分子生态学PDF电子书下载

1 分子生态学的发展史 1

引言 1

分子生态学的进化观 2

系统分类学、系统发育和物种概念 2

物种内的变异 4

现代遗传学的起源 5

现代综合理论（学说） 6

分子进化的中性理论 7

行为生态学 8

生态学中的遗传学 9

生态遗传学 9

基因型、表型与表型可塑性 11

什么是分子标记 13

分子生态学中的里程碑 14

早期的分子生态学 15

等位酶电泳 15

限制性片段长度多态性 16

小卫星DNA指纹 18

聚合酶链式反应 19

基于PCR的分子标记 21

DNA测序 23

今日的分子生态学 24

小结 25

2 生态学家的分子生物学课程 26

引言 26

核酸与生命的共同起源 27

DNA和RNA的结构 28

核酸的一级结构 28

核酸的二级结构 30

DNA的复制 32

蛋白质的结构 33

基础免疫学 35

遗传密码与基因表达 37

基因组结构：概述 39

非编码DNA 41

功能（编码）DNA 44

核糖体DNA 44

细胞核中的结构（编码蛋白质）基因 45

线粒体DNA 45

叶绿体DNA 47

分子生态学中的质粒和遗传操作 48

突变 50

体细胞的突变 50

生殖系突变 50

DNA点突变 51

其他类型的突变 53

进化与突变率 53

小结 54

3 物种、个体和性别的分子鉴定 56

引言 56

物种问题 57

定义的特殊性 57

杂种 60

个体鉴别相关案例 63

基本鉴定 63

蟾蜍间的竞争 63

森林的演替 64

捕食者消化道中食物的鉴别 65

疾病载体的鉴定 65

法医学研究 66

性别 67

个体碎片鉴别 69

分子鉴定方法：概评 71

蛋白质分析 72

DNA分析 72

小结 73

4 行为生态学 75

引言 75

从单配性到多配性 76

动物的交配系统 76

未知交配系统的确定 78

雄性的繁殖成效 79

两性异形 79

集群择偶 81

雌性的繁殖成效 81

精子竞争 82

为什么雌性是混杂交配适应性的 83

交配选择与主要组织相容复合体（MHC） 85

两性冲突 87

后代的性比偏向（偏性比） 88

协同行为 89

鸟类的协同孵养 89

社会性昆虫 91

欺骗策略 92

种间巢寄生 92

种内巢寄生 93

觅食与扩散 94

觅食 94

扩散 95

由行为引起的物种形成 96

小结 100

5 种群遗传学 102

引言 102

自然种群中的遗传多样性 103

一些基本概念 103

种群大小与遗传多样性 103

哺乳类种群大小与遗传多样性估算的例子 106

种群结构 108

评估哪里会出现亚种群 108

种群亚结构的统计检验 108

种群分化研究的标记选择 109

联种群（集合种群）的遗传学 112

联种群 112

联种群是否存在的检验 113

不同联种群类型的区分 114

基因流与迁移率 116

基因流和迁移率的遗传估算 116

距离隔离 118

估算迁移率的最大似然法 120

迁入者（移民）的辨别 121

有效种群大小 122

有效种群大小的遗传估算方法 122

采用不同世代间等位基因频率变化来确定有效种群大小 123

确定Ne的其他方法 124

种群瓶颈（效应） 125

种群瓶颈的意义 125

种群瓶颈的遗传检测 126

种群遗传学中的分子标记：概述 128

选择的原则 128

基本的检验 129

小结 130

6 分子及适应变异 132

引言 132

中性标记并非真的中性 135

等位酶 135

核DNA标记 137

线粒体DNA 138

杂合性与适合度 139

概况 139

等位酶研究 139

DNA标记 141

用于研究适应变化的分子方法 143

中性和适应变异的比较 143

特殊位点上的变异 145

基因作图 146

数量性状与适应性变异 147

基因组学与适应性变异的研究 149

小结 150

7 亲缘地理学 151

引言 151

亲缘地理学中的分子标记 152

