生物信息学Perl语言基础PDF电子书下载

第一章 Perl语言简介 1

第一节 Perl语言基本知识 1

一、Perl语言历史 1

二、不同操作系统下的Perl语言 1

三、Perl语言的特点及其在生物信息学中的应用 2

第二节 Perl语言环境的安装和Perl代码的运行 4

一、安装Perl 4

二、运行Perl 5

三、Perl内建文档的查看 6

第二章 Perl的语法与运行控制 9

第一节 Perl语言的基本单位 9

第二节 Perl语言数据类型及数据的书写规则 12

一、直接量 13

二、变量 16

三、Perl语法基本规则 19

第三节 用户交互与分支控制结构 22

第四节 循环控制结构 27

一、while循环控制结构 27

二、for循环控制结构 31

三、循环的嵌套 32

第五节 Perl代码的调试（语法分析） 36

第三章 数组和列表 42

第一节 数组与列表概述 43

一、数组及其元素的命名规则 43

二、列表与数组的赋值 44

三、数组的定义方法 46

四、数组元素的增加和减少操作（pop、push、shift、unshift） 46

五、其他数组和列表相关操作（＜＞、chomp、chop、reverse、sort） 50

第二节 用foreach循环遍历数组 51

第三节 Perl语言的上下文 55

第四节 函数基本知识及map和grep函数 59

一、函数基本知识 59

二、利用map、grep函数更简单地处理数组 60

第五节 Perl代码的调试（用print检验数据） 64

第四章 正则表达式、匹配、替换和翻译 68

第一节 正则表达式 70

一、正则表达式的基本字符单元 70

二、字符单元的特征描述 71

三、正则表达式中的逻辑关系符 72

四、正则表达式中的优先权和变量内插 73

第二节 匹配 74

一、正则表达式的匹配过程 75

二、量词的贪婪模式和非贪婪模式 79

三、匹配内容的捕获和匹配过程中反向引用 83

第三节 替换和翻译 90

一、替换 90

二、翻译 92

第四节 split和join函数 97

第五章 自定义函数和数据输入输出 101

第一节 自定义函数的定义和调用 101

第二节 参数传入与返回值 102

一、参数传入 102

二、自定义函数返回值 104

第三节 变量作用范围 106

一、my 107

二、our 108

三、local和state 109

第四节 磁盘文件数据的读取和写入 112

一、创建和取消文件和文件句柄间的关联 112

二、数据输出到磁盘文件 115

三、磁盘文件读取和钻石操作符＜＞ 116

四、Perl语言的行尾符 117

第六章 哈希和文件目录操作 122

第一节 哈希的基本用法 124

一、哈希和数组的异同 124

二、哈希的定义和赋值 125

第二节 哈希的相关函数 127

一、keys函数和values函数 127

二、each函数 128

三、exists函数 129

四、delete函数 129

五、真假、undef和exists的关系 130

六、自定义函数参数中的列表、数组和哈希 131

第三节 哈希的实例 134

一、DNA反向互补 134

二、DNA序列翻译 134

三、统计蛋白质序列氨基酸组成 136

四、计算蛋白质分子量 137

五、处理多列关系数据 138

六、利用exists函数快速查找示例 142

第四节 目录和文件相关操作 144

第七章 引用与复杂数据结构 149

第一节 引用与解引用 152

一、变量的引用与解引用方法 152

二、引用的几种应用场景 154

第二节 匿名引用 160

一、[]生成列表的匿名引用 160

二、｛｝生成哈希的匿名引用，ref函数判断并返回引用种类 161

第三节 二维数据 162

一、数组的数组 162

二、哈希组成的数组 167

三、数组作为哈希的值 167

四、哈希组成的哈希 170

第四节 更复杂的结构 173

第五节 格式化输出 176

一、printf和sprintf命令 176

二、write配合FORMAT格式化输出 178

第八章 与操作系统进行交互 186

第一节 调用操作系统命令 186

一、exec函数执行操作系统命令 187

二、system函数执行操作系统命令 187

三、重音号引用执行操作系统命令 188

第二节 Perl代码的命令行参数传递 189

第三节 Perl的单行命令 191

第九章 模块基础和CPAN介绍 193

第一节 模块基本知识与使用 193

一、模块相关概念 193

二、模块的调用（use和require） 197

第二节 模块的编写 198

第三节 CPAN介绍 202

第四节 Perl代码的调试（利用Dumper模块输出数据） 203

第十章 BioPerl和Perl的面向对象编程 205

第一节 BioPerl的安装 206

一、利用CPAN来安装BioPerl 206

二、下载安装包并安装BioPerl 207

第二节 BioPerl的Seq和SeqIO类 207

一、Seq类 208

二、SeqIO类 210

第三节 面向对象格式的模块编写演示 216

第四节 Perl代码的调试（用调试器调试） 220

一、运行控制命令 222

二、断点和跟踪命令 223

三、显示命令 224

四、定位代码 224

参考文献 226

附录 227

附录Ⅰ Perl操作符总结 227

附录Ⅱ Perl函数 230

附录Ⅲ Perl保留变量 235