系统生物学的理论方法和应用PDF电子书下载

第1章 基本原理 3

系统生物学是生物学 3

系统生物学是建模 5

系统生物学是数据整合 9

系统生物学是一门有生机的科学 11

第2章 生物学概要 15

引言 15

生命的起源 15

细胞的分子生物学 18

结构细胞生物学 28

基因的表达 34

细胞周期 39

第3章 数学概要 43

引言 43

线性代数 43

常微分方程 50

差分方程 57

统计学 59

图和网络理论 75

随机过程 78

第4章 实验技术概要 82

引言 82

基本技术 82

高级技术 94

第5章 代谢 105

引言 105

酶动力学和热力学 107

代谢网络 120

代谢控制分析 132

第6章 信号转导 153

引言 153

细胞内和细胞间通讯的结构与功能 153

受体－配体相互作用 155

信号通路的结构组成 156

信号转导：动力学与调节特征 165

第7章 选取的生物学过程 171

引言 171

生物学振荡 171

细胞周期 177

衰老 182

第8章 基因表达建模 195

引言 195

基因表达建模 195

启动子识别 197

真核基因表达特定过程的建模 201

E.coli操纵子调控的建模 211

第9章 基因表达数据的分析 221

引言 221

数据获取 221

倍数变化分析 228

聚类算法 235

基因表达数据的验证 242

分类方法 246

反向工程遗传网络 250

第10章 进化和自组织 259

引言 259

准种和超循环 260

进化的其他数学模型 268

用最优原理预测生物系统 273

第11章 数据整合 282

引言 282

数据库网络 283

异质数据的信息度量 287

双边聚类 292

第12章 系统生物学展望 298

系统生物学：未来生物学研究和医学实践的核心 298

生物学研究在系统生物学阶段的实验设计 299

系统生物学时代的出版物 299

系统生物学和文本挖掘 299

医学中的系统生物学 300

药物研发中的系统生物学 300

食品生产和生物工程中的系统生物学 301

生态学中的系统生物学 301

系统生物学与纳米技术 301

指导新物种的设计 302

计算的局限性 302

潜在的危险 303

第13章 数据库和网络上的工具 307

引言 307

Gene Ontology 307

KEGG 309

BRENDA 311

NCBI的数据库 312

EBI的数据库 313

Swiss-Prot，TrEMBL和UniProt 314

Reactome 315

PDB 316

TRANSFAC和EPD 318

Genome Matrix 320

第14章 建模工具 324

引言 324

建模和可视化 324

模型交换语言，数据格式 342