第一章 医学微生态学基础 1
第一节 正常微生物群与微生态系 1
一、正常微生物群分类与分布 1
二、人体各部位的微生态系 3
第二节 微生态平衡与失调 5
一、微生态平衡的标准 5
二、微生态失调的分类 6
三、微生态失调的诱发因素 7
第三节 微生态学研究的进展 7
一、口腔微生态学研究进展 8
二、肠道微生态学研究进展 11
第二章 口腔微生态学基础 13
第一节 口腔微生态学研究概况 13
一、口腔微生态学定义 14
二、研究的目的与意义 15
第二节 口腔微生态系 15
一、口腔微生态空间的环境因子 15
二、口腔生态空间的特点及微生物组成 16
第三章 口腔微生物群的演替 22
第一节 口腔微生物的来源 23
第二节 口腔微生物的演替 23
一、生理性演替 23
二、病理性演替 25
第四章 口腔正常微生物群 27
第一节 口腔微生物组 27
一、口腔细菌组 28
二、口腔真菌组 31
三、口腔病毒组 32
四、口腔古菌组 33
第二节 核心口腔微生物组 33
一、链球菌属 34
二、普雷沃菌属 36
三、嗜血菌属 36
四、罗斯菌属 37
五、韦荣菌属 38
六、奈瑟菌属 38
七、梭杆菌属 39
八、卟啉单胞菌属 41
九、放线菌属 41
十、棒状杆菌属 42
十一、二氧化碳噬纤维菌属 43
第三节 口腔微生物种群的生态链 44
一、口腔细菌种群间的生态链 44
二、细菌与真菌种群的生态链 46
三、病毒与细菌种群的生态链 49
第四节 口腔微生物新种 52
一、新菌属 53
二、新菌种 54
第五章 口腔微生态境中细菌黏附 62
第一节 非特异性黏附 62
一、范德华引力与表面电荷 62
二、钙桥作用 63
三、氢键作用 63
四、疏水作用 64
第二节 特异性黏附 64
一、黏附素－受体学说 64
二、脂磷壁酸－葡聚糖－葡糖基转移酶复合体作用 68
第三节 黏附过程与影响因素 71
一、细菌初始黏附 71
二、细菌共黏附 72
三、口腔生物膜形成过程 73
四、与黏附相关的宿主因子（受体） 74
五、与黏附相关的微生物因子（黏附素） 78
六、黏附介质的作用 85
第六章 口腔生态系动力学 90
第一节 生态系的动力学基础 90
一、能量流 90
二、物质流 92
三、信息流 94
第二节 群落行为生态学 97
一、群落稳定性和多样性 97
二、群落对紊乱的反应 103
第三节 群落遗传生态学 107
一、基因多样性 107
二、物种形成 107
第四节 口腔生态系的平衡与失调 108
一、基本概念 108
二、口腔生态平衡和失调 109
第五节 动力学影响因子 114
一、唾液和龈沟液 114
二、牙脱矿和再矿化 114
三、微生物的相互作用 115
四、宿主行为及个体差异 118
第七章 口腔微生物组群的生态关系 121
第一节 影响口腔微生物组群生态关系的主要因素 121
一、营养底物 122
二、代谢产物 122
三、细菌素 124
第二节 共生与拮抗对口腔微生物群落的影响 125
一、细菌间相互作用与生物膜内细菌定植 126
二、密度感应系统相关信号分子与生物膜形成 126
三、细菌间相互作用与生物膜致病性 127
第三节 细菌生物膜内遗传物质交换 128
一、生物膜中通过转化进行的基因转移 129
二、生物膜中通过接合进行的基因转移 131
三、噬菌体与生物膜及基因转移 131
第八章 牙菌斑生物膜微生态境 135
第一节 唾液获得性膜 135
一、获得性膜的形成 135
二、获得性膜的组成 136
三、影响获得性膜成分的主要因素 136
四、获得性膜的生物学作用 137
第二节 牙菌斑生物膜的形成 137
一、细菌黏附与定植 137
二、牙菌斑生物膜的成熟 138
第三节 牙菌斑生物膜中微生物群落 139
一、口腔微生物群落的早期研究 139
二、微生物群落的相互作用 139
三、微生物群落的致病机制 140
四、细菌素对微生物群落的作用 141
第四节 牙菌斑生物膜的微结构 142
一、口腔天然环境内生物膜微观结构 142
二、多菌种生物膜三维结构 144
