1 生命的蓝图 1
基因和基因组 1
DNA和蛋白质 2
中心法则 6
RNA世界 10
细胞 11
分子生物学技术的发展 13
人类基因组计划 17
生物还原论 21
后基因组时代信息学的重大挑战 23
生命的遗传和化学蓝图 25
2 分子生物学数据库 27
2．1 历史背景 27
分子生物学数据库的演变史 27
文献索引数据库 30
氨基酸序列数据库 31
三维结构数据库 32
核酸序列数据库 33
平面文件格式 35
基因组数据库 39
2．2信息学技术 41
关系数据库 41
演绎数据库 44
面向对象数据库 46
基于链接的集成 49
知识库 50
WWW环球网 52
计算机图形学 53
2．3新一代分子生物学数据库 55
元素和化合物 55
氨基酸索引 57
蛋白家族和序列模体 60
蛋白质三维结构的分类 61
直系同源和旁系同源 64
反应和相互作用 66
生化途径 67
基因组多样化 69
3 核酸和蛋白质的序列分析 71
3．1 同源性搜索 71
序列分析中的难点 71
动态规划 74
全局比对 76
局部比对 78
数据库搜索 80
FASTA算法 81
BLAST算法 83
统计置信度 85
多序列比对 86
系统发生树分析 88
模拟退火 90
遗传算法 91
3．2结构和功能预测 93
热动力学原理 93
RNA二级结构的预测 94
Hopfield神经网络 96
蛋白质二级结构的预测 97
跨膜片段的预测 99
级联神经网络 101
隐Markov模型 103
形式语法 105
蛋白质三维结构的预测 106
基因发现和功能预测 108
蛋白质分选预测的专家系统 110
4 分子相互作用的网络分析 113
4．1网络表示和计算 113
抽象的层面 113
分子网络 114
图 116
共同子图 117
启发式网络比较 120
路径计算 122
二元关系和演绎 124
应用 127
4．2 生物化学网络原理 131
代谢网络 131
基因组视角 134
蛋白质相互作用的网络 137
基因调控网络 139
网络原理 140
复杂系统 142
附录 计算分子生物学方法——参考书目 145
1 序列分析I 序列比对 145
1．1 两两序列比对 145
1．2 数据库搜索 146
1．3 多序列比对 147
1．4 RNA二级结构预测 149
2序列分析Ⅱ 序列特征 150
2．1蛋白质二级结构预测 150
2．2 蛋白质家族和序列模体 152
2．3 功能预测 153
2．4 发现基因 155
3 结构分析 156
3．1蛋白质结构比较 156
3．2 蛋白质三维结构预测 157
3．3 RNA三维结构模型 158
4 网络分析 159
4．1 基因组分析 159
4．2 代谢途径分析 160