R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用PDF电子书下载

第1章 R语言简介 3

1.1 平台 3

上篇 R语言 3

1.2 R语言的发展简史 4

1.3 R语言和统计学 5

1.4 运行R语言的环境及安装 6

1.5 交互式使用R语言 7

2.1 向量的赋值 12

2.2 向量的基本运算 12

第2章 R语言的基本数据结构 12

2.3 构造向量 13

2.4 逻辑向量 16

2.5 字符向量 18

2.6 复数向量 18

2.7 获取向量子集和修正向量子集 19

2.8 常量 21

第3章 R语言对象 22

3.1 对象的基本属性 23

3.2 改变对象的长度 24

3.3 获取对象的属性 25

3.4 获取对象类 26

第4章 分组因子 27

4.1 分组因子 27

4.2 聚集计算 28

4.3 排序 29

第5章 数组和矩阵 30

5.1 定义数组 30

5.2 数组子集操作 31

5.3 构造数组 33

5.4 数组计算 35

5.5 矩阵 37

5.6 数组矩阵合并 39

5.7 定义数组的操作 41

第6章 数据列表和数据单 43

6.1 数据列表 43

6.2 构造数据列表 44

6.3 数据列表操作 44

6.4 数据单 45

7.1 高级函数 48

第7章 导入导出数据 48

7.2 低级函数 50

7.3 命令台输入输出以及格式化 51

7.4 使用R语言内含的数据集 52

第8章 组合表达式和控制语句 54

8.1 组合表达式 54

8.2 控制语句 54

第9章 函数 60

9.1 排序的例子 60

9.3 参数名和参数缺省定义 62

9.2 定义新的操作符 62

9.4 ‘…’形式的参数（虚参） 63

9.5 函数和变量的作用范围 63

9.6 类、通用函数和面向对象 65

9.7 调试 67

9.8 操作符号的优先级 68

第10章 包 70

10.1 标准包 70

10.4 R语言中常用的包 71

10.3 包命名空间 71

10.2 扩展包和CRAN 71

第11章 R语言中的统计 73

11.1 R语言中的概率分布 73

11.2 从离散数据集分析概率分布特性 76

11.3 回归分析 80

第12章 图形函数 90

12.1 高级图形命令 90

12.2 低级图形函数 98

12.3 与图形进行交互 100

12.4 利用图形参数 101

12.5 图形参数列表 102

12.6 设备驱动 108

12.7 动态图形 111

下篇 Bioconductor及其应用 115

第13章 Bioconductor与DNA微阵列数据处理 115

13.1 Bioconductor简介 115

13.2 DNA微阵列 116

13.3 微阵列数据处理与分析 118

13.4 Bioconductor开发背景 126

13.5 Bioconductor各种包的分类介绍 131

第14章 Bioconductor的使用 140

14.1 Bioconductor的获取和安装 140

14.2 Bioconductor快速入门 143

14.3 Bioconductor应用实例 145

第15章 数据库访问 162

15.1 Rdbi软件包 162

15.2 RdbiPgSQL软件包 165

15.3 SAGElyzer软件包 167

第16章 图形及用户接口 174

16.1 widgetTools包 174

16.2 tkWidgets包 178

16.3 geneplotter包 180

16.4 hexbin包 185

16.5 limmaGUI包 186

16.6 affylmGUI包 188

16.7 webbioc包 188

17.1 graph包 190

第17章 图结构 190

17.2 RGBL包 200

17.3 Rgraphviz包 204

17.4 SNAData数据包 213

第18章 通用工具 214

18.1 reposTools包 214

18.2 Biobase包 222

18.3 Biostrings包 229

18.4 DynDoc包 236

18.5 Ruuid包 238

18.6 ctc包 239

18.7 convert包 240

18.8 Icens包 241

18.9 exprExternal和externalVector软件包 241

第19章 注释 242

19.1 annotate包 242

19.2 AnnBuilder包 247

19.3 Resourcer包 258

19.4 SNPtools包 261

19.5 Data packages包 262

第20章 基因本体学 263

20.1 goTools包 264

20.2 ontoTools包 267

20.3 GOstats包 276

第21章 微阵列数据预处理 284

21.1 affy包 284

21.2 affycomp包 297

21.3 affydata包 305

21.4 affypdnn包 309

21.5 affyPLM包 313

21.6 gcrma包 318

21.7 makecdfenv包 320

21.8 annaffy包 323

21.9 marray包 330

21.10 matchprobes包 343

21.11 vsn包 348

第22章 数据分析 351

22.1 daMA包 351

22.2 edd包 353

22.3 factDesign包 358

22.4 genefilter包 362

22.5 globaltest包 365

22.6 gpls包 371

22.7 multtest包 375

22.8 pamr包 381

22.9 MeasurementError.eor包 385

22.10 limma包 386

22.11 ROC包 393

22.12 siggenes包 396

22.13 splicegear包 404

22.14 RMAGEML包 407

第23章 微阵列比较基因组杂交 408

23.1 aCGH包 408

23.2 DNAcopy包 413

第24章 蛋白质组学 416

24.1 PROcess包 416

24.2 gpls包 420

24.3 apComplex包 420

主要参考文献 422

附录 R语言常用功能一览表 423