后基因组信息学 引进版PDF电子书下载

1 生命的蓝图 1

基因和基因组 1

DNA和蛋白质 2

中心法则 6

RNA世界 10

细胞 11

分子生物学技术的发展 13

人类基因组计划 17

生物还原论 21

后基因组时代信息学的重大挑战 23

生命的遗传和化学蓝图 25

2 分子生物学数据库 27

2．1 历史背景 27

分子生物学数据库的演变史 27

文献索引数据库 30

氨基酸序列数据库 31

三维结构数据库 32

核酸序列数据库 33

平面文件格式 35

基因组数据库 39

2．2信息学技术 41

关系数据库 41

演绎数据库 44

面向对象数据库 46

基于链接的集成 49

知识库 50

WWW环球网 52

计算机图形学 53

2．3新一代分子生物学数据库 55

元素和化合物 55

氨基酸索引 57

蛋白家族和序列模体 60

蛋白质三维结构的分类 61

直系同源和旁系同源 64

反应和相互作用 66

生化途径 67

基因组多样化 69

3 核酸和蛋白质的序列分析 71

3．1 同源性搜索 71

序列分析中的难点 71

动态规划 74

全局比对 76

局部比对 78

数据库搜索 80

FASTA算法 81

BLAST算法 83

统计置信度 85

多序列比对 86

系统发生树分析 88

模拟退火 90

遗传算法 91

3．2结构和功能预测 93

热动力学原理 93

RNA二级结构的预测 94

Hopfield神经网络 96

蛋白质二级结构的预测 97

跨膜片段的预测 99

级联神经网络 101

隐Markov模型 103

形式语法 105

蛋白质三维结构的预测 106

基因发现和功能预测 108

蛋白质分选预测的专家系统 110

4 分子相互作用的网络分析 113

4．1网络表示和计算 113

抽象的层面 113

分子网络 114

图 116

共同子图 117

启发式网络比较 120

路径计算 122

二元关系和演绎 124

应用 127

4．2 生物化学网络原理 131

代谢网络 131

基因组视角 134

蛋白质相互作用的网络 137

基因调控网络 139

网络原理 140

复杂系统 142

附录 计算分子生物学方法——参考书目 145

1 序列分析I 序列比对 145

1．1 两两序列比对 145

1．2 数据库搜索 146

1．3 多序列比对 147

1．4 RNA二级结构预测 149

2序列分析Ⅱ 序列特征 150

2．1蛋白质二级结构预测 150

2．2 蛋白质家族和序列模体 152

2．3 功能预测 153

2．4 发现基因 155

3 结构分析 156

3．1蛋白质结构比较 156

3．2 蛋白质三维结构预测 157

3．3 RNA三维结构模型 158

4 网络分析 159

4．1 基因组分析 159

4．2 代谢途径分析 160