线性模型在动物育种值预测中的应用 第3版PDF电子书下载

1利用不同信息来源进行遗传评定 1

1.1引言 1

1.2基本模型 1

1.3根据个体本身信息预测育种值 2

1.3.1单一记录 2

1.3.2重复记录 3

1.4根据后裔记录估计育种值 5

1.5通过系谱预测育种值 7

1.6根据相关性状预测育种值 8

1.7选择指数 9

1.7.1选择指数的精确性 10

1.7.2利用不同来源信息计算相关性状选择指数的例子 11

1.7.3综合育种值的预测 14

1.7.4使用预测遗传价值计算总经济指数 15

1.7.5约束选择指数 16

1.7.6结合了育种值和遗传标记信息的选择指数 17

2亲属间的遗传协方差 19

2.1简介 19

2.2分子亲缘相关矩阵 19

2.3亲缘相关矩阵的分解 20

2.4计算亲缘相关矩阵的逆 22

2.4.1不考虑近交时，计算分子亲缘相关矩阵的逆 22

2.4.2考虑近交时，计算分子亲缘相关矩阵的逆 24

2.5计算父亲-外祖父模型中亲缘相关矩阵的逆 26

2.6例子 27

3育种值的最佳线性无偏预测：有一个随机效应的单性状模型 29

3.1引言 29

3.2理论背景简介 29

3.3单个个体的评估模型（动物模型） 31

3.3.1构建混合模型方程组 32

3.3.2后裔产量的离差 36

3.3.3评估的精确性 38

3.4公畜模型 39

例子 39

3.5缩约动物模型 41

3.5.1定义模型 42

3.5.2例子 43

3.5.3其他算法 46

3.6有分组的动物模型 46

例子 48

4育种值的最佳线性无偏预测：有随机环境效应的动物模型 53

4.1引言 53

4.2重复力模型 53

4.2.1定义模型 53

4.2.2例子 54

4.2.3计算女儿产量的离差 57

4.3有共同环境效应的动物模型 58

4.3.1模型定义 58

4.3.2例子 58

5育种值的最佳线性无偏预测：多性状动物模型 61

5.1引言 61

5.2设计矩阵相同，没有缺失记录 61

5.2.1模型定义 61

5.2.2例子 63

5.2.3多性状动物模型遗传评定的剖分 64

5.2.4多性状动物模型评定的精确性 66

5.2.5在多性状动物模型中计算女儿产量的离差 67

5.3设计矩阵相同，有缺失记录 68

例子 68

5.4设计矩阵不相等 70

5.4.1例子 70

5.4.2在多性状动物模型中计算女儿产量的离差 72

5.5不存在环境协方差时的多性状动物模型 73

5.5.1不同亲属的记录性状不同 73

5.5.2多性状、不同国家奶牛的遗传评定（MACE） 75

6降低多性状动物模型维数的方法 83

6.1引言 83

6.2典型转换 83

6.2.1模型 84

6.2.2例子 84

6.3乔列斯基转换 86

6.3.1计算转换矩阵和定义模型 86

6.3.2例子 86

6.4因子分析和主成分分析 88

6.4.1因子分析 89

6.4.2主成分分析 92

6.4.3降秩PC模型分析 93

7母体性状模型：动物模型和缩约动物模型 95

7.1引言 95

7.2单个母体性状的动物模型 95

例子 96

7.3有母体遗传效应的缩约动物模型 100

例子 101

7.4父亲-外祖父模型 104

8群居互作模型 105

8.1简介 105

8.2有群居互作效应的动物模型 107

例子 108

8.3互作模型估计方程的剖分 110

8.4使用相关误差结构（correlated error structure）进行分析 112

9纵向数据的分析 113

9.1引言 113

9.2固定回归模型 113

例子 114

9.3随机回归模型 119

9.3.1例子 120

9.3.2在随机回归模型中个体效应解的剖分 123

9.3.3计算女儿产量的离差 126

9.3.4估计育种值的可靠性 126

9.3.5利用样条函数的随机回归模型 127

9.3.6母体性状的随机回归模型 129

9.4协方差函数 129

降阶协方差函数的拟合 131

9.5随机回归模型与协方差函数的等价性 135

10遗传标记在育种值预测中的使用 136

10.1引言 136

10.2定义含有标记信息的模型 136

10.3计算MQTL效应的协方差矩阵（Gv） 137

例子 138

