林木遗传图谱构建和QTL定位统计分析PDF电子书下载

0.1 林木遗传图谱构建研究的现状 1

绪论 1

0.2 QTL定位统计方法的研究进展 5

0.2.1 数量遗传学的发展历史 5

0.2.2 近交群体的QTL作图方法 6

0.2.3 异交群体的QTL作图方法 7

0.2.4 林木QTL作图 9

上篇 遗传图谱构建的统计方法 12

第1章 背景知识和基本概念 12

1.1 遗传背景 12

1.3 重组、干扰和遗传距离 13

1.2 减数分裂 13

1.4 作图函数 14

1.5 实验交配群体 16

1.5.1 回交群体 16

1.5.2 F2群体 16

1.6 极大似然法与似然比检验 17

1.7 EM算法 17

1.8 皮尔逊卡方统计量 19

1.9 显著性检验 20

1.10 分子标记数据和表型数据 22

2.1.1 单位点的分离检验 25

第2章 两点连锁分析 25

2.1 位点的分离检验 25

2.1.2 两个位点的连锁检验 27

2.2 近交系两点连锁分析 30

2.2.1 回交群体 30

2.2.2 F2群体 31

2.3 全同胞家系两位点连锁分析 35

2.3.1 全同胞家系标记分离特征 36

2.3.2 连锁相推断及重组率估计 37

3.1 隐马尔可夫模型 57

3.1.1 观测数据的概率 57

第3章 多位点连锁分析 57

3.1.2 重建隐状态 59

3.1.3 参数估计 59

3.2 回交群体数据 60

3.3 F2群体数据 63

3.4 全同胞数据 65

第4章 连锁群划分和基因位点排序 71

4.1 连锁群的划分 71

4.2 三位点排序 72

4.3 多位点排序 73

4.3.1 多位点排序的目标函数 73

4.3.2 多位点排序的计算方法 74

4.4 模拟构建全同胞群体的遗传连锁图谱 79

4.5 杉木遗传图谱的构建 82

下篇 QTL定位的统计方法 88

第5章 QTL单标记分析 88

5.1 回交群体的单标记分析 88

5.1.1 t检验 88

5.1.2 方差分析 89

5.1.3 线性回归模型 91

5.1.4 极大似然法 94

5.2.1 t检验 97

5.2 F2群体的单标记分析 97

5.2.2 方差分析 99

5.2.3 回归分析 100

5.2.4 极大似然法 102

第6章 QTL区间作图法 105

6.1 QTL基因型的条件概率 105

6.2 极大似然法 111

6.2.1 回交群体 111

6.2.2 F2代群体 113

6.3 线性回归法 116

6.3.1 回交群体 117

6.3.2 F2代群体 118

第7章 复合区间作图 122

7.1 理论基础 122

7.2 回交群体作图 125

7.3 F2群体作图 128

第8章 异交群体的QTL作图 133

8.1 半同胞群体QTL作图 133

8.1.1 ANOVA方法 133

8.1.2 极大似然法 135

8.2 全同胞群体QTL作图 137

8.3.1 Gibbs抽样 141

8.3 MCMC作图 141

8.3.2 Metropolis-Hastings方法 142

8.3.3 MCMC方法作图 143

8.4 林木F1代群体的QTL作图 144

8.4.1 区间作图和复合区间作图 144

8.4.2 杉木F1代群体的QTL作图 145

8.4.3 讨论 151

主要参考文献 152

附录A 全同胞遗传连锁图谱构建软件FsLinkageMap 1.0使用说明 159

A1 数据格式 159

A2 数据分析 159

A3 遗传连锁图谱的绘制 162