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绪论 1

生物资讯学的研究内容 2

生物资讯分析的技术与方法研究 6

第一章 Internet基础与生物医学文献检索 9

第一节 Internet基础 9

第二节 Internet网上生物医学文献检索 17

一、PubMed 17

二、Gateway 28

三、其他主要免费MEDLINE网站 36

第二章 Internet网上生物资讯学资源 39

第一节 生物资讯学重要网站 39

第二节 生物分子序列核心资料库 44

第三章 序列比对和资料库搜索 61

概述 61

第一节 序列比对和资料库搜索 62

第二节 BLAST程式简介 63

一、BLAST搜索主介面 64

二、BLAST程式及其资料库名称和意义 65

三、BLAST搜索格式：BLAST搜索框中允许三种输入格式 66

第三节 同源性分析 68

一、待检核酸序列与整个核酸序列库中的序列进行对比 68

二、核酸序列的两两比较 69

三、蛋白质与蛋白质资料库或蛋白质两两比较 69

四、输出结果的解释 69

第四节 PSI-BLAST程式简介 72

第五节 多序列比较 72

第六节 低复杂度区域 73

第七节 重复元件 74

第四章 多序列比较的实际应用 77

第一节 渐进比较方法 78

第二节 基序比较 83

第五章 利用核酸序列的预测方法 87

第一节 简介 88

第二节 遮蔽重复序列 90

第三节 DNA翻译 93

第四节 资料库搜索 95

第五节 探测DNA中的功能性位点 95

第六节 复合基因分析程式 100

第七节 搜寻tRNA基因 108

第六章 利用蛋白质序列进行预测的方法 113

第一节 概述 113

第二节 蛋白质辨识 115

第三节 对序列的物理性质进行计算 119

第四节 二级结构和折叠类型 121

第五节 特殊结构或特征结构 128

第六节 三级结构的预测 134

第七章 系统发育分析与分子进化 139

第一节 分子演化钟与中性理论 139

第二节 进化树 141

一、序列进化树 142

第三节 结构进化树 144

第四节 相关软体介绍 145

第八章 医学生物资讯学应用导航 157

第一节 在网上获得更多的序列资讯 157

一、在资料库中查询序列资讯 157

二、序列的同源性搜索 158

三、蛋白家族相关性探索 158

四、让internet为你工作 159

五、从序列到结构 159

第二节 实用生物资讯学软体介绍 160

一、实验准备阶段 160

二、实验实施阶段 165

三、实验结果输出阶段 200

第九章 基因组序列资讯分析 203

第一节 物理图谱的类型 204

第二节 大型公用资料库中的基因组图谱 205

第三节 鼠类图谱来源 220

第四节 基因组序列分析工具 221

第五节 人类和鼠类公共物理图谱资料库的使用 225

第六节 功能基因组相关资讯分析 225

第十章 上传基因序列到资料库 235

第一节 上传到哪儿 236

第二节 上传什么内容 236

第三节 如何上传到网际网路 239

第四节 如何用Sequin上传 242

第五节 基因组中心 256

第六节 更新 257

第七节 结论性的评价 258

第十一章 生物资讯学与基因晶片 261

第一节 概述 261

一、基因晶片简介 261

二、基因晶片对于生物分子资讯检测的作用和意义 267

三、基因晶片研究和应用中所涉及到的生物资讯学问题 268

第二节 基因晶片设计 270

第三节 基于晶片的序列分析 274

第四节 基于晶片的基因功能分析 278

第五节 基因晶片检测结果的分析 280

第六节 基因晶片资讯的管理和利用 281

附录1：各种序列分析应用网上资源 287

附录2：分子生物学软体 293