生物信息学分析实践PDF电子书下载

第一章 生物信息学简介 1

1.1生物信息学基础 1

1.1.1什么是生物信息学 1

1.1.2生物信息学的形成与发展 2

1.1.3生物信息学的研究内容 4

1.2生物信息学应用 6

1.2.1生物信息学的热点领域 6

1.2.2信息技术与生物信息学 8

第二章 数据库检索 11

2.1综合性数据库NCBI 11

2.1.1NCBI简介 11

2.1.2NCBI数据库介绍 12

2.1.3Entrez简介 14

2.1.4Entrez检索实例 15

2.2综合性数据库EMBL-EBI 19

2.2.1EBI简介 19

2.2.2EBI数据库简介 20

2.2.3SRS简介 21

2.2.4SRS检索实例 22

2.2.5BioMart简介 23

2.2.6BioMart检索实例 23

2.3UCSC基因组浏览器 27

2.3.1UCSC基因组浏览器简介 27

2.3.2UCSC基因组浏览器检索实例 28

第三章 引物设计及测序结果分析 30

3.1引物设计 30

3.1.1概述 30

3.1.2常规PCR引物设计实例分析 36

3.1.3简并引物设计 53

3.2测序结果分析 60

3.3序列拼接实例分析 61

第四章 核酸序列分析 75

4.1常规分析 75

4.1.1核酸序列的检索 75

4.1.2核酸序列组分分析 75

4.1.3序列变换 77

4.1.4限制性酶切分析 78

4.2比对分析 82

4.2.1BLAST比对 82

4.2.2双序列比对 87

4.2.3多序列比对 89

4.3基因结构识别 93

4.3.1ORF识别及其可靠性验证 93

4.3.2启动子及转录因子结合位点分析 97

4.3.3重复序列分析 99

4.3.4CpG island 101

4.3.53′UTR区 102

第五章 蛋白质序列分析 105

5.1蛋白质序列的基本性质分析 105

5.1.1理化性质分析 105

5.1.2疏水性分析 107

5.1.3跨膜区分析 110

5.1.4信号肽预测 112

5.1.5Coil区分析 116

5.1.6亚细胞定位 118

5.2结构域分析及motif搜索 120

5.2.1结构域分析 120

5.2.2motif搜索 123

5.3空间结构预测 126

5.3.1蛋白质二级结构预测 126

5.3.2蛋白质三级结构预测 129

5.3.3蛋白质结构预测方法评价 138

5.4抗原表位预测分析 139

5.4.1B淋巴细胞抗原表位预测分析 140

5.4.2T淋巴细胞抗原表位预测分析 145

第六章 分子进化与系统发育分析 149

6.1进化的分子基础 149

6.1.1进化树与分子系统学 149

6.1.2相似性与同源性 151

6.1.3分子进化 151

6.2系统发育分析 151

6.2.1DNA和氨基酸序列的进化演变 153

6.2.2系统发育树的种类 153

6.2.3用于系统发育分析的分子标记选择 154

6.2.4常用的构树方法及其甄选 156

6.2.5系统发育分析常用软件 159

6.3系统发育分析的检验 165

6.3.1系统发育分析方法可靠性的评价 165

6.3.2系统树的误差分析及消除方法 166

6.4系统树的评估 168

6.5系统发育分析实例 168

6.5.1使用MEGA软件重建NJ树 172

6.5.2使用PAUP软件重建NJ树 174

6.5.3使用MEGA软件重建MP树 175

6.5.4使用PAUP软件重建MP树 176

6.5.5使用PAUP软件重建ML树 177

6.5.6贝叶斯树 177

第七章 RNA分析 181

7.1RNA简介 181

7.1.1RNA的结构 182

7.1.2RNA的功能 182

7.1.3RNA研究进展与展望 184

7.2RNA二级结构 184

7.2.1RNA的二级结构概述 184

7.2.2RNA二级结构的预测方法 186

7.2.3RNA结构预测实例分析 188

7.3高效siRNA的设计 191

7.3.1RNAi的作用机制 192

7.3.2siRNA的设计原则 193

7.3.3影响RNAi的其他因素 193

7.3.4siRNA的设计步骤 194

7.3.5siRNA的合成 194

7.3.6siRNA干涉效果的评判 195

7.3.7siRNA相关数据库介绍 195

7.3.8siRNA设计实例分析 196

7.4microRNA分析 198

7.4.1microRNA作用机制概述 198

7.4.2miRNA功能与研究方法 200

7.4.3miRNA生物信息学分析 201

7.4.4miRNA及其靶基因预测的实例分析 206

主要参考文献及网址 211

附录 218

附录1常用生物学数据库 218

附录2各种主要的RNA二级结构预测软件比较 219

附录3名词解释 221