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第1章 生物化学中的基本反应机理 1

1.1 生物化学中的官能团 3

1.2 酸和碱 亲电试剂和亲核试剂 5

布伦斯台德-洛里酸碱 5

路易斯酸碱 8

亲电试剂和亲核试剂 9

1.3 亲电加成反应机理 10

1.4 亲核取代反应机理 12

1.5 羰基亲核加成反应机理 15

亲核加成 16

醇的生成 18

亚胺（席夫碱）的生成 18

缩醛化 20

共轭（1,4）亲核加成 20

1.6 酰基亲核取代反应机理 23

1.7 羰基缩合反应机理 24

1.8 消去反应机理 28

1.9 氧化和还原反应 30

习题 32

第2章 生物分子 37

2.1 手性和生物化学 38

对映体 39

非对映异构体，差向异构体和内消旋化合物 40

前手性 43

2.2 生物分子：脂质 45

三酰甘油 45

其他脂质：类萜、类固醇和前列腺素 46

2.3 生物分子：碳水化合物 48

碳水化合物的立体化学 49

单糖异头物 50

二糖和多糖 52

脱氧糖和氨基糖 52

2.4 生物分子：氨基酸、肽和蛋白质 54

氨基酸 55

肽和蛋白质 59

2.5 生物分子：核酸 61

DNA：脱氧核糖核酸 63

RNA：核糖核酸 65

2.6 生物分子：酶、辅酶以及串联反应 65

酶 65

辅酶 68

串联反应和高能化合物 70

习题 72

第3章 脂质代谢 78

3.1 三酰甘油的消化与转移 79

三酰甘油的水解 80

可视化酶结构的简要描述 82

三酰甘油的再合成 84

3.2 三酰甘油的分解代谢：甘油的去向 87

3.3 三酰甘油的分解代谢：脂肪酸的氧化 89

3.4 脂肪酸的生物合成 97

3.5 萜类化合物的合成 105

甲羟戊酸途径到异戊烯基二磷酸 106

由脱氧木酮糖磷酸到异戊烯基二磷酸 111

异戊烯基二磷酸到萜类化合物的转化 119

3.6 类固醇的生物合成 123

法呢基二磷酸到角鲨烯的转化 123

角鲨烯到羊毛甾醇的转化 126

参考文献 131

习题 134

第4章 碳水化合物代谢 139

4.1 复杂碳水化合物的消化与水解 140

4.2 葡萄糖的分解代谢：糖酵解 143

4.3 丙酮酸转化 154

将丙酮酸转化为乳酸 154

将丙酮酸转化为乙醇 154

将丙酮酸转化为乙酰辅酶A 157

4.4 柠檬酸循环 160

4.5 葡萄糖的生物合成：糖异生作用 167

4.6 戊糖磷酸代谢途径 176

4.7 光合作用：戊糖磷酸的还原循环 184

参考文献 188

习题 190

第5章 氨基酸代谢 192

5.1 氨基酸的脱氨化 194

氨基酸的转氨化 194

谷氨酸的氧化脱氨 197

5.2 尿素循环 198

5.3 氨基酸碳链的分解代谢 202

丙氨酸、丝氨酸、甘氨酸、半胱氨酸、苏氨酸和色氨酸 203

关于含铁络合物氧化态的简要概述 209

关于PLP反应的简要描述 218

天冬酰胺与天冬氨酸 218

谷氨酰胺、谷氨酸、精氨酸、组氨酸与脯氨酸 219

缬氨酸、异亮氨酸与亮氨酸 221

甲硫氨酸 224

赖氨酸 228

苯丙氨酸与酪氨酸 230

5.4 非必需氨基酸的生物合成 235

丙氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、精氨酸与脯氨酸 236

丝氨酸、半胱氨酸与甘氨酸 238

5.5 必需氨基酸的生物合成 239

赖氨酸、甲硫氨酸与苏氨酸 239

异亮氨酸、缬氨酸与亮氨酸 246

色氨酸、苯丙氨酸与酪氨酸 248

组氨酸 256

参考文献 257

习题 261

第6章 核苷酸代谢 265

6.1 核苷酸分解代谢 266

嘧啶：胞苷、尿苷和胸苷 266

嘌呤：腺苷和鸟苷 269

6.2 嘧啶核糖核苷酸的生物合成 271

尿苷单磷酸 271

胞苷三磷酸 276

6.3 嘌呤核苷酸的生物合成 276

肌苷酸 277

腺苷单磷酸和鸟苷单磷酸 281

6.4 脱氧核糖核苷酸的生物合成 282

脱氧腺苷、脱氧鸟苷、脱氧胞苷和脱氧尿苷二磷酸 282

胸苷单磷酸 284

参考文献 286

习题 288

第7章 一些天然产物的生物合成 291

7.1 青霉素与头孢菌素的生物合成 294

青霉素 295

异青霉素N 298

头孢菌素 299

7.2 吗啡的生物合成 303

7.3 前列腺素和其他类二十烷酸的生物合成 313

7.4 红霉素的生物合成 317

7.5 辅酶B12和其他四吡咯化合物的生物合成 325

尿卟啉原Ⅲ 325

血红素 329

辅酶维生素B12 331

参考文献 341

习题 343

第8章 生物化学转化总揽 348

水解，酯化，硫酯化及酰胺化反应 348

羰基缩合反应 349

羧化和脱羧反应 351

氨化和脱氨化反应 353

C1转移反应 354

重排反应 356

异构化和差向异构化反应 357

羰基化合物的氧化与还原反应 358

通过金属配合物的羟基化反应和其他氧化反应 360

附录A 365

使用Swiss PDB浏览器观察蛋白质分子 365

下载PDB坐标文件 365

下载Swiss PDB浏览器 365

分离乙醇脱氢酶的活性中心 366

进一步研究乙醇脱氢酶的活性中心 369

习题 369

附录B 371

KEGG和BRENDA数据库 371

附录C 375

每章习题答案 375

附录D 402

英文名缩写、全称及其中文名对照表 402