第1章 分子遗传学在生态学中的应用 1
1.1什么是分子生态学？ 1
1.2分子生态学的产生 2
1.2.1等位酶蛋白 3
1.2.2等位酶遗传标记 6
1.3无限的数据源 7
1.3.1突变与重组 8
1.3.2遗传变异是适应性的吗？ 11
1.3.3聚合酶链式反应 12
1.3.3.1引物 14
1.3.3.2 DNA的来源 16
1.3.4获取PCR数据 18
1.3.4.1 DNA测序 19
1.3.4.2第二代测序 20
1.3.4.3第三代测序 21
1.3.5定量PCR 22
1.4概述 23
1.5本章小结 23
1.6有用的网站及软件 24
1.7推荐阅读 25
1.8复习题 25
第2章 分子标记在生态学中的应用 27
2.1了解分子标记 27
2.2遗传方式 27
2.2.1细胞核与细胞器 27
2.2.1.1动物线粒体DNA 28
2.2.1.2植物线粒体DNA 30
2.2.1.3包括叶绿体在内的质体DNA 32
2.2.2单倍染色体 33
2.2.3杂种鉴定 35
2.2.4单亲标记：需要注意的地方 37
2.3分子标记 38
2.3.1共显性标记 39
2.3.1.1等位酶 40
2.3.1.2 RFLP 41
2.3.1.3 DNA序列 43
2.3.1.4 SNP 44
2.3.1.5微卫星 47
2.3.2显性标记 51
2.3.2.1 RAPD 51
2.3.2.2 A FLP 52
2.4概述 54
2.5本章小结 54
2.6有用的网站及软件 55
2.7推荐阅读 55
2.8在线学习资源 56
2.9复习题 57
第3章 单种群遗传分析 58
3.1为什么要研究单个种群？ 58
3.1.1什么是种群？ 58
3.2遗传多样性的量化 62
3.2.1哈迪-温伯格平衡 62
3.2.2遗传多样性的估计 65
3.2.3单倍体多样性 69
3.2.4标记的选择 69
3.3什么因素影响遗传多样性？ 70
3.3.1遗传漂变 70
3.3.2什么是有效种群大小？ 71
3.3.3量化实际种群大小 71
3.3.4量化有效种群大小 73
3.3.4.1单样本估计 73
3.3.4.2 时序法 74
3.3.5影响Ne的种群特征 77
3.3.5.1性比 77
3.3.5.2繁殖成功率的变异 78
3.3.5.3种群大小的波动 80
3.3.6 Ne、遗传漂变和遗传多样性 81
3.3.7种群瓶颈 82
3.3.8奠基者效应和入侵物种 83
3.3.9自然选择 84
3.3.10主要组织相容性复合体 86
3.3.11繁殖 87
3.3.11.1近交 88
3.3.11.2多倍体 90
3.4概述 92
3.5本章小结 93
3.6有用的网站及软件 94
3.7推荐阅读 94
3.8在线学习资源 95
3.9复习题 95
第4章 多种群遗传分析 97
4.1为什么要研究多个种群？ 97
4.2量化种群的分化 97
4.2.1遗传距离 97
4.2.2 F-统计量 99
4.2.3对FST的解释 101
4.2.4种群的非先验识别 104
4.3量化基因流 107
4.3.1直接法 107
4.3.2间接法 109
4.3.3分配检验 110
4.4什么会影响基因流？ 110
4.4.1传播的障碍 111
4.4.2景观遗传学 111
4.4.3集合种群 114
4.4.4种间相互作用 115
4.4.5杂交 116
4.5种群分化：遗传漂变和自然选择 119
4.5.1基因流与遗传漂变 119
4.5.2基因流与局域适应 120
4.5.2.1漂变与选择 121
4.5.2.2分子进化格局 122
4.5.2.3不一致的遗传分化 122
4.5.2.4等位基因频率的渐变群变异：FST对QST 124
4.6概述 127
4.7本章小结 127
4.8有用的网站及软件 128
4.9推荐阅读 129
4.10在线学习资源 130
4.11复习题 130
第5章 重要生态性状的研究：生态基因组学、QTL分析以及反向遗传学 132
5.1重要生态性状的研究 132
