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第1章 点样微阵列探针的生成 1

导言 1

方案 4

cDNA克隆集的复制和储存 4

附加方案：使用冷冻菌种 8

来自细菌克隆集探针的PCR扩增 9

可选方案：作为扩增模板的质粒DNA的制备 16

PCR产物的纯化 17

可选方案：用乙醇沉淀法纯化扩增产物 18

PCR产物的观察和评估 19

附加方案：用PicoGreen进行定量 22

点样法阵列备用DNA的重新悬浮及储存 23

从酵母中分离和扩增用于阵列的材料 25

信息栏 30

克隆集 30

点样微阵列中使用的对照 36

基因组和cDNA文库中T1噬菌体的预防和检测 38

长链寡核苷酸的点样：替代用于表达分析的cDNA阵列 42

酵母探针 44

参考文献 49

因特网资源 51

第2章 玻璃微阵列的点样 53

导言 53

方案 62

制备用于微阵列的聚L-赖氨酸玻片 62

在玻片上点样 64

检查印刷玻片的质量 72

替代方案：利用标记的引物杂交 75

鹅毛笔针的保养与清洗 77

信息栏 80

微阵列接触印刷使用的点样仪与点样针 80

用于点样的基底 86

参考文献 89

因特网资源 89

第3章 RNA的表达分析 90

导言 91

RNA分离 92

导言 92

方案 97

来自哺乳动物组织和细胞的总RNA的纯化 97

替代方案：从OCT包埋的病理样品中提取RNA 103

用FastPrep仪器从组织中分离总RNA 105

用TRIzol从植物组织中分离总RNA 106

松树方法分离植物RNA 109

用FastTrack分离poly（A）+RNA 111

分离膜结合的多核糖体RNA 115

用批量制备色谱法分离poly（A）+RNA 122

用CsCl溶液超速离心分离RNA 124

酵母总RNA的纯化 127

替代方案：用锁相胶纯化RNA 130

E.coli RNA的纯化 130

从单细胞和少量组织中分离和扩增RNA 134

替代方案：组织切片中RNA的原位转录 145

附加方案：切片的吖啶橙染色 147

RNA通用参考集 148

标记和杂交 152

导言 152

方案 156

用反转录酶进行cDNA第一链的荧光标记 156

替代方案：荧光标记的cDNA的纯化和浓缩（Microcon YM-30） 163

用氨基－烯丙基染料对DNA进行间接荧光标记 164

用于为筛选DNA微阵列筛选产生靶序列的mRNA制备物的扩增 170

附加方案：标记aRNA 178

用于表达分析的少量mRNA的扩增 179

用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段标记第二链DNA 188

替代方案：用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段标记基因组DNA 191

用生物素化核苷标记扩增RNA来与寡核苷酸阵列杂交 192

附加方案：生物素化cRNA的片段化 196

未掺入的Cy染料的回收：使用HPLC重新纯化 197

杂交和杂交后洗涤 201

附加方案：微阵列玻片的叠放 211

疑难解答指南 211

信息栏 225

Alexa染料 225

细菌微阵列 226

用酚抽提蛋白质和DNA 229

甲酰胺 230

采用胍盐抽提RNA 232

动物细胞及组织的匀浆 233

抑制RNase 234

哺乳动物、植物和细菌的RNA 236

测量DNA染料标记的效率 238

鼠白血病病毒反转录酶 239

oligo-（dT）纤维素 240

RNA的定量 240

RNA操作的特别注意事项 242

RNA的保存和回收 243

参考文献 244

因特网资源 252

第4章 膜点样cDNA阵列 253

导言 253

膜阵列的制备和杂交 254

方案 255

膜阵列的点样 255

RNA的制备和标记 258

靶分子与膜阵列的杂交 260

附加方案：靶分子的清除和膜的重新利用 262

数据的分析和解释 264

参考文献 265

因特网资源 266

第5章 组织显微切割 267

导言 267

徒手显微切割和激光俘获显微切割 273

导言 273

方案 275

徒手显微切割 275

替代方案：冰冻组织样品的显微切割 278

激光俘获显微切割 278

免疫-LCM 283

应用于表达分析的显微切割组织的处理 284

激光压力弹射 288

导言 288

方案 294

准备载玻片用于为LMPC进行组织切片 294

用于LMPC的石蜡包埋组织切片的制备 295

用于LMPC的新鲜冰冻组织切片的制备 297

使用Zincfix固定组织的LPC用于mRNA谱分析 298

使用液体盖玻片保护组织样品 301

激光显微切割和弹射后活细胞的分离 302

参考文献 306

因特网资源 309

第6章 基因组微阵列分析 310

导言 311

微阵列检测DNA拷贝数 311

导言 311

方案 314

cDNA微阵列比较基因组杂交 314

制备BAC DNA用于通过连接介导PCR进行CGH 320

BAC基因组微阵列CGH 330

基于微阵列的DNA拷贝数代表性分析：靶DNA制备 335

基于微阵列的DNA拷贝数代表性分析：玻片制备及杂交 342

突变检测及SNP基因分型 347

导言 347

方案 349

SBE-标签阵列用于SNP基因分型 349

替代方案：为SBE进行多重扩增反应 364

Affymetrix标签阵列用于SBE SNP基因分型 368

高密度微阵列用于序列变异检测 376

SNP阵列用于杂合性缺失分析 386

基于微阵列的DNA-蛋白质相互作用检测：微阵列上的染色质免疫沉淀 399

导言 399

方案 400

应用阵列对酵母基因组上DNA－蛋白质相互作用作图 400

酵母基因组的DNA-蛋白质相互作用作图：DNA扩增及标记 405

SNP序列：作图数据 409

表6-7 多重引物集合：SNP作图数据 409

表6-8 Affymetrix HuSNP芯片中的SNP在图谱上的位置 409

参考文献 448

因特网资源 452

第7章 基因芯片生物信息学简介 453

导言 453

微阵列表达实验的设计 456

图像分析 468

标准化 477

芯片数据的表示和评价 485

LIMS、数据库和数据管理 492

聚类分析与显示 508

多维尺度法和自组织图 520

信息栏 528

基因注释 528

在研究人员之间共享微阵列数据 531

参考文献 534

因特网资源 538

第8章 组织微阵列 540

导言 540

方案 543

制备组织微阵列 543

附加方案：手工制备组织阵列 548

应用组织阵列进行原位杂交 551

组织阵列上的免疫组织化学 565

替代方案：抗原去隐蔽和胰蛋白酶消化 576

参考文献 577

因特网资源 579

附录 580

附录1构建全长基因文库 580

附录2试剂、缓冲液和培养基 594

附录3注意事项 614

附录4供应商 620

DNA微阵列网站 621

中文版索引 622

原著索引 627