进化保护遗传学PDF电子书下载

1灭绝漩涡模型：遗传变异是否与物种灭绝相关？ 1

1.1引言 1

1.2灭绝漩涡 2

1.3野生群体遗传多样性较低和灭绝存在联系的证据 5

1.4实验研究 12

1.5结论 13

2如何衡量遗传变异 15

2.1共显性的中性变异 16

2.1.1多态位点百分比 17

2.1.2每个位点的等位基因数/等位基因丰富度 17

2.1.3期望杂合度 17

2.1.4观察杂合度 17

2.1.5近交系数 17

2.1.6群体分化 18

2.1.7基因流 18

2.2显性的中性标记 18

2.3序列变异 20

2.3.1变异位点比例 20

2.3.2核苷酸多样性 20

2.3.3单倍型多样性 21

2.4非中性标记和中性检验 21

2.5基因数量变异 22

2.6结论 29

3近亲繁殖、群体地理结构和基因流 30

3.1群体内近亲繁殖 31

3.2群体遗传结构 36

3.3有效群体大小 38

3.4濒危物种群体结构的例子 40

3.5近交衰退 40

3.6杂合度与适合度的相关关系 44

3.7援救效应 47

3.8结论 48

4环境变化中的遗传多样性 49

4.1生境破碎化、自然及人为引起的屏障与基因漂流 49

4.2景观遗传学 57

4.3瓶颈效应的影响及检测 60

4.4群体增长和分布区扩张带来的效应 62

4.5入侵物种 64

4.6结论 66

5受选择作用的基因：Mhc基因和其他相关基因 67

5.1 Mhc基因 68

5.1.1 Mhc基因与哺乳动物保护 70

5.1.2 Mhc与鸟类保护 71

5.1.3 Mhc与两栖爬行类动物保护 74

5.1.4 Mhc与鱼类保护 76

5.1.5总结：Mhc与保护免疫遗传学 79

5.2其他与保护相关的基因 80

5.2.1色素基因：mclr 80

5.2.2光周期现象：Clock基因和其他基因 83

5.3结论 85

6局部适应 87

6.1局部适应的表现 88

6.2数量特征的变异QST 92

6.3 FST和QST的比较 94

6.4应用于保护研究的QST 96

6.5结论 99

7生态基因组学 100

7.1全基因组测序 100

7.2如何处理数据？组装和注释 101

7.3如何处理数据？进化和生态分析 101

7.4面向保护的基因组学 107

7.4.1 SNP检测和基因分型 107

7.4.2重要的功能性位点的QTL定位 109

7.4.3差异基因表达 109

7.4.4系统发育学 110

7.5非模式物种的基因组研究 111

7.6结论 114

8生命演化中的保护生物学 116

8.1人类对生物演化进程的影响 117

8.2捕获引起的演化响应 119

8.3保护演化潜能 120

8.4保护单元 121

8.5结论 124

参考文献 126

中文索引 154

学名索引 158