系统生物学的概念和方法PDF电子书下载

前言 1

第一章 系统生物学概论 1

一、多样性和一致性 1

二、有机体的种类 2

三、比较生物学 4

四、系统学 5

五、分类学 7

六、分类学的功用 8

七、分类和鉴定 8

八、分类目的 9

九、分类程式和步骤 10

十、阶层制 12

第二章 革新支序系统学 14

一、种系发生场 15

二、种系场的变化 17

三、分支图和同远态 21

四、性状类型和格局 25

五、分支图和种系树：组分分析 28

六、分支图择定和性状型相持 34

七、系列三类元分析 37

第三章 支序分析方法 45

一、直观论证方案法 45

二、最小方式组分分析法 47

三、最小进化单质法 49

四、相容性分析 54

五、基型趋异分析 64

六、定量俭约法 68

七、转化系列分析 74

八、曼哈顿度量加性法 78

九、俭约性 82

十、计算机程序和方法比较 83

一、传统的种系发生 85

第四章 种系发生、单系和关系 85

二、Hennig的种系发生 87

三、单系和多系 87

四、传统的单系概念 88

五、Simpson的单系概念 88

六、Mayr的单系概念 89

七、Hennig的单系概念 89

八、并系和多系 90

九、Farris的定义 91

十、Holmes的定义 93

十一、关系概念 97

十二、遗传种系关系 99

十三、单系关系 100

十四、邻系关系 101

十五、种系关系 101

十七、种系发生关系 102

十六、分支关系 102

第五章 同源和同远态 103

一、平行和趋同 103

二、同源和同源物 104

三、进化创新 104

四、同源组和系列同源 104

五、种系发生同源 105

六、种系发生同源与平行 105

八、种系发生同源与相似性 106

七、种系发生同源与功能 106

九、形态同源概念 107

十、祖原和同塑 107

十一、同源性状和同远态 108

十二、同远态和组群普遍相似性 110

十三、性状和状态 110

十四、近态和远态 111

一、个体发生标准 114

第六章 性状极性分析 114

二、内群比较 123

三、外群比较 125

四、形态学标准 133

五、转化系列相关标准 134

六、古生物学标准 134

七、寄生虫学方法 135

八、地理分布标准 136

第七章 生物地理学：分替论 137

一、散布和分替 137

二、种系发生生物地理学 139

三、分替生物地理学：Rosen的轨迹法 141

四、分支生物地理学：Platnick和Nelson的方法 143

五、中美洲胎鳉的实例 145

六、祖先种地图 147

七、组分分析 149

八、Nelson问题 152

九、俭约性 153

十、组分相容性 155

十一、组分分析的定量化 158

十二、特有性俭约分析 160

十三、总结 162

第八章 非种系发生分类学 164

一、什锦分类学 164

二、数值分类学与表相学 164

三、表相学和表相关系 165

四、表相学原理 166

五、表相分类程式 167

六、表相分析例示 171

七、表因学 174

第九章 物种概念 176

一、物种的本体和概念 176

二、林奈和达尔文的物种概念 180

三、生物学种概念 181

四、表相种概念 183

五、进化种概念 183

六、“又变又不变”物种概念 185

七、物种的识别概念 187

八、种系发生种概念 188

九、结语 192

第十章 物种形成和种级决定 194

一、物种形成 195

二、异域物种形成 197

三、异并域物种形成 202

四、并域物种形成 203

五、静域物种形成 203

六、同域物种形成 204

七、种级决定 205

八、两性种--同域出现 207

九、两性种--异域出现 210

十、生物地理资料和异域决定 211

十一、实验资料和种的决定 211

十二、隐种或孪种 212

第十一章 性状类别和定量分析 213

一、形态性状 213

二、核型性状 214

三、生化性状 216

四、非结构性状 218

五、定量性状及其选取 219

六、单变量或单性状分析 220

七、二变量和三变量性状分析 222

八、主分量分析--多变量分析Ⅰ 223

九、判别式分析--多变量分析Ⅱ 226

十、典型变量分析--多变量分析Ⅲ 229

参考文献 231