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第1章　核糖核酸调节子概述 1

1.1 引言 1

1.2 核糖核酸的特性 1

1.3 编码和非编码转录物 2

1.4 RNA调节子的功能 4

1.5 展望 7

参考文献 9

第2章 内含子和非编码RNA：真核生物复杂性的隐含层 12

2.1 引言 12

2.2 非编码RNA代表了哺乳动物及几乎所有复杂生物基因组的主要产物 14

2.3 内含子和ncRNA是否代表了基因表达的第二个层次 15

2.4 内含子 17

2.5 非编码RNA 18

2.6 非编码RNA的起源和命名法 21

2.7 “基因”的新定义——一个具有顺式作用调节元件的转录集合 22

2.8 涉及RNA的复杂遗传现象 23

2.9 RNA结合和信号转导蛋白 24

2.10 ncRNA的可能功能 24

2.11 一个新的遗传学 25

参考文献 27

第3章 基于计算发现非编码RNA 36

3.0 摘要 36

3.1 引言 36

3.2 蛋白质编码基因和ncRNA基因的发现 38

3.3 用户定制的ncRNA基因发现程序 39

3.4 可重新配置的ncRNA基因发现程序 41

3.5 从头开始的ncRNA基因发现——在没有序列或结构先验知识的情况下寻找基因 44

3.6 ncRNA基因预测程序的现状与展望 48

致谢 49

参考文献 49

第4章　Xist RNA与染色质结合并导致基因沉默 53

4.0 摘要 53

4.1 引言 54

4.2　Xist基因 55

4.3 胚胎中Xist介导基因沉默的起始 57

4.4 Xist表达的调控——计数和选择X染色体 60

4.5　Xist发挥功能的机制 62

4.6 一种Xist功能模型 65

4.7　关于进化的思考 66

4.8 结语 67

参考文献 68

第5章　果蝇中的剂量补偿作用：核蛋白体复合物介导的转录上调 72

5.1 概述 72

5.2 剂量补偿作用的不同机制 73

5.3 剂量补偿作用的基本原则 73

5.4 通过染色质修饰的雄性特异的高转录 73

5.5 雄性特异剂量补偿实现依赖于性别致死抑制子的缺失 74

5.6 DCC的组成 75

5.7 roX RNA是染色质进入位点 77

5.8　DCC的有序组装 78

5.9 MSL蛋白的特殊功能以及它们之间的相互作用 80

5.10 roX RNA是剂量补偿所必需的 81

5.11　模型和展望 82

参考文献 84

第6章 H19印迹RNA的结构、调节和功能 88

6.0 摘要 88

6.1 引言 88

6.2 调节性RNA 89

6.3 H19的印迹 91

6.4 H19的组织特异性表达 93

6.5 H19的保守序列 95

6.6 H19与生长控制 97

6.7 H19 RNA是否有功能？ 97

参考文献 99

第7章　microRNA 104

7.0　摘要 104

7.1 引言 104

7.2 miRNA的发现和分离 105

7.3 miRNA的特征 110

7.4 lin-4的作用机制 113

7.5 参与miRNA产生与功能的蛋白质 116

7.6 寻找miRNA的靶位点 118

7.7 人工miRNA 118

7.8 结语 119

参考文献 120

第8章　siRNA和miRNA：微小，但是强大 124

8.0 摘要 124

8.1 micoRNA 125

8.2 小干扰RNA 128

8.3 siRNA引发RNAi的应用 131

参考文献 132

第9章　植物中的转录后基因沉默 138

9.0 摘要 138

9.1 引言 138

9.2 多条途径产生双链RNA起始植物PTGS 139

9.3 从dsRNA到RNA降解途径的沉默模型 143

9.4 PTGS在植物中的作用 146

9.5 结论 148

参考文献 148

第10章 RNA指导的DNA甲基化及染色质修饰 151

10.0 摘要 151

10.1 引言 151

10.2 同源依赖的基因沉默 152

10.3 RNA指导的DNA甲基化（RdDM）现象的发现及其特征 154

10.4　RdDM的分子机制 155

10.5 RNA指导的染色质修饰 162

10.6 RNA沉默的进化机制 164

10.7 展望 166

致谢 166

参考文献 166

第11章　脑特异的非信使RNA 171

11.0　摘要 171

11.1 引言 171

11.2 脑内的大分子nmRNA 172

