第一章 方法的意义、范围与次序 1
一、治学以方法为首要 1
二、方法论的三方面 1
三、客观的主观与绝对的主观、绝对的客观 3
四、本书各种方法的次序与要点 4
第二章 观察的方法（观点的精华） 6
一、新观点的理论 6
附录 哲学社会科学之原因 11
二、新观点的应用 23
附录 用物观考据证明李季观察道家阶级和主张的错误 25
三、整个的贯通法 26
第三章 界限的方法 29
一、科学哲学社会科学三个体系与重要说明 29
附录 哲学社会科学二者之互相关系与同一目标 34
二、古今中外各家思想的关系与比较 37
三、不甚广泛与多方面的有意义 40
第四章 搜集的方法（材料的精华） 48
一、思想材料与书籍种类 48
二、中国历代思想的盛衰与异同 63
三、中国思想史料简目 64
附录 几点说明 74
第五章 选择的方法 75
一、对于新旧文化的各派见解——赞成、反对、调和、扬弃四派的态度 75
二、选择材料与认识真理的两种标准 78
三、打破中国思想史上的道统说 81
第六章 评论的方法（态度的精华） 84
一、辩论批评的重要 84
二、评论应有的各种态度 86
三、评论须知的各种方法 114
四、价值与影响非尽合一 119
五、先研究后批评与信仰 125
第七章 实践的方法（学说的精华） 127
一、思想与实践的关系 127
二、个人与社会的实践 141
附录一 吕思勉先生介绍——论蔡撰思想史与史学界之关系 183
附录二 嵇文甫先生来书 184
附录三 陈钟凡先生来书——祈早日问世勿秘而不宣 185
附录四 柳诒徵先生诗经正训序——蔡撰思想史与国学图书馆藏书之关系 187
附录五 刘掞藜先生遗书——搜集中国思想史料与“生活”“志事” 189