第1章 数量性状遗传研究基础 1
1.1遗传学基础及其发展 2
1.1.1质量性状遗传与经典遗传学的发展 2
1.1.2数量性状遗传与数量遗传学的发展 6
1.1.3 DNA标记与现代数量遗传学 14
1.1.4数量遗传学在我国的发展 14
1.2群体遗传学基础及其发展 15
1.2.1孟德尔群体遗传结构的数学模型 15
1.2.2随机交配下理想大孟德尔群体的平衡 17
1.2.3群体在非随机交配下的遗传效应 19
1.2.4改变群体基因频率的因素 29
1.3统计学基础 31
1.3.1正态分布及其参数估计 32
1.3.2有限混合正态分布及其参数估计 35
1.3.3线性统计模型基础 40
第2章 近交与随机交配群体的遗传分析 54
2.1基因型与环境 54
2.1.1表现型值与基因型值 54
2.1.2基因型与环境互作的方差分析 55
2.2基因型值分解、基因的平均效应和育种值 56
2.2.1基因型值的分解 56
2.2.2平衡群体中基因的效应 58
2.2.3平衡群体中个体的育种值和育种效应 60
2.2.4育种值和基因型值的关系 60
2.3近交群体数量性状的世代均数分析 62
2.3.1世代平均数的遗传组成（期望组分） 62
2.3.2遗传参数估计与遗传模型检验 65
2.4近交群体数量性状的世代方差分析 75
2.4.1不分离世代的方差 75
2.4.2分离世代集团混种（混养）的方差剖分 76
2.4.3 F1代连续自交的分支交配系统方差的逐级分解 77
2.4.4 S3、S4世代方差的分解 81
2.4.5显性度 83
2.4.6自交选择的最适世代及分离极限估计 85
2.5连锁对世代均数和方差的影响 86
2.5.1加性-显性遗传模型下的两对与多对基因连锁的F2代遗传分析 86
2.5.2连锁对F1代连续自交的分支交配系统方差的影响 90
2.5.3连锁不平衡群体 92
2.6随机交配群体中亲属间的相关与回归 93
2.6.1随机交配平衡群体中亲属遗传协方差及其相似性 93
2.6.2近亲交配群体的近交系数计算 101
2.6.3亲属协方差的一般形式 105
2.6.4常见亲属协方差组分中u和r的计算 106
第3章 重复力、遗传力、相关及其估计 109
3.1重复力、遗传力和相关的概念 109
3.1.1遗传力（率）和重复力（率） 109
3.1.2表型相关、遗传相关和环境相关 111
3.1.3亲属间的表型相似性 113
3.2重复力、广义遗传力估计及重复力的应用 113
3.2.1单因素遗传设计试验的组内相关估计方法 114
3.2.2重复力的准确度及其应用 120
3.3狭义遗传力的估计 123
3.3.1用双亲本杂交类型遗传设计估计遗传力 123
3.3.2用NCⅠ遗传设计试验估计狭义遗传力 127
3.3.3用NCⅡ遗传设计试验估计狭义遗传力 141
3.3.4用NCⅢ遗传设计估计狭义遗传力 145
3.4多个数量性状的遗传力和相关估计 148
3.4.1单因素遗传设计完全随机区组试验估计方法 148
3.4.2 NCI遗传设计完全随机试验的多性状遗传力和相关估计 155
3.5阈性状及其重复力、遗传力的估计 164
3.5.1阈性状的重复力估计 165
3.5.2阈性状的遗传力估计 169
3.6遗传力、重复力显著性测验原理 175
3.6.1均方的方差估计 175
3.6.2均方比的方差估计 175
3.6.3常用遗传设计试验中组内相关系数的假设检验 176
第4章 选择原理、方法和模型 183
4.1选择的基本原理 183
4.1.1选择及其预期选择反应 184
4.1.2选择极限与世代选择效率指数 187
4.1.3世代间隔、单位时间遗传进展与现实遗传力 190
4.2单性状选择方法 192
4.2.1个体选择 192
4.2.2家系选择与同胞选择 193
4.2.3家系内选择 194
4.2.4合并选择 195
4.2.5几种选择方法相对效率比较 196
4.3间接选择和综合选择指数 199
4.3.1间接选择 199
4.3.2多性状的选择-综合选择指数 201
4.3.3选择指数的通径分析和决策分析 205
4.3.4相关遗传进展分解原理与决定系数遗传力 207
4.4通用选择指数 211
4.4.1通用选择指数 212
4.4.2通用选择指数的通径分析和决策分析 218
4.5组合性状与组合性状对分析 219
4.5.1约束组合性状分析 219
4.5.2约束组合性状对分析及其通径分析、决策分析 234
第5章 主基因-多基因遗传体系分析 243
5.1单个分离世代数量性状的分离分析 244
5.1.1单个分离世代表型分布的主要特征 244
5.1.2 F2代数量性状分离分析模型 245
5.1.3回交世代的主基因-多基因混合遗传分离分析模型 251
5.1.4单个分离世代数量性状分离分析的一步法和两步法 257
5.2数量性状的多世代联合分离分析简介 263
5.3主基因-多基因数量性状的综合选择指数 272
5.3.1综合选择指数原理 273
5.3.2应用举例 273
第6章 交配效应与配合力分析 278
6.1交配效应分析 278
6.1.1近交衰退 278
6.1.2近交导致的群体遗传方差再分配 283
6.1.3杂种优势 288
6.1.4杂交引起的群体遗传方差再分配 293
6.1.5近交、杂交与环境方差 298
6.1.6杂种优势的机理 300
6.2配合力分析 302
6.2.1配合力概念及其方差 303
6.2.2配合力估计的试验设计方法 305
6.2.3双列杂交完全随机区组试验的配合力分析 306
6.2.4关于多元双列杂交的配合力分析 351
第7章 数量性状与分子遗传学 358
7.1数量性状与遗传学 358
7.1.1数量性状与经典遗传学 358
7.1.2数量性状与分子遗传学 360
7.1.3遗传标记与基因定位 362
7.2 QTL的初级定位及其作图原理 365
7.2.1作图群体的建立 366
7.2.2图谱构建的理论基础 367
7.3单标记分析法 375
7.3.1单标计分析样本资料表 375
7.3.2用重组率r表示的标记和QTL基因型频率表 375
7.3.3基于标记分组的标记和QTL的共分离信息 376
7.3.4均值差-方差分析法及参数估计 379
7.3.5最大似然估计的EM算法 384
7.4区间作图法和复合区间作图法 388
7.4.1区间作图法 388
7.4.2复合区间作图法 392
7.5数量性状的标记辅助选择 396
7.5.1标记值选择 396
7.5.2指数选择 397
7.5.3数量性状的分子标记辅助选择 399
7.6 KEGG通路的通径分析及其决策分析 402
7.6.1 DIA方法的KEGG通路 402
7.6.2 KEGG通路DIA影响的通径分析及其决策分析 407
7.6.3细胞过程路梯度分析、通径分析及其决策分析 408
7.6.4梯度分析、通径分析及其决策分析与DIA方法的比较 418
参考文献 420