第一章 RNA工具酶 1
第一节 RNA聚合酶 1
一、依赖于DNA的RNA聚合酶 1
二、不依赖于DNA的RNA聚合酶 3
主要参考文献 6
第二节 RNA酶 6
一、重组Dicer酶 6
二、核糖核酸酶H 8
三、S1核酸酶 8
四、绿豆核酸酶 9
五、核糖核酸酶A 10
八、核糖核酸酶U2 11
七、核糖核酸酶T2 11
六、核糖核酸酶T1 11
九、核糖核酸酶N2 12
十、核糖核酸酶Phy M 12
十一、小球菌核酸酶 12
十二、碱性磷酸酶 12
十三、牛脾磷酸二酯酶 14
十四、蛇毒磷酸二酯酶 14
十五、多核苷酸磷酸化酶 14
主要参考文献 14
第三节 T4RNA连接酶 15
主要参考文献 16
第四节 反转录酶 16
一、反转录酶RAV-2 17
二、反转录酶AMV 18
三、Mo-MLV反转录酶 19
主要参考文献 20
第五节 RNA酶抑制剂 21
一、焦碳酸二乙酯 21
二、氧钒核糖核苷复合物 21
三、RNA酶的蛋白质抑制剂 22
四、其他RNase抑制剂及产品 23
主要参考文献 23
第二章 RNA提取纯化 24
第一节 动物组织细胞RNA的分离 24
一、TRIzol试剂一步分离RNA 24
二、哺乳动物细胞总RNA快速分离 26
三、哺乳动物细胞胞质RNA的分离 28
四、卵和胚胎细胞总RNA提取 29
五、CsCl法从培养细胞中提取RNA 30
六、CsCl法从组织中提取RNA 31
七、从新鲜和冰冻血液中提取RNA 32
八、从福尔马林固定、石蜡包埋的组织中提取RNA 34
九、大鼠肝rRNA的提取与分离 36
十、寡聚脱氧胸苷纤维素纯化带poly(A)+RNA 37
十一、生物素化寡聚脱氧胸苷－链亲和素磁珠纯化带poly(A)+RNA 38
十二、不同处理组织的方法对提取RNA产量的影响 41
主要参考文献 42
第二节 植物RNA的分离 43
一、酚／SDS法制备植物RNA 43
二、从富含多糖的植物组织中提取和纯化RNA 44
三、绿色叶片植物叶线粒体RNA的分离 47
主要参考文献 49
第三节 果蝇RNA的制备 50
一、从果蝇胚胎中提取总RNA或poly(A)+RNA 50
二、果蝇RNA的大规模制备 52
三、小规模快速制备果蝇RNA 53
主要参考文献 55
第四节 秀丽新小杆线虫RNA制备 55
一、材料与设备 55
二、操作方法 56
三、注意事项 57
主要参考文献 57
一、酵母总RNA的制备 58
第五节 酵母RNA分离 58
二、苯酚法制备酵母tRNA 59
主要参考文献 60
第六节 真菌总RNA的制备 60
一、材料与设备 60
二、操作方法 60
三、注意事项 61
主要参考文献 61
第七节 细菌RNA分离 61
一、从革兰氏阴性菌中分离高质量RNA 61
二、从革兰氏阳性菌中分离RNA 63
三、从革兰氏阴性菌中快速分离RNA 63
第八节 病毒RNA分离 64
主要参考文献 64
一、流感病毒RNA提取 65
二、乙型脑炎病毒RNA提取 66
三、甲型肝炎病毒RNA提取 67
第九节 从聚丙烯酰胺凝胶中回收RNA片段 70
一、材料与设备 70
二、操作方法 70
三、注意事项 71
主要参考文献 72
第十节 RNA在甲酰胺中的溶解保存 72
一、材料与设备 72
二、操作方法 72
主要参考文献 73
三、注意事项 73
第三章 RNA合成与加工 74
第一节 RNA体外转录 74
一、RNA标准转录反应 75
二、RNA大量转录合成 79
三、合成5′加帽转录物 80
主要参考文献 81
第二节 一种简单有效的降低RNA 3′端异质性的转录方法 82
一、材料与设备 82
二、操作方法 83
三、注意事项 83
主要参考文献 83
第三节 核转录分析 83
二、操作方法 84
一、材料与设备 84
三、注意事项 85
主要参考文献 86
第四节 RNA放射性标记 86
一、材料与设备 86
二、操作方法 87
主要参考文献 87
第五节 RNA反转录 88
一、材料与设备 89
二、操作方法 89
主要参考文献 90
第六节 RNA分子连接 90
三、注意事项 90
一、用T4 DNA连接酶连接RNA分子 91
二、用T4 RNA连接酶连接RNA分子 93
主要参考文献 94
第七节 核酶切割RNA专一位点 95
一、材料与设备 95
二、操作方法 95
三、注意事项 95
主要参考文献 96
第八节 脱氧核酶切割RNA专一位点 96
一、材料与设备 96
二、操作方法 96
主要参考文献 97
第九节 mRNA 3′末端体外加工 97
三、注意事项 97
一、料与设备 98
二、操作方法 100
三、注意事项 102
主要参考文献 103
第四章 mRNA体外翻译 104
第一节 mRNA在网织红细胞裂解液中的翻译 104
一、材料与设备 104
二、操作方法 105
三、注意事项 106
主要参考文献 107
第二节 mRNA在麦胚提取物中的翻译 107