早期的亲缘地理学 152

mtDNA可作为亲缘地理学研究的标准手段 153

mtDNA的替代物 154

系谱与溯祖方法（过程） 154

空间上的遗传变化 156

单个种群的地理模式 156

地理分隔与扩散 158

种群间的分化：遗传漂变与基因流 159

物种间的基因流 160

更新世冰期的遗传推论 161

亲缘地理学与共进化 164

巢式进化枝分析 164

时间上的遗传变化 166

地质事件与分子分化速率 166

世系分化的实时估量 167

应用亲缘地理学 169

分类学鉴定 169

确定一个物种的自然分布区 171

寻找引进物种的起源种群（种源） 175

亲缘地理学与适应特征 178

小结 179

8 保护遗传学 181

引言 181

生物圈的状态 182

保护生物学中的分子遗传学 183

遗传多样性保育问题 184

近交与遗传负荷 186

近交效应的基础 186

野生状态中的近交衰退与遗传负荷 188

清洗遗传负荷 189

远交衰退 190

遗传恢复 191

竭力挽救的措施（绝点拯救） 192

植物保护 193

动物保护 195

野生动植物法医学 197

保护生物学中的遗传学——更广的作用 198

系统分类学和保护遗传学 198

亲缘地理学和保护遗传学 199

全球遗传多样性重要区域 200

保护遗传学中的分子标记 202

小结 202

9 微生物生态学 204

引言 204

微生物生态学中的重要议题 206

自然界中微生物群落的作用 206

分子微生物学中的困难问题 208

微生物生态学中的免疫学方法 210

免疫学方法 210

微生物生态学中抗体鉴别的应用 211

核糖体基因与微生物生态学 214

核糖体基因的结构和应用价值 214

鉴定：特异寡核苷酸序列探针在微生物生态学中的应用 215

新的进展、问题及其他探针方法 217

核糖体基因测序和群落研究 219

微生物群落的遗传构建 221

替代核糖体基因的分析方法 224

基因组分析与微生物生态学 226

序列复杂性与微生物多样性 226

微阵列与微生物生态学 227

微生物生态学中其他的基因组方法 228

全基因组分离与病毒多样性 229

微生物分子生态学概观 231

微生物生态学中的分子标记：概述 231

蛋白质方法 231

核酸方法 231

小结 232

10 分子生态学与遗传修饰生物 234

引言 234

GMO的环境风险 236

分子生态学在GMO研究中的作用 237

自然界中的水平基因转移 238

接合 239

转导 240

转化 241

GMO对自然群落的影响 242

基因从GMO到其他生物的转移 244

垂直基因转移 244

水平基因转移 245

转基因对其他物种的影响 247

将来的GMO研究与分子标记 250

小结 251

附录1 分子生态学实践 252

采样和样品的处理 252

采样 252

蛋白质和DNA提取 253

基于蛋白质的方法 253

等位酶分析和蛋白质多态性 253

蛋白谱（指纹） 255

免疫学方法 255

基于DNA的方法 257

用寡核苷酸鉴别细胞 257

聚合酶链式反应 257

限制性片段长度多态性（RFLP） 258

多位点小卫星DNA指纹 260

RAPD和AFLP分析 260

微卫星分析 261

DNA测序 262

变性梯度凝胶电泳（DGGE）、温度梯度凝胶电泳（TGGE）和单链构象多态性（SSCP） 263

基于PCR分析的引物 264

特殊情况：标本馆材料与无损伤取样 265

DNA微阵列 267

附录2 分子生态学中的分析方法 269

个体鉴别与家族（亲缘）关系 269

多位点指纹的应用 269

单位点模式（带形）的应用 270

确定个体的种群归类 272

种群的多样性和结构 273

分子标记的性质 273

多样性的估算 274

种群结构 275

种群的规模（大小）与历史 277

亲缘地理学 278

亲缘地理进化树 278

地理相关性 279

微生物生态学 280

术语表 281

参考文献 286