5.1.1 cDNA文库和ESTs 133
5.1.2微阵列 133
5.1.3微阵列是如何发挥作用的？ 134
5.1.4探针 138
5.1.5验证基因表达差异 139
5.1.6微阵列应用 139
5.1.6.1个体内变异 139
5.1.6.2物种间变异 141
5.1.6.3序列差异 141
5.1.6.4基因表达差异 143
5.1.7微阵列与微生物群落生态学 144
5.1.8微生物的功能 146
5.1.9微阵列与基因分型 148
5.2连接基因型与表型 149
5.2.1反向遗传学 149
5.3 QTL分析 151
5.3.1连锁作图 151
5.3.2 QT L定位 156
5.3.3重要生态性状的QTL定位 159
5.4概述 162
5.5本章小结 162
5.6有用的网站及软件 163
5.7推荐阅读 164
5.8复习题 164
第6章 谱系地理学 167
6.1什么是谱系地理学？ 167
6.2谱系地理学中的分子标记 168
6.2.1细胞器与细胞核标记 168
6.2.2重复与非重复标记 170
6.2.3中性与适应性标记 171
6.3分子钟 171
6.4二叉树 174
6.5溯祖理论 177
6.5.1溯祖理论的应用 178
6.6网络 179
6.7嵌套分支谱系地理分析和统计谱系地理学 181
6.8遗传谱系的分布 183
6.8.1细分的种群 183
6.8.2传播和地理隔离 183
6.9比较谱系地理学 185
6.9.1区域一致性 185
6.9.2大陆一致性 186
6.9.2.1欧洲冰期后生物的重拓殖路线 187
6.9.3传播与入侵物种 188
6.10物种间等位基因共享 191
6.10.1谱系分选 191
6.10.2杂交带 193
6.11概述 196
6.12本章小结 196
6.13有用的网站及软件 197
6.14推荐阅读 197
6.15 在线学习资源 198
6.16复习题 199
第7章 行为生态学 200
7.1为什么使用分子去研究行为？ 200
7.2交配系统 201
7.2.1亲本分析 203
7.2.2偶外受精 206
7.2.2.1哪些个体进行偶外受精？ 210
7.2.2.2环境会影响偶外受精吗？ 210
7.2.2.3配偶选择 211
7.2.2.4交配后的配偶选择 212
7.2.3社会性繁殖 213
7.2.4社会性昆虫 216
7.3操控性比 218
7.3.1性比矛盾 220
7.4有性别偏向的传播 221
7.4.1核及线粒体标记 222
7.4.2亲缘关系 222
7.4.3 FST值 224
7.4.4分配检验 225
7.4.5空间自相关 226
7.4.6一致的结果 227
7.5捕食者与被捕食者 229
7.5.1鉴别被捕食者 229
7.5.2捕食与保护 232
7.6概述 232
7.7本章小结 233
7.8有用的网站及软件 233
7.9推荐阅读 234
7.10在线学习资源 235
7.11复习题 235
第8章 保护遗传学 237
8.1生物保护的必要性 237
8.2分类学 240
8.2.1物种的概念 240
8.2.2 DNA条形码 241
8.2.3亚种 246
8.2.4保护单元 247
8.2.5杂种 248
8.3种群大小、遗传多样性和近交 249
8.3.1近交衰退 250
8.3.2杂合度与适合度的相关性 253
8.3.3自体受精 255
8.3.4避免近交 256
8.3.5远交衰退 257
8.4迁移 258
8.4.1遗传拯救 258
8.4.2源种群 260
8.4.3恢复遗传学 262
8.5人工繁殖 263
8.5.1最大化遗传多样性 263
8.5.2人工繁殖种群的近交和远交 265
8.6遗传多样性库 265
8.7概述 267
8.8本章小结 267
8.9有用的网站及软件 268
8.10推荐阅读 268
8.11在线学习资源 269
8.12复习题 269
术语表 271
复习题答案 287
参考文献 294
索引 334
译后记 349