转录因子调控的程序性细胞分化 76
5.4 NFKB信号途径 79
5.5炎症反应中的转录因子 83
5.6感应细胞压力：p53途径 85
5.7主要概念 88
拓展阅读 89
第6章 基因表达开关：核受体的例子 90
6.1核受体超家族 90
6.2核受体的分子间相互作用 93
6.3核受体的生理作用 96
6.4核受体及其配体 98
6.5核受体和辅因子的相互作用 100
6.6主要概念 102
拓展阅读 103
第7章 基因组作图 104
7.1进化足迹法 104
7.2 ENCODE计划 107
7.3 ENCODE计划的数据挖掘 109
7.4整合ChIP-seq数据 111
7.5转录因子的其他DNA结合模式 113
7.6转录因子与靶基因的匹配 115
7.7主要概念 118
拓展阅读 119
第三篇 染色质篇 121
第8章 染色质修饰因子 123
8.1组蛋白密码模型 124
8.2组蛋白修饰酶 128
8.3组蛋白标记的全基因组分析和它们的修饰酶 132
8.4染色质修饰和疾病 135
8.5主要概念 137
拓展阅读 139
第9章 基因组印记 140
9.1绝缘子 140
9.2基因组调节器CTCF 142
9.3基因组印记 144
9.4绝缘子功能模型 147
9.5 CTCF介导的染色质结构的遗传 148
9.6主要概念 149
拓展阅读 151
第10章 表观基因组 152
10.1 DNA甲基化 152
10.2基因组范围的DNA甲基化 154
10.3 DNA甲基化、异染色质和基因沉默 156
10.4健康与疾病中的表观基因组学 160
10.5主要概念 163
拓展阅读 164
第11章 染色质重塑 165
11.1染色质重塑的作用 165
11.2 ATP-依赖的重塑复合物 167
11.3启动子上的核小体定位 170
11.4先锋因子 173
11.5转录动力学和噪声 175
11.6主要概念 177
拓展阅读 178
第12章 染色质结构 180
12.1细胞核的组织 180
12.2高级DNA环结构的形成 182
12.3细胞核内的分区 185
12.4转录工厂 186
12.5核定位与疾病 188
12.6主要概念 188
拓展阅读 189
第四篇 非编码RNA篇 191
第13章 调控RNA 193
13.1非编码RNAs 193
13.2 miRNA及其功能 195
13.3长链非编码RNA 199
13.4 eRNA 201
13.5 miRNA和转录因子介导的基因调控 203
13.6主要概念 204
拓展阅读 206