一、材料与设备 108
二、操作方法 109
三、注意事项 109
主要参考文献 110
第三节 非洲爪蟾卵母细胞体外翻译系统 111
一、材料与设备 112
二、操作方法 113
三、注意事项 117
主要参考文献 118
第四节 原核细胞体外翻译系统 118
一、材料与设备 118
二、操作方法 119
三、注意事项 120
一、材料与设备 121
第五节 体外转录与体外翻译耦联的快速反应系统 121
主要参考文献 121
二、操作方法 122
三、注意事项 123
主要参考文献 123
第六节 体外无细胞体系翻译病毒mRNA 124
一、材料与设备 124
二、操作方法 126
三、注意事项 128
主要参考文献 128
第五章 RNA分析 129
第一节 RNA光谱分析与定量 129
二、操作方法 130
一、材料与设备 130
三、注意事项 131
主要参考文献 131
第二节 RNA电泳 131
一、甲醛变性琼脂糖凝胶电泳 132
二、乙二醛／DMSO变性琼脂糖凝胶电泳 133
三、氢氧化甲基汞琼脂糖凝胶电泳 134
四、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 135
主要参考文献 136
第三节 Northern Blot 137
一、材料与设备 137
二、操作方法 138
三、注意事项 139
第四节 斑点和狭缝杂交 140
主要参考文献 140
一、材料与设备 141
二、操作方法 141
三、注意事项 142
主要参考文献 143
第五节 RNA S1核酸酶作图 143
一、材料与设备 144
二、操作方法 144
三、注意事项 146
主要参考文献 146
第六节 引物延伸法RNA分析 146
一、材料与设备 147
二、操作方法 148
三、注意事项 149
主要参考文献 150
第七节 RNA原位杂交 151
一、材料与设备 153
二、操作方法 154
三、注意事项 156
主要参考文献 157
第八节 RNaseA/T1保护和RNase H聚焦法 158
一、RNase保护法 159
二、RNaseH聚焦法 161
主要参考文献 162
第九节 Fe（II）-EDTA保护测定法 162
主要参考文献 163
二、操作方法 163
一、材料与设备 163
第十节 PAT法分析mRNA poly（A）尾长度 164
一、材料与设备 165
二、操作方法 166
三、注意事项 167
主要参考文献 168
第六章 RNA修饰 169
第一节 光活化的核苷酸类似物介导的RNA－蛋白的交联 169
一、材料与设备 170
二、操作方法 171
三、注意事项 174
主要参考文献 176
第二节 亚甲基蓝介导的光交联反应检测蛋白质与双链RNA的相互作用 177
一、材料与设备 177
二、操作方法 177
三、注意事项 178
主要参考文献 179
第三节 补骨脂素介导的光交联反应研究RNA与蛋白质分子间的作用 179
一、材料与设备 180
二、操作方法 181
三、注意事项 185
主要参考文献 186
第七章 反义核酸技术、核酶与脱氧核酶 187
第一节 反义核酸技术 187
一、反义分子设计 188
二、反义分子制备 192
三、反义核酸的应用 196
四、注意事项 201
主要参考文献 202
第二节 核酶 203
一、锤头型核酶 204
二、发夹型核酶 210
三、其他类型的核酶 211
主要参考文献 214
第三节 脱氧核酶 215
一、材料与设备 216
二、操作方法 217
主要参考文献 218
第八章 RNA干涉和miRNA 220
第一节 RNA干涉 220
一、siRNA分子靶位点的选择 221
二、化学合成siRNA分子 222
三、体外转录合成siRNA分子 223
四、采用RNA聚合酶III启动子表达siRNA分子 226
五、采用RNaseIII制备siRNA分子 230
六、siRNA分子反义单链对靶基因的抑制 231
七、注意事项 232
主要参考文献 232
第二节 miRNA 234
一、miRNA克隆 235
主要参考文献 241
二、微RNA Northern Blot 241
第九章 SELEX技术 243
第一节 随机RNA文库的SELEX筛选 244
一、材料与设备 244
二、操作方法 245
三、注意事项 250
主要参考文献 251
第二节 单链DNA文库的SELEX筛选 252
一、材料与设备 252
二、操作方法 252
主要参考文献 253
一、概述 254
第一节 通过高等真核生物无细胞抽提物分析mRNA的降解 254
第十章 与RNA结合并相互作用的蛋白质的制备及其功能研究 254
二、材料与设备 258
三、操作程序 260
四、注意事项 262
主要参考文献 264
第二节 用RNA的免疫沉淀－rPCR方法进行体内分离核糖核蛋白复合体 265
一、材料与设备 265