11.3 脑内的snmRNA 172

11.4 展望 177

致谢 178

参考文献 178

第12章　snoRNA世界的新领域 183

12.0 摘要 183

12.1 引言 183

12.2 修饰指导snoRNA的两大家族 184

12.3 snoRNP的生成 187

12.4 指导snRNA修饰的新snoRNA 190

12.5 寻找RNA靶点时发现的孤儿snoRNA 191

12.6 脑特异的印迹snoRNA 193

12.7 修饰指导snoRNA的古菌同源物 195

12.8 古菌tRNA同样是靶点 196

12.9 结语 198

致谢 199

补充证据 199

参考文献 199

第13章 植物细胞中非编码RNA或短可读框编码RNA研究的新进展 206

13.0 摘要 206

13.1 存在于植物和动物中没有长ORF的mRNA 207

13.2 仅含有sORF的mRNA参与植物的生长和发育 209

13.3 作用的可能机制 212

13.4 展望：小调控RNA和sORF编码的寡肽作为新基因表达调控子 214

参考文献 214

第14章 发育活化和应激诱导的非编码黑腹果蝇hsrω基因整合其他核转录物的翻译后加工 217

14.0 摘要 217

14.1 引言 218

14.2 果蝇中93D或hsrω基因表现出独特和保守的可诱导性，但显然不产生蛋白质 218

14.3 果蝇中hsrω基因具有独特的保守结构，却很少有碱基序列保守 221

14.4 hsrω基因产生多个非编码转录物 222

14.5 hsrω基因在发育过程中广泛表达 223

14.6 hsrω基因启动子区是复合体 223

14.7 尽管是非编码转录物，hsrω是有功能的 224

14.8 hsrω转录物的功能 226

14.9　未来展望 230

致谢 231

参考文献 231

第15章　adapt基因的RNA转录物作为核糖核酸调节子 237

15.0 摘要 237

15.1 背景 237

15.2 adapt15和adapt33的鉴定 238

15.3 adapt15和adapt33的作用机制 243

15.4 结语 245

参考文献 246

第16章 显性非编码微卫星扩展紊乱中RNA的致病机制 248

16.0 摘要 248

16.1 引言 248

16.2 Ⅰ型肌强直性营养不良：基因的发现和致病模型的提出 249

16.3　8型脊髓小脑共济失调 251

16.4 10型脊髓小脑共济失调 252

16.5 DM1、SCA8和SCA10之间临床和分子上的差别 252

16.6 Ⅱ型肌强直性营养不良 253

16.7 肌强直性营养不良中RNA的致病机制 254

16.8　其他非编码扩展失调 255

16.9 总结 256

参考文献 257

第17章 由细菌染色体编码的非编码RNA 261

17.0 摘要 261

17.1 概述 261

17.2 引言 262

17.3 持家sRNA 263

17.4 调控的反义RNA进入两种境地 265

17.5 反式编码的反义RNA MicF是一个应激反应的调控因子 265

17.6 sRNA可以调控多个基因 266

17.7 一个调控RNA——两个（或多个）靶RNA 268

17.8 多个RNA作用于同一个靶 269

17.9 sRNA的另一个作用：破坏同一个操纵子下的基因协调表达 270

17.10 某些sRNA需要辅助蛋白 271

17.11 例外（？）：E.coli染色体顺式编码反义RNA 272

17.12 通过sRNA和蛋白质间相互作用调控基因表达 272

17.13　sRNA的结构 273

17.14 细胞中稳定或不稳定？ 274

17.15　初级或加工后转录本 274

17.16 新sRNA的作用是什么？ 274

17.17 通过什么样的机制发挥作用？ 275

17.18 有多少个sRNA？ 275

17.19 结论 276

致谢 276

参考文献 276

第18章 我们数量众多：非编码调节RNA和Hfq 280

18.0 摘要 280

18.1 非编码RNA 280

18.2 非编码RNA在革兰阴性菌中的功能 281

18.3 革兰阳性细菌中非编码RNA 282

18.4 调节调节子。ncRNA如何被调节？ 283

18.5 RNA结合蛋白Hfq与ncRNA 284

18.6 Hfq的功能如何？ 284

18.7 Hfq如何与RNA相互作用？ 286

18.8　结论 288

致谢 288

参考文献 288

中西文对照 292

索引 298