卷一 开辟纪 1
卷二 建国纪 19
卷三 经营纪 43
卷四 独立纪 65
卷五 疆域志 77
台南府 80
台北府 85
台湾府 88
台东直隶州 93
卷六 职官志 99
卷七 户役志 113
卷八 田赋志 125
官庄 134
隆恩 136
抄封 137
番租 138
屯租 140
隘租 141
卷九 度支志 147
卷十 典礼志 171
庆贺 172
接诏 173
迎春 173
耤田 174
祭社 174
释菜 175
祭纛 175
大操 176
旌表 176
乡饮 176
祀典 177
卷十一 教育志 193
卷十二 邢法志 205
卷十三 军备志 211
屯丁 251
隘勇 262
乡勇 267
师船 270
炮台 275
卷十四 外交志 279
日本聘问 280
吕宋经略 281
英人之役 283
美船之役 285
牡丹之役 286
法军之役 289
卷十五 抚垦志 297
卷十六 城池志 331
台南府城（附郭安平） 333
嘉义县城 334
凤山县城 335
恒春县城 336
台湾府城（附郭台湾） 336
彰化县城 336
云林县城 337
苗栗县城 337
台北府城（附郭淡水） 337
新竹县城 338
宜兰县城 339
台东直隶州城 339
埔里社厅城 339
基隆厅城 340
南雅厅城 340
澎湖厅城 340
卷十七 关征志 349
卷十八 榷卖志 359
盐 360
硫磺 362
煤 363
煤油 366
樟脑 366
沙金 369
阿片厘金 370
卷十九 邮传志 373
陆运 374
航运 385
邮电 388
灯台 390
卷二十 粮运志 393
仓储 400
卷二十一 乡治志 407
卷二十二 宗教志 417
神教 418
道教 422
佛教 423
景教 426
回教 428
卷二十三 风俗志 439
岁时 440
宫室 443
衣服 444
饮食 446
冠婚 447
丧祭 450
演剧 451
歌谣 451
卷二十四 艺文志 453
卷二十五 商务志 461
卷二十六 工艺志 471
纺织 473
刺绣 474
雕刻 475
绘画 475
铸造 475
陶制 476
煅灰 476
烧焿 476
竹工 477
皮工 477
卷二十七 农业志 479
稻之属 486
菽之属 488
麦之属 489
黍之属 489
稷之属 490
枲之属 490
蓝之属 490
薯之属 490
蔗之属 491
茶之属 491
蓏之属 491
蔬之属 492
果之属 493
卷二十八 虞衡志 509
草之属 510
木之属 513
竹之属 517
藤之属 518
花之属 518
卉之属 520
畜之属 523
禽之属 523
兽之属 525
虫之属 526
鱼之属 528
介之属 532
矿之属（附） 534
卷二十九 列传一 537
颜思齐、郑芝龙列传 538
宁靖王列传 541
诸臣列传 543
诸老列传 548
陈永华列传 554
林圯、林凤列传 556
刘国轩列传 557
卷三十 列传二 563
施琅列传 564
吴球、刘却列传 570
朱一贵列传 571
欧阳凯列传 578
蓝廷珍列传 579
杨文魁、殷化行、阮蔡文、王郡列传 585
卷三十一 列传三 589
王世杰列传 590
吴风列传 593
施世榜、杨志申、吴洛、张振万列传 594
林成祖、胡焯猷、张必荣、郭元汾列传 597
台东拓殖列传 599
吴福生、黄教列传 602
林爽文列传 603
孙景燧列传 609
福康安列传 611
杨廷理列传 614
郑其仁、李安善列传 615
陈周全、高夔列传 616
卷三十二 列传四 619
海寇列传 620
王得禄列传 624
谢金銮、郑兼才列传 627
吴沙列传 628
姜秀銮、周邦正列传 632
许尚、杨良斌列传 633
姚莹、徐宗幹列传 635
张丙列传 639
方振声列传 642
李石、林恭列传 643
郑勒先列传 644
郭光侯、许东灿、施九缎列传 645
卷三十三 列传五 651
戴潮春列传 652
林文察列传 660
丁曰健列传 661
林奠国列传 662
林占梅列传 665
罗冠英、陈澄清列传 668
沈葆桢列传 670
袁闻柝列传 673
刘铭传列传 675
刘璈列传 680
林平侯列传 684
卷三十四 列传六 687
（一）循吏列传 688
（二）流寓列传 701
（三）乡贤列传 708
（四）文苑列传 714
卷三十五 列传七 729
（一）孝义列传 730
（二）勇士列传 740
（三）货殖列传 744
（四）烈女列传 747
卷三十六 列传八 761
邱逢甲列传 762
吴汤兴、徐骧、姜绍祖、林昆冈列传 763
唐景崧、刘永福列传 768
后序 773
连雅堂先生家传 774