二、实验方法 267
三、注意事项 270
主要参考文献 271
第三节 反义亲和层析法纯化及去除核蛋白复合物 272
一、材料与设备 272
二、操作方法 273
三、注意事项 276
主要参考文献 277
第四节 U系列小核糖核蛋白颗粒的纯化 278
一、材料与设备 279
二、操作方法 280
三、注意事项 283
主要参考文献 283
第五节 不均一核糖核蛋白复合物的制备 284
一、材料与设备 285
二、操作方法 286
三、注意事项 289
主要参考文献 289
第六节 纯化剪接因子SR蛋白 290
一、材料与设备 291
二、操作方法 292
三、注意事项 296
主要参考文献 296
第七节 制备体外剪接反应用HeLa细胞核和胞质S100提取物 297
一、材料与设备 297
二、操作方法 298
三、注意事项 299
主要参考文献 300
第八节 哺乳动物细胞体外剪接分析 300
一、材料与设备 301
二、操作方法 302
三、注意事项 303
主要参考文献 303
一、材料与设备 304
第九节 酵母前体mRNA剪接提取物 304
二、操作方法 309
三、注意事项 313
主要参考文献 315
第十节 前剪接体和剪接体的分离及分析 315
一、材料与设备 317
二、操作方法 319
三、注意事项 321
主要参考文献 322
第十一节 酵母剪接体分析 322
一、材料与设备 323
二、操作方法 326
三、注意事项 330
主要参考文献 331
第十一章 RNA与蛋白质相互作用 332
第一节 抑制细菌转录终止检测技术筛选RNA结合蛋白 332
一、材料与设备 333
二、操作方法 334
三、注意事项 336
主要参考文献 337
第二节 利用大肠杆菌系统检测RNA与RNA结合蛋白的相互作用 337
一、材料与设备 338
二、操作方法 339
三、注意事项 342
第三节 噬菌体展示技术研究RNA结合蛋白 343
主要参考文献 343
一、材料与设备 344
二、操作方法 346
三、注意事项 353
主要参考文献 353
第四节 天然RNA文库筛选与蛋白特异性结合的RNA序列 354
一、材料与设备 354
二、操作方法 355
三、注意事项 358
主要参考文献 359
第五节 Northwestern筛选蛋白表达文库 359
一、材料与设备 360
二、操作方法 361
三、注意事项 363
主要参考文献 364
第六节 液相法筛选cDNA表达文库中RNA结合蛋白 364
一、材料与设备 365
二、操作方法 365
三、注意事项 366
主要参考文献 367
第七节 酵母三杂交系统检测和分析RNA－蛋白相互作用 367
一、基本原理和过程 368
二、RNA与蛋白质作用研究 370
主要参考文献 376
第八节 采用PACE分析RNA－肽相互作用 377
一、材料与设备 378
二、试验方法 380
三、注意事项 382
主要参考文献 383
第九节 RNA足迹和修饰干扰分析 384
一、材料与设备 386
二、操作方法 387
三、注意事项 393
主要参考文献 394
第十节 RNA－蛋白复合物中寡核苷酸靶向的RNase H切割保护实验 395
一、材料与设备 396
二、试验方法 398
三、注意事项 401
主要参考文献 402
第十一节 硝酸纤维素滤膜结合实验确定RNA－蛋白质解离常数 402
二、操作方法 403
一、材料与设备 403
三、注意事项 405
主要参考文献 406
第十二节 凝胶阻滞实验分析RNA－蛋白质作用常数 406
一、材料与设备 408
二、操作方法 408
三、注意事项 409
主要参考文献 410
第十二章 RNA二级结构预测 411
第一节 概述 411
一、RNA二级结构的基本组成单元 413
二、基于最低自由能和基于螺旋区随机堆积的RNA二级结构预测算法介绍 413
主要参考文献 415
一、RNAStructure软件使用方法简介 416
第二节 常用RNA二级结构预测软件的使用方法 416
二、mfold软件使用方法简介 418
主要参考文献 424
第三节 pBV220载体中外源基因高效表达设计步骤 424
一、基本原理和方法 425
二、pBV220载体中外源基因高效表达设计步骤 426
主要参考文献 427
第十三章 RNA网上资源 428
第一节 综合网站 428
一、RNA世界网站 428
二、RNA学会网站 433
一、RNA杂志和术语 435
第二节 其他网站 435
主要参考文献 435
三、RNA Webring网站 435
二、日本RNA学会网站 436
三、miRNA网站 436
四、RNAi相关网站 436
五、非编码RNA相关网站 436
六、巴斯德研究所网站 437
七、生物软件网 438
八、RNA技术论坛 438
九、RNA领域相关公司网站 438
主要参考文献 439
附录 440
索引 474