蛋白质结构与功能PDF电子书下载

译者序 1

前言 1

本书使用说明 1

从序列到结果 1

第一章 从序列到结构 1

1-0 概述：蛋白质的功能和构造 2

1-1 氨基酸 4

1-2 基因和蛋白质 6

1-3 肽键 8

1-4 稳定折叠蛋白质的键 10

1-5 二级结构的重要性和决定因素 12

1-6 α螺旋的特征 14

1-7 β折叠的特征 16

1-8 二级结构的预测 18

1-9 折叠 20

1-10 三级结构 22

1-11 膜蛋白的结构 24

1-12 蛋白质稳定性：弱相互作用和柔韧性 26

1-13 蛋白质稳定性：翻译后修饰 28

1-14 蛋白质的域 30

1-15 蛋白质结构通则 32

1-16 蛋白质基序 34

1-17 α域和β域 36

1-18 α/β、α＋β和交联域 38

1-19 四级结构：一般原则 40

1-20 四级结构：分子间界面 42

1-21 四级结构：几何学 44

1-22 蛋白质的柔韧性 46

第二章 从结构到功能 49

2-0 概述：蛋白质功能的结构基础 50

2-1 识别、互补和活性位点 52

2-2 柔韧性和蛋白质功能 54

2-3 结合位点的位置 56

2-4 结合位点的性质 58

2-5 结构蛋白的功能特性 60

2-6 催化：概述 62

2-7 活性位点的几何学 64

2-8 邻近性和基态去稳定 66

2-9 稳定过渡态和排斥水 68

2-10 氧还反应 70

2-11 加成/消除、水解和脱羧 72

2-12 活性位点的化学 74

2-13 辅助因子 76

2-14 多步反应 78

2-15 多功能酶 80

2-16 具有通道的多功能酶 82

第三章 蛋白质功能的调控 85

3-0 概述：调节的机制 86

3-1 蛋白质相互作用域 88

3-2 定位调节 90

3-3 pH和氧化还原环境对蛋白质功能的调控 92

3-4 效应物配体：竞争性结合与协同效应 94

3-5 效应物配体：构象变化与别构效应 96

3-6 基于核苷酸水解反应的蛋白质开关 98

3-7 GTP酶开关：小信号G蛋白 100

3-8 GTP酶开关：异源三聚体G蛋白酶转导的信号 102

3-9 GTP酶开关：蛋白质合成 104

3-10 马达蛋白开关 106

3-11 受降解作用的调节 108

3-12 蛋白质功能的磷酸化调节 110

3-13 信号蛋白质激酶的调节：激活机制 112

3-14 信号蛋白质激酶的调节：Cdk的激活 114

3-15 细菌的双组分信号转导系统 116

3-16 蛋白酶水解的调控作用：蛋白质前体的激活 118

3-17 蛋白质剪接：通过内蛋白子自身酶解 120

3-18 糖基化 122

3-19 脂质修饰介导的蛋白质靶向 124

3-20 甲基化、N-乙酰化、SUMO化和亚硝基化 126

第四章 从顺序到功能：结构和功能基因组学中的案例分析 129

4-0 概述：在基因组学的时代背景下从顺序到功能 130

4-1 序列对位排列和比较 132

4-2 蛋白质特征集 134

4-3 从顺序推测功能 136

4-4 研究蛋白质功能的实验手段 138

4-5 趋异进化和趋同进化 140

4-6 从顺序到结构：同源模建 142

4-7 从顺序到结构：Profile-basedthreading方法和“Rosetta” 144

4-8 从结构预测功能：蛋白质超家族 146

4-9 确定结合位点的策略 148

4-10 确定催化残基的策略 150

4-11 TIM桶：一种结构，多种功能 152

4-12 PLP酶：多种功能，一种结构 154

4-13 兼职：多功能蛋白质 156

4-14 变色龙序列：一条序列，多种折叠方式 158

4-15 朊病毒、淀粉状蛋白和丝氨酸蛋白酶抑制剂：亚稳定的蛋白质折叠 160

4-16 从未研究过的基因的功能：半乳糖酸脱水酶 162

4-17 从零开始：一个功能未知的基因产物 164

第五章 结构测定 167

5-1 结构信息的解读 168

5-2 利用X射线晶体分析法和NMR法进行结构测定 170

5-3 晶体和NMR结构的质量及表述 172

参考文献 175

定义 183

索引 191