第1章 绪论 1
参考文献 5
第2章 QTL连锁分析理论和方法 7
2.1 QTL连锁分析概述 7
2.2 Bayes统计推断的基本原理 8
2.3 基于RJ-MCMC进行畜禽远交群体QTL连锁分析 10
2.3.1 遗传模型 10
2.3.2 标记基因型和性状表型的数据模拟 12
2.3.3 QTL的1BD矩阵推断方法 12
2.3.4 基于RJ-MCMC的QTL连锁分析 14
2.3.5 连续性状QTL连锁分析 18
2.3.6 二级阈性状QTL连锁分析 22
2.3.7 主要结论 38
2.4 基于贝叶斯压缩（Bayes shrinkage）技术的QTL连锁分析 41
2.4.1 基于Bayes压缩技术的连锁分析模型 41
2.4.2 全条件后验分布推导和MCMC抽样 42
2.4.3 基于MCMC参数估计值的统计检验 44
2.4.4 贝叶斯压缩方法的模拟验证 44
参考文献 47
第3章 QTL精细定位理论与方法 50
3.1 基于IBD方法的基因精细定位 51
3.1.1 IBD定位方法基本原理 52
3.1.2 IBD精细定位的分析方法 52
3.1.3 IBD精细定位的模拟研究 54
3.2 结合连锁分析（LA）和连锁不平衡分析（LA/LD）的QTL精细定位策略 64
3.2.1 LD/LA定位的理论基础和方法 65
3.2.2 基于模拟试验进行LA和LA/LD分析的比较研究 72
3.2.3 主要结论 82
参考文献 84
第4章 基于传递不平衡检验的关联分析方法 86
4.1 利用系谱传递不平衡检验进行阈性状QTL定位 88
4.1.1 PTDT方法 89
4.1.2 PTDT的检验功效和Ⅰ型错误 91
4.1.3 影响PTDT检验效力的因素 95
4.2 利用系谱传递不平衡检验进行数量性状QTL定位 100
4.2.1 数量性状转化为分类性状方法 100
4.2.2 选择性基因型测定 101
4.2.3 数据模拟 101
4.2.4 数量性状转化方法比较 101
4.2.5 PTDT与QTDT和PDT效力比较 103
4.2.6 PTDT选择性基因型测定基因定位效力 103
参考文献 104
第5章 单倍型推断 106
5.1 基本概念 106
5.1.1 单倍型（haplotype）、双倍型（diplotype） 106
5.1.2 单倍型推断 107
5.1.3 大片段染色体单倍型推断 107
5.2 利用单亲资料推断单倍型——SPFHAP法 108
5.2.1 方法概述 108
5.2.2 单倍型推断效率 110
5.3 利用全同胞信息推断单倍型——FSHAP法 111
5.3.1 方法概述 111
5.3.2 单倍型推断效率 113
5.4 复杂家系单倍型推断 115
5.4.1 零重组单倍型推断方法（ZRHI） 116
5.4.2 有重组单倍型推断方法——MRHI 122
5.4.3 讨论 127
参考文献 128
第6章 生物信息学在重要经济性状的基因分离中应用 132
6.1 牛全基因组转录因子数据库构建 134
6.1.1 牛全基因组预测转录因子识别原理 135
6.1.2 数据与方法 135
6.1.3 牛全基因组预测转录因子数据库的构架以及应用 135
6.1.4 数据库特征分析 138
6.2 后生动物转录因子ETS基因家族的分类与进化分析 141
6.2.1 数据来源和分析方法 142
6.2.2 分析结果 143
6.2.3 讨论 149
6.3 基因芯片的数据分析 151
6.3.1 微阵列数据的数学模型 152
6.3.2 非对数转换方法 153
6.3.3 检测差异表达的基因 155
6.3.4 cDNA微阵列数据的模拟 156
6.3.5 模拟数据研究结果 158
6.3.6 模拟研究结果分析 162
6.3.7 实际数据分析应用 164
参考文献 166
第7章 动物分子标记辅助育种技术 173
7.1 标记辅助选择 173
7.1.1 MA-BLUP 173
7.1.2 两阶段选择 177
7.2 标记辅助导入 181
7.3 标记辅助基因聚合 187
7.3.1 基因聚合的基本思路 188
7.3.2 动物群体的基因聚合方案 188
7.3.3 基因聚合所需群体规模的计算 189
7.3.4 不同基因聚合方案的比较 195
7.3.5 影响基因聚合方案效率的因素 196
7.3.6 基因聚合的果蝇模拟试验 199
参考文献 200
第8章 基因组选择技术 202
8.1 基因组选择技术简介 202
8.1.1 基因组选择的基本原理 202
8.1.2 基因组育种值的计算方法 203
8.1.3 基因组选择的准确性及其影响因素 206
8.1.4 基因组选择的应用 208
8.2 利用性状特异关系矩阵的最佳线性无偏预测法（TABLUP） 211
8.2.1 TABLUP法的基本方法 211
8.2.2 TABLUP法的性能 212
8.3 利用低密度标记的基因组选择 214
8.3.1 高密度芯片下GEBV的准确性 215
8.3.2 标准参数下低密度芯片的GEBV准确性 216
8.3.3 遗传力对低密度标记GEBV准确性的影响 217
8.3.4 有效群体大小对低密度标记GEBV准确性的影响 217
8.3.5 筛选标记数和芯片密度的关系 218
8.3.6 低密度标记基因组选择的相关问题 219
参考文献 220
第9章 猪免疫性状基因定位 225
