林木遗传模型统计分析及R语言实现PDF电子书下载

1 固定效应模型和随机效应模型 1

1.1 固定效应模型 1

1.1.1 模型表达式 1

1.1.2 无约束模型的参数估计 4

1.1.3 约束模型的参数估计 7

1.2 随机效应模型 9

1.2.1 方差分量估计 9

1.2.2 方差分量的假设检验 14

1.3 R语言程序 18

1.3.1 无约束固定效应模型计算程序 18

1.3.2 约束固定效应模型计算程序 19

1.3.3 随机效应模型计算程序 21

思考与练习 23

2 半同胞子代测定遗传模型 24

2.1 单点多株小区试验统计模型 24

2.1.1 一般配合力 24

2.1.2 遗传方差估计与假设检验 25

2.1.3 遗传力 27

2.1.4 遗传相关系数 29

2.2 多点多株小区试验统计模型 30

2.2.1 一般配合力 31

2.2.2 遗传方差估计与假设检验 31

2.2.3 遗传力 35

2.2.4 遗传相关系数 36

2.3 实例分析及其R语言计算程序 38

2.3.1 单点多株小区试验实例 38

2.3.2 多点多株小区试验实例 46

思考与练习 58

3 巢式设计遗传模型 59

3.1 包含区组和重复的巢式设计统计模型 59

3.1.1 固定效应模型 59

3.1.2 随机效应模型 60

3.1.3 遗传力 63

3.1.4 遗传相关系数 64

3.2 包含区组但不含重复的巢式设计统计模型 66

3.2.1 固定效应模型 66

3.2.2 随机效应模型 66

3.2.3 遗传力 69

3.2.4 遗传相关系数 70

3.3 不包含区组和重复的巢式设计统计模型 71

3.4 实例及R语言计算程序 73

3.4.1 包含区组和重复的巢式设计实例 73

3.4.2 包含区组但不包含重复的巢式设计实例 84

思考与练习 92

4 因子交配设计遗传模型 93

4.1 多地点多区组因子交配设计统计模型 93

4.1.1 固定效应模型 94

4.1.2 随机效应模型 95

4.1.3 遗传力 102

4.1.4 遗传相关系数 106

4.2 单地点多区组因子交配设计统计模型 108

4.2.1 固定效应模型 108

4.2.2 随机效应模型 109

4.2.3 遗传力 110

4.2.4 遗传相关系数 112

4.3 单地点不含区组因子交配设计统计模型 114

4.4 实例及R语言计算程序 115

4.4.1 多地点多区组因子交配设计实例 115

4.4.2 单地点多区组因子交配设计实例 129

思考与练习 140

5 双列杂交设计遗传模型 141

5.1 半双列杂交遗传模型 142

5.1.1 固定效应模型 142

5.1.2 随机效应模型 143

5.1.3 遗传力 145

5.1.4 遗传相关系数 146

5.2 全双列杂交遗传模型 147

5.2.1 固定效应模型 148

5.2.2 随机效应模型 148

5.2.3 遗传力 150

5.2.4 遗传相关系数 151

5.3 多地点半双列杂交遗传模型 153

5.3.1 固定效应模型 153

5.3.2 随机效应模型 154

5.3.3 遗传力 155

5.3.4 遗传相关系数 157

5.4 多地点全双列杂交遗传模型 158

5.4.1 固定效应模型 158

5.4.2 随机效应模型 159

5.4.3 遗传力 162

5.4.4 遗传相关系数 163

5.5 实例及R语言计算程序 165

5.5.1 半双列杂交设计实例 165

5.5.2 全双列杂交设计实例 173

5.5.3 多地点全双列杂交设计实例 181

思考与练习 193

6 多地点多年份家系试验遗传模型 194

6.1 多地点家系试验统计模型 194

6.1.1 固定效应模型 194

6.1.2 随机效应模型 195

6.1.3 遗传相关系数 197

6.2 多年份家系试验统计模型 198

6.2.1 固定效应模型 199

6.2.2 随机效应模型 200

6.2.3 遗传相关系数 202

6.3 多地点多年份家系试验统计模型 204

6.3.1 固定效应模型 204

6.3.2 随机效应模型 206

6.3.3 遗传相关系数 209

6.4 实例及R语言计算程序 211

6.4.1 多地点家系试验实例 211

6.4.2 多年份家系试验实例 219

6.4.3 多地点多年份家系试验实例 229

思考与练习 242

7 方差分量约束极大似然估计 243

7.1 ML估计 243

7.2 REML估计 245

7.3 实例及R语言计算程序 248

思考与练习 255

8 育种值的最佳线性无偏预测 256

8.1 混合模型方程 256

8.2 动物模型 260

8.3 多地点半同胞子代测定试验育种值计算 265

思考与练习 275

参考文献 276

附录A 矩阵基本概念和运算 278

A1 矩阵的定义 278

A2 矩阵的运算 280

A3 矩阵的分块运算 284

A4 特征值和特征向量 288

A5 正定矩阵和半正定矩阵 293

思考与练习 295

附录B 林木遗传模型统计分析软件 297

B1 半同胞子代测定遗传模型分析软件HalfsibSS 297

B2 巢氏设计遗传模型分析软件WinNC1 297

B3 因子交配设计遗传模型分析软件WinNC2 298

B4 双列杂交设计配合力分析软件GSCA 298

附录C R语言简介 300

C1 R语言软件下载与安装 300

C2 R语言工作窗口 300

C3 R语言矩阵运算符和控制语句 301