理论生物物理学论文集PDF电子书下载

序 1

A1遗传密码的逻辑 1

A2生命信息的宝库 8

A3构象动力学和蛋白质折迭 16

A4 An evolutionary model of nucleic acid sequence——The model of inflation—mutation—selection 21

A5 A model of molecular evolution based on the statistical analysis of nucleotide sequences（节录） 28

A6 The physics of life evolution——The evolution of genetic code and gene sequences 35

B1探索复杂性，探索生命的奥秘 42

B2密码、序列、构象和动力学 44

B3漫谈生物物理学 49

B4理论生物物理漫谈 54

B5生命科学中的物理问题 59

B6分子进化速率与进化指标（节录） 65

B7理论生物物理学的若干问题（节录） 73

B8生物体系中的非线性现象 77

B9遗传密码（摘要） 79

B10基因序列的统计分析（摘要） 79

第一部分 80

C1极化电子和手性分子的相互作用 80

C2 The origin of chirality of biological polymer 91

D1关于基因信息问题的若干物理方面（摘要） 97

D2关于起始密码的一种可能解释（摘要） 98

D3突变率的S4对称破缺和终止密码子 99

D4 Why are there four bases in DNA? 102

D5论遗传密码的简并规则（摘要） 104

D6 The degeneracy rule of genetic code 105

D7 The distribution of amino acids in genetic code 110

D8遗传密码的对称性和氨基酸的疏水性 120

D9模糊极值与遗传密码的亲水—疏水性和突变危险性 125

E1 A statistical theory of amino acid mutation 130

E2氨基酸突变分数的精细分裂及其实验检验问题（摘要） 136

E3用Markov链模型研究氨基酸突变和丰度（摘要） 137

编注（第一部分） 138

第二部分 139

F1 Informational parameters of nucleic acid and molecular evolution 139

F2核酸序列的碱基分布，同源性和非Markov性（摘要） 149

F3核酸起始序列、终止序列和插入序列的统计分析（摘要） 150

F4核酸序列的信息论研究（摘要） 151

F5同功序列信息参数的初步分析（摘要） 152

F6 The statistical correlation of nucleotides in protein—coding DNA sequences 153

F7核苷酸的统计关联和熵近似（摘要） 160

F8核酸序列碱基关联的进一步研究（摘要） 161

F9核酸序列的关联性质和蛋白质结构功能的可能关系（摘要） 162

F10核酸序列非编码区关联长度的计算（摘要） 163

F11核酸序列不均匀性的信息论研究 164

F12分子序列概率矩阵的若干性质（摘要） 168

F13核酸概率矩阵的本征值、趋同长度与非均匀性（节录） 169

F14碱基关联模式的统计研究 172

G1 Fractal dimension of nucleic acid sequences and its relation to evolutionary level 180

G2核酸序列的Renyi熵与分子进化 184

G3核酸序列的混沌性、分维与关联长度（摘要） 188

G4核酸序列与碱基平面的无规行走及其和进化的相关性（摘要） 189

H1核酸序列的模糊聚类与分子进化 190

H2 Fuzzy classification of nucleotide sequences and bacterial evolution 195

I1 Maximum information principle and the informational parameters of nucleic acids（摘要） 204

I2 Maximum information principle and the evolution of nucleotide sequence 205

J1 Model of evolution of molecular sequences 213

J2 A stochastic evolutionary model of molecular sequences 229

J3分子序列进化方程解的研究（摘要） 240

J4核酸序列进化的早期突涨模型（摘要） 241

K1熵、信息量和复杂性—为什么Bach谱写的音乐比猴子的音乐更复杂？ 242

K2核酸重复片断的统计分析 248

K3 On complexity of finite sequences 251

K4几种序列复杂性的比较研究 259

L1 The distributions of frequencies ofsynonymous codons 263

L2密码子使用频率及其与进化的相关性（摘要） 267

L3同义密码子非随机使用的理论模型（摘要） 268

L4用信息论方法研究几类生物密码子使用与基因表达水平的关系（摘要） 269

L5基因表达水平与同义密码子使用关系的初步研究 270

L6密码子的碱基关联与表达增强网络 278

M1核酸序列信道容量 284

M2 The correlation spectrum of nucleotide sequences—How to extract signals from background noise? 289

M3 The transmission efficiency of genetic information from nucleotide sequence to protein conformation 297

N1核酸序列的保守位点及双螺旋结构的局部偏差 302

编注（第二部分） 307

第三部分 309

O1肽键的统计分析和蛋白质的二级结构（摘要） 309

O2氨基酸突变及其对蛋白质二级结构的影响（摘要） 310

O3多肽链中氢键的统计分析（摘要） 311

O4由氨基酸序列预测蛋白质二级结构的进一步研究 312

O5蛋白质二级结构的统计力学研究 319

O6蛋白质二级结构预测的统计力学途径（摘要） 324

O7球蛋白主链三级结构预测（摘要） 326

P1分子构象一电子相互作用的Green函数理论（摘要） 327

P2构象电子场与生物分子统计力学（摘要） 328

P3构象电子系统的量子跃迁理论（摘要） 329

P4构象电子系统量子跃迁的进一步理论 330

P5生物大分子的构象变化—能量转移机制（节录） 336

P6构象电子系统的集体激发，跃迁过程和合作现象（摘要） 340

P7 Conformation dynamics of macromolecules 341

P8核酸分子构象振动的模型分析（摘要） 354

P9分子链的构象—电子运动和Davydov孤子问题 355

Q1 Conformation—transitional rate in protein folding 361

Q2 The time scale of protein folding and a simple model of chaperones（节录） 367

Q3蛋白质折迭的若干物理问题 370

Q4新生肽链折迭的格子模型（摘要） 379

Q5分子轨道—自旋对称性守恒 380

R1 The kinetic theory of thermal hysteresis of a macromolecule solution 384

R2 Further discussion on the thermal hysteresis of the ice growth inhibitor 390

S1 A primary theory on polymerase mechanics in DNA replication and transcription 394

S2 A note on winding number statistics 400

S3 Quantum transition between topological states and DNA unwinding 405

编注（第三部分） 409

第四部分 411

T1一个突触前后不对称的多层神经网络模型 411

T2不对称神经网络的自旋玻璃模型和相变温度 413

T3一类模糊神经网络模型 417

T4序列动力学 421

U1关于形态发育和生物场的一点注记 427

V1非线性开放系的序参数方程 431

V2关于生物熵的几个问题（节录） 435

V3经络的物理基础 437

V4 Comments on theorem of minimum entropy production and slaving principle 445

W1 Gause竞争排斥原理的一个数学模型 450

W2 A mathematical model on metastasis of tumor cells 457

W2附由癌生长模型看治疗对策 464

编注（第四部分） 468