第一章 生态学数据收集 1
第一节 样方设置 1
一、主观取样 1
二、客观取样 1
第二节 样方形状、大小和数目 2
一、样方的形状 2
二、样方的大小 3
三、样方的数目 3
第三节 无样地取样法 4
第二章 群落数量和环境特征 6
第一节 群落的数量特征 6
一、多度 6
二、密度 6
三、盖度 7
四、频度 8
五、高度 8
六、生物量和产量 8
七、优势度和生态重要值 8
八、生活型 8
九、种—面积曲线和群落最小面积 9
第二节 环境特征 9
一、气候数据 9
二、地形数据 10
三、土壤数据 10
四、水体环境 10
五、生物因子数据 11
第三章 数据准备 12
第一节 数据的类型 12
一、名称数据 12
二、顺序性数据 12
三、数量数据 13
四、数据矩阵 13
第二节 数据预处理 14
一、数据简缩 14
二、数据转换 14
三、数据标准化 14
第三节 QBASIC编程 17
第四章 回归分析 25
第一节 应用CurveExpert进行函数拟合 25
一、CurveExpert软件简介 25
二、操作步骤 25
第二节 应用SPSS进行曲线拟合 29
第三节 运用Excel电子表格进行变量关系拟合 31
第四节 多元线性回归 31
第五章 多样性指数计算 34
第一节 生物多样性概述 34
第二节 遗传多样性 34
一、取样方法 34
二、遗传多样性标记介绍 35
三、分子数据分析方法 37
四、应用Popgen32计算群体遗传多样性和分化 40
第三节 物种多样性 45
一、物种多样性的概念 45
二、α物种多样性计算公式 45
三、β物种多样性计算公式 48
四、物种多样性的计算程序和软件 48
第六章 种间关系分析 52
第一节 相关分析 52
一、连续数据的相关性分析 52
二、二元数据的双系列相关系数 52
第二节 种间关联 53
第三节 种间相关 54
一、Pearson相关系数 54
二、Spearman秩相关系数 56
三、应用SPSS计算Pearson和Spearman秩相关系数 57
四、应用PAST计算Pearson相关系数和Spearman秩相关系数 58
五、应用QBASIC程序计算变量之间的相关性 59
第七章 生态位 61
第一节 生态位概念 61
第二节 生态位指数计算 61
一、生态位宽度 61
二、生态位重叠值 63
第八章 空间格局分析 90
第一节 空间格局的概念 90
第二节 分布格局类型的判定方法 90
一、方差均值比 91
二、x2检验 91
三、ψ检验 92
四、Morisita指数 93
五、CA扩散指数 93
六、平均拥挤度 93
第三节 格局分析方法 95
一、单种格局规模分析 95
二、种群分布格局的斑块间隙、斑块大小分析 100
第九章 群落数量分类方法 103
第一节 分类的目的和意义 103
第二节 相似系数和相异系数 103
一、仅适合二元数据的相似关系 103
二、适用于二元数据和数量数据的相似关系 106
第三节 等级聚类方法 108
一、等级聚类的一般步骤 108
二、应用PCORD软件进行聚类分析 112
三、应用PAST软件进行聚类分析 117
四、应用SPSS进行聚类分析 118
第四节 等级划分法 120
一、单元划分法 120
二、双向指示种分析法 122
第五节 非等级分类方法 125
一、相似分类法 125
二、相异分类法 125
三、图论聚类法 126
第十章 排序 129
第一节 排序概述 129
第二节 极点排序 130
一、方法简介 130
二、应用PCORD进行极点排序 133
第三节 主成分分析 137
一、主成分分析概述 137
二、主成分分析的原理 137
三、计算步骤 139
四、应用SPSS 11.0进行主成分分析 142
五、应用PAST 2.1 7进行主成分分析 144
六、应用PCORD进行主成分分析 147
第四节 主坐标排序 149
一、方法介绍 149
二、应用PAST进行主坐标排序 150
第五节 对应分析和除趋势对应分析 151
一、对应分析 151
二、除趋势对应分析 154
三、应用PAST进行对应分析和除趋势对应分析 156
四、应用PCORD进行对应分析和除趋势对应分析 158
第六节 典范对应分析和除趋势典范对应分析 160
一、典范对应分析 160
二、除趋势典范对应分析 165
三、应用PAST进行典范对应分析 165
四、应用Canoco进行典范对应分析和除趋势典范对应分析 167
五、应用PCORD进行典范对应分析和除趋势典范对应分析 172
第七节 无度量多维标定排序 174
一、方法 174
二、应用PAST和PCORD进行无度量多维标定排序 175
第十一章 生理生态学中数据统计分析 176
第一节 单因素方差分析 176
第二节 双因素方差分析 180
第三节 独立样本t检验和成对样本t检验 182
一、独立样本t检验 182
二、成对样本t检验 183
第四节 重复测量数据的方差分析 184
第五节 实验结果的图表形式 188
一、三线表 188
二、应用Excel作图的技巧 189
第十二章 应用R语言进行生态数据分析 193
第一节 R语言简介 193
一、R语言的下载和安装 193
二、R程序的一般运行方法 195
三、R语言中的基本语句 197
四、R语言中重要的生态与环境统计学程序包 204
第二节 数据标准化程序 204
第三节 二元数据的相似系数矩阵程序 206
第四节 图解相关系数矩阵的程序 208
一、程序 208
二、运算结果 208
第五节 用R语言计算物种多样性指数 211
一、α多样性的计算 211
二、β多样性计算程序 211
第六节 应用R语言进行数量分类 214
一、建立相异系数矩阵的程序 214
二、构建聚类树的程序 214
三、圆形聚类树状图的方法 216
四、聚类和热图的构建方法 218
五、最小生成树 220
第七节 应用R语言进行多元回归树构建 223
第八节 C-均值模糊聚类分析 225
第九节 应用R语言进行生态位分析 228
第十节 应用R语言进行排序分析 229
一、排序程序 229
二、组合聚类和排序的方法 234
三、典范对应分析、对应分析、除趋势对应分析和约束排序分析程序 237
四、非度量多维标定 240
五、偏约束排序分析 242
第十一节 R语言在构建决策树模型中的应用 244
第十二节 应用R语言绘制图形的方法介绍 248
一、基本作图语句 248
二、用R语言生成热图 251
三、排序二维散点图 252
四、排序的三维散点图 255
参考文献 258
有关软件的参考文献 260