三、多菌种生物膜pH三维分布 148
四、多菌种生物膜对抗生素的反应 148
第五节 牙菌斑生物膜代谢对口腔生态境的影响 150
一、牙菌斑生物膜的物质代谢 150
二、牙菌斑生物膜矿物质转换 151
三、代谢产物对口腔生态境的影响 152
第六节 牙菌斑生物膜生态平衡的调节 154
一、牙齿微环境 154
二、唾液微环境 154
三、微生物相互作用 155
四、碳水化合物 156
五、氢离子浓度 156
六、氟化物 157
七、精氨酸对牙菌斑生物膜微生态系影响 157
第九章 儿童口腔微生态 164
第一节 儿童口腔的特点 164
一、儿童口腔器官生长发育、生理功能的变化特点 164
二、口腔细菌定植特点 166
第二节 生长发育与口腔微生态的关系 167
一、无牙期的口腔微生态特点 167
二、乳牙萌出期的口腔微生态特点 168
三、乳牙列期的口腔微生态特点 168
四、混合牙列期的口腔微生态特点 169
五、年轻恒牙列期的口腔微生态特点 170
第三节 儿童口腔疾病与口腔微生态的关系 170
一、儿童龋病与口腔微生态 170
二、牙髓及根尖周炎与口腔微生态 172
三、儿童牙周炎与口腔微生态 173
四、儿童常见口腔黏膜病与口腔微生态 175
第十章 龋病微生态 177
第一节 牙齿的微生态区 177
一、光滑面微生态境 177
二、邻面微生态境 177
三、点隙窝沟微生态境 178
四、牙齿根面微生态境 179
第二节 龋病的生态学说 179
一、特异性病因学说 179
二、非特异性病因学说 179
三、生态病因学说 179
第三节 龋病微生态 181
一、不同部位龋病的微生态特点 181
二、不同进展速度龋病的微生态特点 183
三、不同阶段龋病的微生态特点 183
第四节 龋病治疗中的生态学原则 184
一、窝洞预备及消毒 184
二、材料选择 184
第十一章 牙髓根尖周病微生态 187
第一节 牙髓根尖周组织的微生态区 187
一、牙髓微生态区 187
二、根尖周组织微生态区 191
第二节 牙髓根尖周组织细菌感染生态 193
一、牙髓根尖周疾病的细菌感染学说 193
二、细菌对牙髓根尖周组织的感染路径 196
第三节 牙髓根尖周疾病的微生态致病学说 197
一、非特异性致病菌学说 197
二、根管内、根尖区生物膜 199
三、宿主与致病菌间的平衡学说 201
四、微生物的致病机制 202
五、宿主对感染微生物的防御机制 205
第四节 牙髓根尖周疾病的微生态系统 208
一、原发性根管感染的微生态 208
二、继发性根管感染的微生态 210
三、根尖外感染的微生态 211
第五节 临床治疗对生物膜微生态系的作用 212
一、牙菌斑生物膜对治疗药物的抵抗作用 213
二、药物对细菌生态的作用 213
三、抗药细菌的产生 215
第十二章 牙周病微生态 218
第一节 牙周微生态系的构成 218
一、牙周组织 218
二、龈上菌斑和龈下菌斑生物膜 222
第二节 牙周病的病因学说 225
一、特异菌斑学说及非特异菌斑学说 225
二、内源性感染学说及外源性感染学说 226
第三节 牙周微生物 227
一、牙周微生物复合体 227
二、牙周微生物复合体中的主要牙周可疑致病菌 228
第四节 牙周状态与牙周微生态的关系 237
一、牙龈炎微生态特点 238
二、牙周炎的牙周微生态特点 239
三、舌苔微生态与口臭 243
第五节 全身状况与牙周微生态的关系 243
一、吸烟对牙周微生态的影响 243
二、性激素对牙周微生态的影响 246
三、糖尿病与牙周微生态 247
四、心血管疾病与牙周微生态 249
五、早产、低体重新生儿与牙周微生态 253
第六节 牙周病临床治疗与牙周微生态的关系 254
第十三章 口腔黏膜病与微生态 261
第一节 口腔黏膜微生态系统 261
一、口腔黏膜微生态系统的构成 261
二、口腔黏膜微生态系统的特点 263
三、口腔黏膜微生态系统的影响因素 266
第二节 口腔黏膜病生态病因学说 267
一、口腔菌群失调与口腔黏膜病 267
