分子生物学软件应用PDF电子书下载

第一部分 核酸序列分析 3

1 序列检索与格式转换 3

1.1 序列检索 3

1.2 序列格式简介 7

1.3 格式转换 16

2 一级结构分析 23

2.1 组成成分分析 23

2.2 重复序列 27

2.3 序列变换 29

3 克隆 33

3.1 酶切位点查找 33

3.2 模拟电泳 47

3.3 电泳图像分析 52

3.4 质粒绘图 57

3.5 克隆策略与过程显示 67

4 引物设计 70

4.1 引物设计的基本原则 70

4.2 引物设计与分析 74

4.3 高通量引物与探针设计 106

5 测序拼装 111

5.1 测序图分析 111

5.2 测序拼装 115

6 DNA功能分析 122

6.1 ORF查找与翻译 122

6.2 Motif查找 135

7 RNA二级结构预测 138

7.1 RNAstructure 138

7.2 RNAdraw 142

7.3 DNAstar 145

第二部分 蛋白质序列分析 145

1 理化性质分析 149

1.1 蛋白酶酶切特性 149

1.2 滴定曲线与等电点 152

1.3 亲水性和疏水性 155

1.4 电荷密度 159

2 二级结构预测 161

2.1 DNAstar 161

2.2 Vector NTI Advance 163

2.3 ANTHEPROT 165

3 其他特殊局部结构分析 167

3.1 膜蛋白的跨膜螺旋 167

3.2 信号肽 169

3.3 卷曲螺旋 170

3.4 抗原决定簇 170

4 三维分子显示 173

4.1 RasMol 173

4.2 Vector NTI Advance 175

4.3 Cn3D 178

第三部分 序列比对及进化树 178

1 BLAST 187

1.1 BLAST简介 187

1.2 BLAST实践 190

1.3 BLAST高级选项 192

2 本地BLAST 194

3 多序列之间的两两比对与进化树分析 197

3.1 ClustalX 198

3.2 DNAstar 202

3.3 Vector NTI Advance 207

3.4 PHYLIP 208

第四部分 文献管理与引用 208

1 文献管理 217

1.1 Reference Manager 217

1.2 EndNote 229

1.3 NoteExpress 239

1.4 全文查找 244

2 在Word中引用文献 247

2.1 Reference Manager 247

2.2 EndNote 255

2.3 NoteExpress 261

附录1 软件简介 266

附录2 参考文献 271