第一部分：相互作用 3
1．用Linguamatics公司研发的I2E软件从发表的文献中挖掘蛋白质相互作用&Judith Bandy,David Milward,and Sarah McQuay 3
2．基因组规模实验中转录因子与DNA结合的相对亲和力、特异性和敏感度&Vladimir A.Kuznetsov 15
3．抑制因子-靶标数据的管理：步骤和在途径分析上的作用&Sreenivas Devidas 51
4．用功能蛋白质芯片描绘蛋白质相互作用网络&Dawn R.Mattoon and Barry Schweitzer 63
5．蛋白质相互作用的手工注释&Svetlana Bureeva,Svetlana Zvereva,Valentin Romanov,and Tatiana Serebryiskaya 75
第二部分：分析 99
6．基因集富集分析&Charles A.Tilford and Nathan O.Siemers 99
7．PANTHER途径：一个整合了数据分析工具且基于本体的途径数据库&Huaiyu Mi and Paul Thomas 123
8．采用网络分析优化排序影响途径的基因&Aaron N.Chang 141
9．从多样的功能基因组数据中发掘生物学网络&Chad L.Myers,Camelia Chiriac,and Olga G.Troyanskaya 157
10．在基于知识的集成平台上对组学数据及小分子化合物的函数分析&Yuri Nikolsky,Eugene Kirillov,Roman Zuev,Eugene Rakhmatulin,and Tatiana Nikolskaya 177
11．动力学模型作为一种整合多层次动态实验数据的工具&Ekaterina Mogilevskaya,Natalia Bagrova,Tatiana Plyusnina,Nail Gizzatkulov,Eugeniy Metelkin,Ekaterina Goryacheva,Sergey Smimov,Yuriy Kosinsky,Aleksander Dorodnov,Kirill Peskov,Tatiana Karelina,Igor Goryanin,and Oleg Demin 197
12．Cytoscape：用于网络建模的一个基于社区的框架&Sarah Killcoyne,Gregory W.Carter,Jennifer Smith,and John Boyle 219
13．用语义数据集成和知识管理表示生物网络相关性&Sascha Losko and Klaus Heumann 241
14．复杂的、多数据类型及多工具分析的解决方案：运用工作流程与流水线方法的原则及应用&Robin E.J.Munro and Yike Guo 259
第三部分：应用 275
15．高通量siRNA筛选结合化合物筛选作为一种干扰生物系统以及识别目标途径的方法&Jeff Kiefer,Hongwei H.Yin,Qiang Q.Que,and Spyro Mousses 275
16．用高密度等位基因关联数据进行途径和网络的分析&Ali Torkamani and Nicholas J.Schork 289
17．miRNAs：从生物起源到网络&Giuseppe Russo and Antonio Giordano 303
18．MetaMiner（CF）：疾病导向的生物信息学分析环境J&erry M.Wright,Yuri Nikolsky,Tatiana Serebryiskaya,and Diana R.Wetmore 353
19．转化研究与生物医学信息学&Michael Liebman 369
20．ArrayTrack：一个美国食品及药物管理局（FDA）和公共基因组工具&Hong Fang,Stephen C.Harris,Zhenj iang Su,Minj un Chen,Feng Qian,Leming Shi,Roger Perkins,and Weida Tong 379
索引&高友鹤 尹剑锐 译 399