9.1 猪各种免疫性状的生物学意义 226
9.1.1 血液指标 226
9.1.2 细胞因子 227
9.1.3 T淋巴细胞亚群 228
9.1.4 IgG与溶菌酶 229
9.2 猪免疫（抗病）性状相关QTL和候选基因的研究现状 230
9.2.1 猪免疫（抗病）性状相关QTL的研究现状 230
9.2.2 猪免疫（抗病）性状相关候选基因的研究现状 232
9.3 我国猪群中免疫性状相关的QTL检测 234
9.3.1 试验猪群及免疫指标测定 234
9.3.2 微卫星标记的选择及QTL连锁分析 235
9.3.3 影响猪血常规指标QTL的定位结果 236
9.3.4 影响猪细胞因子QTL的定位结果 240
9.4 我国猪群中猪免疫性状的候选基因分析 242
9.4.1 猪CD14基因的克隆和组织表达 243
9.4.2 TLR4的组织表达 244
9.4.3 LMP2和MECL-1基因的克隆和组织表达 245
9.4.4 猪LMP2、LMP7基因与免疫性状的关联分析 249
参考文献 252
第10章 仔猪腹泻抗性基因分离与鉴定 263
10.1 致仔猪腹泻大肠杆菌简介 263
10.1.1 大肠杆菌疾病分类及主要特征 263
10.1.2 大肠杆菌的致病机理 264
10.1.3 ETEC的血清分型 264
10.1.4 产肠毒素的毒力因子及其致病性 265
10.2 仔猪小肠上的大肠杆菌受体 266
10.2.1 受体的作用 266
10.2.2 受体的性质 266
10.2.3 肠道不同部位、日龄等对受体的影响 267
10.2.4 仔猪产肠毒素F4ab/ac受体的遗传特性 267
10.2.5 受体的检测以及影响因素 267
10.3 F4受体候选基因的筛选 268
10.3.1 DDRT-PCR技术筛选仔F4受体候选基因 268
10.3.2 抑制性消减杂交（SSH）技术筛选仔猪腹泻抗性候选基因 269
10.4 仔猪腹泻大肠杆菌F4ab/ac受体候选基因分析 271
10.4.1 转铁蛋白（Tf） 271
10.4.2 肿瘤相关钙离子信号转导因子1（TACSTD1） 272
10.4.3 黏液素4基因（MUC4） 272
10.5 F4ab/ac受体基因的精细定位 275
参考文献 278
第11章 奶牛产奶性状全基因组关联分析 283
11.1 资源群体 284
11.2 SNP基因型测定及质量控制 285
11.3 全基因组关联分析统计方法 286
11.3.1 关联分析的统计模型 286
11.3.2 对多重检验的校正 287
11.3.3 群体分层检验 289
11.4 与牛产奶性状显著关联的SNPs 289
11.4.1 产奶量 291
11.4.2 乳脂量 292
11.4.3 乳蛋白量 293
11.4.4 乳脂率 294
11.4.5 乳蛋白率 296
11.5 主要结论 297
参考文献 300
第12章 鸡生长和产蛋性状候选基因分析 305
12.1 鸡重要经济性状分子遗传机理研究现状 305
12.1.1 鸡的基因组图谱 305
12.1.2 鸡重要经济性状QTL定位研究进展 307
12.1.3 鸡重要经济性状的候选基因 308
12.1.4 北京油鸡生长和产蛋性状候选基因分析 310
12.2 TGFB2和IGF2R基因的遗传效应分析 312
12.2.1 SNP筛选和测定 313
12.2.2 SNP与性状的关联分析 314
12.2.3 TGFB2基因SNP的转录因子结合位点分析 319
12.3 IGFBP1、IGFBP3和STAT5B基因遗传效应分析 320
12.3.1 SNP筛选和测定 321
12.3.2 基因和基因型频率以及Hardy-Weinberg平衡检验 322
12.3.3 SNP与生长和产蛋性状的关联分析 323
12.3.4 蛋白质结构预测 327
12.3.5 转录因子结合位点分析 327
12.4 GHRHR和JAK2基因遗传效应分析 330
12.4.1 SNP筛选和测定 330
12.4.2 SNP与生长和产蛋性状关联分析 331
参考文献 334
第13章 动物杂种优势分子遗传机理研究 341
13.1 试验鸡群组建 341
13.2 试验鸡群主要屠体性状及产蛋性状的杂种优势率 342
13.2.1 主要屠体性状的杂种优势 342
13.2.2 主要产蛋性状的杂种优势 343
13.2.3 主要蛋品质性状的杂种优势率 344
13.3 心肌和肝脏组织基因差异表达与鸡屠体性状杂种优势的关系 346
13.3.1 基因差异表达类型与鸡屠体性状杂种优势的关系 346
13.3.2 差异表达基因的表达量与屠体性状杂种优势的关系 351
13.3.3 主要研究结论 355
13.4 卵巢组织基因差异表达与鸡产蛋性状和蛋品质性状杂种优势的关系 356
13.4.1 基因差异表达模式与鸡产蛋性状和蛋品质性状杂种优势的关系 356
13.4.2 差异表达基因的表达量与产蛋性状和蛋品质性状杂种优势的关系 360
13.5 应用荧光定量差异显示技术探索鸡杂种优势的分子机理 362
13.5.1 利用持家基因的荧光定量分析标定cDNA池的浓度 362
13.5.2 促卵泡素受体基因（FSHR）的荧光定量检测结果 363
13.5.3 雌激素受体（ER）基因的荧光定量检测结果 365
13.5.4 主要研究结论 366
参考文献 367