二、免疫功能异常与口腔黏膜病 268
第三节 口腔黏膜病相关的微生物 270
一、与口腔黏膜病相关的病毒 270
二、与口腔黏膜病相关的假丝酵母菌 277
三、与口腔黏膜病相关的细菌 281
四、与口腔黏膜病相关的螺旋体 283
第十四章 口腔颌面部疾病的微生态 286
第一节 颌面部组织及生态学特点 286
第二节 颌面部感染的微生态 287
一、牙源性感染 287
二、非牙源性颌面部感染 289
第三节 唾液腺非肿瘤性疾病的微生态 290
一、唾液组成与功能 290
二、唾液腺非肿瘤性疾病及其微生态特点 291
第四节 唇腭裂患者的口腔微生态 293
一、唇腭裂的解剖特点与治疗 293
二、唇腭裂患儿的口腔微生态特点 293
三、唇腭裂患者手术前后口腔微生态的变化 294
第五节 口腔癌微生态 295
一、口腔细菌与口腔癌 295
二、口腔病毒感染与口腔癌 297
第十五章 口腔正畸及修复的微生态 302
第一节 正畸和修复材料的生态学 302
一、生物材料对口腔微生态的影响 302
二、生物材料对口腔正常微生物的影响 303
第二节 正畸矫治的生态学 303
一、正畸矫治的生态学问题 303
二、各种正畸矫治器对微生态和细菌黏附的影响 304
三、正畸矫治生态学问题的防治 305
第三节 义齿修复的生态学 308
一、活动义齿修复的生态学问题 308
二、全口义齿对口腔微生态的影响 309
三、固定义齿修复的生态学问题 310
四、义齿修复中微生态学问题的防治 311
第四节 种植义齿修复的生态学 313
一、种植体周围微生物及生态学问题 313
二、种植体对微生态的影响 314
三、种植体生态学问题的防治 315
第五节 复合树脂与牙科粘接系统的生态学 316
一、复合树脂与牙科粘接系统生态学问题 316
二、复合树脂与牙科粘接系统对微生态的影响 317
三、复合树脂粘接修复的生态防治 317
第十六章 口腔感染性疾病的生态防治 321
第一节 口腔疾病生态防治的基本原则 321
第二节 口腔疾病生态防治的主要措施 322
一、龋病的生态防治 322
二、牙周疾病 323
三、口腔黏膜病 324
四、义齿修复及固定矫治中口腔问题的生态防治 325
第三节 全身性疾病口腔并发症的生态防治 326
一、白血病 326
二、糖尿病 327
三、癌症放化疗后 328
四、器官移植术后 329
第十七章 口腔微生态学的研究技术 331
第一节 口腔正常微生物群落分析的传统技术 331
一、微生物生长曲线的测定 331
二、菌落形成单位的测定 332
三、微生物黏附力检测 335
四、PCR技术分析微生物菌落多样性 335
五、DGGE技术检测微生物菌落多样性 337
六、原位荧光杂交技术（FISH） 338
第二节 口腔微生物宏基因组学研究 339
一、口腔微生物组与宏基因组学 339
二、基因芯片技术 340
三、下一代测序技术 344
四、下一代测序技术检测口腔微生物多样性分析 354
五、口腔微生物宏基因组学研究展望 359
第三节 牙菌斑生物膜形成实验 361
一、龈上菌斑生物膜体外形成实验 362
二、龈上菌斑生物膜体内形成实验 365
三、龈下菌斑生物膜模型 365
第四节 牙菌斑生物膜结构检测 366
一、基本生物量的测定 366
二、结构观察和组成分析 366
第五节 生物膜胞外聚合物的检测 370
一、EPS破坏性分析 371
二、EPS非破坏性分析 372
第六节 口腔微生物毒性因子的检测 372
一、细菌侵袭性检测 372
二、细菌内毒素的检测 374
三、侵袭酶活性测定 375
四、其他毒力因子检测 376
第七节 口腔微生物蛋白质组学 377
一、双向凝胶电泳分离蛋白质 378
二、质谱分析鉴定蛋白质 379
三、蛋白质组学在口腔微生物研究中的应用 381
第八节 口腔微生物代谢组学研究 383
一、代谢组学技术平台 383
二、代谢组学方法在微生物领域里的应用 388
三、代谢组学方法在口腔微生物及口腔疾病领域里的应用 391
四、最新研究方向及展望 392