10.4G的其他算法 139

10.5计算G的逆 141

10.6当含有标记信息时，预测育种值 144

例子 145

10.7直接预测MQTL的加性遗传值 146

例子 147

10.8预测总的加性遗传值 148

例子 149

10.9当两个标记间有一个QTL时的分析 150

10.9.1基本模型 150

10.9.2计算协方差矩阵G 151

10.9.3例子 153

11基因组育种值的计算以及基因组选择 156

11.1引言 156

11.2一般线性模型 157

11.3基因型的编码和标准化 157

11.4把SNP效应当作固定效应的模型 157

11.5计算SNP效应的混合线性模型 161

11.5.1SNP-BLUP模型 161

11.5.2等价模型：GBLUP 164

11.5.3等价模型：选择指数法 166

11.6有多基因效应的混合线性模型 167

11.7一步法 169

11.8用Bayesian方法计算SNP效应 172

11.8.1BayesA 172

11.8.2BayesB 175

11.8.3BayesC 176

11.8.4BayesCπ 178

11.9交叉验证和基因组可靠性 179

11.10用不同模型得到的SNP效应结果的理解 180

12非加性动物模型 181

12.1引言 181

12.2显性亲缘相关矩阵 181

12.3包含显性效应的动物模型 181

12.3.1单独求解动物个体效应和显性效应 182

12.3.2直接求解总的遗传值 184

12.4快速计算显性相关矩阵的逆 185

12.4.1子效应的亲缘相关矩阵的逆 186

12.4.2预测显性效应 187

12.4.3计算显性效应和子效应间的亲缘相关矩阵的逆 188

12.5上位效应 191

12.5.1上位效应和子效应间亲缘相关矩阵的逆（U-1）的计算 191

12.5.2例子 192

13等级分类性状的分析 194

13.1引言 194

13.2阈性状模型 195

13.2.1定义正态分布的一些函数 195

13.2.2数据组织和阈性状模型 195

13.2.3例子 197

13.3数量性状和二元性状的联合分析 204

13.3.1数据和模型定义 204

13.3.2例子 206

14生存分析 212

14.1简介 212

14.2功能性生存 212

14.3截尾 212

14.4生存分析使用的模型 213

14.4.1线性模型 213

14.4.2随机回归模型 213

14.4.3比例风险模型 214

14.4.4生存函数的非参数估计 216

14.4.5回归生存模型 216

14.4.6混合模型 218

14.4.7分组数据生存模型 220

15 遗传参数估计 222

15.1引言 222

15.2单性状公畜模型 222

15.3例子 222

15.4扩展模型 224

15.5例子 224

15.6动物模型 225

15.7例子 228

16吉布斯抽样在方差组分估计和育种值预测中的应用 231

16.1引言 231

16.2单性状动物模型 232

16.2.1先验分布 232

16.2.2联合分布和全条件分布 232

16.2.3根据吉布斯抽样结果进行推断 234

16.2.4例子 235

16.3多性状动物模型 236

16.3.1先验分布 236

16.3.2条件概率 237

16.3.3例子 238

17求解线性方程组 240

17.1引言 240

17.2直接求逆 240

17.3混合模型方程组的迭代计算 240

17.3.1雅可比迭代 240

17.3.2高斯-赛德尔迭代 243

17.4数据迭代 244

17.4.1未分组的动物模型 246

17.4.2有分组的动物模型 250

17.4.3有母体效应的缩约动物模型 252

17.5先验共轭梯度算法 260

17.5.1计算策略 260

17.5.2例子 261

附录A 矩阵代数简介 264

附录B 基于矩阵L求解近交系数的快速算法 270

附录C BLUP的推导和证明以及关于后代贡献的计算 274

附录D 遗传评估准确性的计算 277

附录E 典型转换和乔列斯基分解 280

附录F 逆回归育种值的计算 285

附录G 计算在不同年龄或时期评估时的Legendre多项式矩阵φ 287

参考文献 289

主题索引 299