生物信息学PDF电子书下载

1 绪论 1

1.1　生物信息学的历史 1

1.2　生物信息学的应用 7

1.3　生物信息学与其他学科的关系 8

2　生物数据库介绍 11

2.1　序列数据库 11

2.2　基因组数据库 21

2.3　结构数据库 22

2.4　功能数据库 24

2.5　其他数据库资源 25

3　序列比对 27

3.1　概述 27

3.2　序列比对的得分系统 29

3.3　两条序列比对方法 38

3.4　多条序列比对方法 48

4　生物信息学常用概率统计学方法简介 59

4.1　概述 59

4.2　序列对位显著性检验 69

4.3　贝叶斯统计在序列对位中的应用 78

5　数据库搜索 83

5.1　数据库检索 83

5.2　数据库搜索相似序列 93

5.3　序列提交 105

6　分子系统发育分析 112

6.1　系统发育与系统发育树 112

6.2　距离法 115

6.3　最大简约法 120

6.4　极大似然法 122

7　基因组学与基因预测 124

7.1　引言 124

7.2　基因组测序技术及序列组装 128

7.3　功能基因组学 130

7.4　比较基因组学 145

8　蛋白质结构与功能预测 151

8.1　蛋白质结构简介 151

8.2　蛋白质三维结构分类及蛋白质家族 161

8.3　三维结构比对 167

8.4　蛋白质基本性质预测 170

8.5　蛋白质二级结构预测 173

8.6　蛋白质高级结构预测 177

8.7　蛋白质互作分析 185

8.8　药物发现与设计 192

9　转录组与蛋白质组分析 198

9.1　转录组与基因芯片简介 198

9.2　基因芯片数据采集与分析 203

9.3　蛋白质组简介 213

9.4　双向凝胶电泳数据分析 216

9.5　蛋白质质谱数据分析 225

10　Perl语言在生物信息学中的应用 240

10.1　Perl简介 241

10.2　数据结构和程序控制 243

10.3　编写生物信息学应用程序 254

10.4　BioPerl应用 261