化学信息学 第2版PDF电子书下载

第1章 计算机与Internet基础 1

1.1 操作系统 1

1.1.1 UNIX系统的构成 1

1.1.2 UNIX系统的登录 2

1.1.3 UNIX系统的基本命令 2

1.1.4 UNIX系统的文件属性 3

1.1.5 UNIX系统的文件编辑器 4

1.2 计算机语言与程序设计 4

1.2.1 计算机语言 4

1.2.2 Matlab语言简介 6

1.2.3 程序设计 8

1.3 Internet基本概念 11

1.3.1 计算机网络和TCP/IP协议 11

1.3.2 Internet网际地址 13

1.3.3 域名系统 14

1.3.4 连入Internet 17

1.4 Internet服务与利用 20

1.4.1 远程登录 20

1.4.2 文件传输 21

1.4.3 电子邮件 24

1.4.4 通信讨论组 29

1.4.5 网络新闻 31

1.4.6 WWW服务 33

1.4.7 Internet查询工具 37

1.5 服务器的建立与主页制作 39

1.5.1 服务器的建立 40

1.5.2 主页制作语言简介 42

上机训练与习题 49

第2章 联机文献检索 51

2.1 美国化学文摘 51

2.1.1 美国化学文摘简介 51

2.1.2 美国化学文摘的著录内容与格式 52

2.1.3 CA on CD的使用方法 57

2.2 Web of Science 66

2.2.1 Web of Science简介 66

2.2.2 Web of Science的文献收录内容与格式 67

2.2.3 Web of Science的功能与使用方法 69

2.2.4 ISI Web of Knowledge的其他功能 74

2.3 E1 CompendexWeb 77

2.3.1 E1 CompendexWeb简介 77

2.3.2 E1 CompendexWeb的功能与使用方法 78

2.4 期刊全文数据库 81

2.4.1 Elsevier SDOS数据库 81

2.4.2 ACS期刊数据库 84

2.5 国内学术期刊数据库 87

2.5.1 中国期刊网 87

2.5.2 万方数据库 92

2.6 其他文献检索系统简介 94

2.7 专利文献查询 96

上机训练与习题 98

第3章 网络图书与网络杂志 99

3.1 网上图书馆 99

3.1.1 图书馆主页 99

3.1.2 WWW虚拟图书馆 100

3.2 网上书店 103

3.3 网络杂志 104

3.4 数字化图书 107

3.5 出版商主页 109

上机训练与习题 110

第4章 数据库资源 112

4.1 综合性数据库 112

4.1.1 STN系统 112

4.1.2 DIALOG系统 114

4.1.3 Entrez系统 115

4.1.4 国内数据库资源简介 115

4.2 化学信息数据库 116

4.2.1 剑桥结构数据库 116

4.2.2 布鲁克海文蛋白质数据库 118

4.2.3 核酸数据库 119

4.2.4 化合物基本性质数据库 119

4.2.5 NIST的Chemistry WebBook 122

4.2.6 化合物谱图数据库 125

4.3 网上化学手册 127

4.3.1 物理化学常数 127

4.3.2 化学元素周期表 127

上机训练与习题 130

第5章 化学信息资源查询 131

5.1 查询与导航 131

5.2 ChIN简介 133

5.3 商业信息 137

5.4 化学机构信息 138

上机训练与习题 140

第6章 化学信息的计算机管理与应用 141

6.1 化学信息的计算机表示 141

6.1.1 数据信息的计算机处理 141

6.1.2 结构信息的计算机表示 141

6.1.3 化学信息的可视化 146

6.2 化学信息数据库 152

6.2.1 数据库系统的构成 152

6.2.2 数据模型和数据库的类型 153

6.2.3 数据库的存取过程 154

6.2.4 化学信息数据库 155

6.3 化学人工智能与专家系统 158

6.3.1 人工智能 158

6.3.2 知识库 159

6.3.3 推理方法 163

6.3.4 专家系统 165

6.4 计算机辅助结构解析 165

6.4.1 结构解析系统的构成 166

6.4.2 结构解析的工作过程 167

6.4.3 结构解析中的有关技术 167

6.5 计算机辅助合成设计 170

6.5.1 计算机辅助有机合成 170

6.5.2 计算机辅助分子设计 178

上机训练与习题 183

第7章 化学信息的计算机模拟 184

7.1 NMR波谱模拟 184

7.1.1 质子NMR谱的量子化学模拟 184

7.1.2 13C-NMR谱的计算机模拟 187

7.2 分子模拟 194

7.2.1 分子模拟的基本方法 194

7.2.2 分子力学简介 196

7.2.3 分子模拟应用举例 209

上机训练与习题 210

第8章 多元校正与因子分析 212

8.1 引言 212

8.1.1 化学计量学 212

8.1.2 多元校正与分辨 213

8.1.3 化学因子分析 213

8.2 数据矩阵的构成 214

8.2.1 二维色谱数据 215

8.2.2 三维荧光光谱数据 215

8.2.3 多组分光度分析数据 216

8.2.4 配合物体系的研究 217

8.3 间接校正方法 218

8.3.1 K-矩阵法 218

8.3.2 P-矩阵法 221

8.4 Kalman滤波法 222

8.4.1 Kalman滤波用于多元校正的原理 223

8.4.2 Kalman滤波用于多元校正的计算步骤 223

8.4.3 Kalman滤波法的应用实例 224

8.5 化学因子分析 227

8.5.1 化学因子分析的基本步骤 227

8.5.2 常见的化学因子分析方法 228

8.6 主成分回归 241

8.7 偏最小二乘法 244

上机训练与习题 246

第9章 人工神经网络 247

9.1 人工神经网络的基本特征 247

9.2 人工神经网络的基本模型 248

9.3 神经元的结构模型 249

9.4 人工神经网络的学习算法 250

9.5 人工神经网络的应用 254

上机训练与习题 258

第10章 遗传算法和模拟退火算法 259

10.1 遗传算法 259

10.1.1 自然进化与遗传算法 259

10.1.2 遗传算法的基本过程 261

10.1.3 遗传算法的程序实现 263

10.1.4 遗传算法应用举例 269

10.1.5 遗传算法的发展 271

10.1.6 遗传算法在化学中的应用举例 275

10.2 模拟退火算法 279

10.2.1 固体退火与模拟退火算法 280

10.2.2 模拟退火算法的基本过程 282

10.2.3 模拟退火算法的控制参数 284

10.2.4 模拟退火算法的发展 286

10.2.5 退火演化算法 287

10.2.6 模拟退火算法的应用举例 291

上机训练与习题 297

第11章 小波分析 298

11.1 小波及小波分析 298

11.1.1 小波的定义 298

11.1.2 傅里叶变换 300

11.1.3 小波变换 301

11.2 小波分析的基本算法 303

11.2.1 多尺度分析 303

11.2.2 多尺度信号分解(MRSD)算法 304

11.2.3 MRSD算法的改进 306

11.2.4 小波包变换 307

11.3 小波分析的程序设计 309

11.3.1 Matlab工具箱 309

11.3.2 WaveLab简介 310

11.3.3 MRSD算法的程序设计 312

11.3.4 连续小波变换的程序设计 315

11.3.5 小波包分析的程序设计 317

11.4 小波分析的应用 319

11.4.1 数据压缩 319

11.4.2 平滑和滤噪 321

11.4.3 背景扣除与基线矫正 324

11.4.4 近似导数的计算 326

11.4.5 重叠信号解析 328

11.4.6 谱图分辨率的改善 330

11.4.7 小波分析的其他应用 331

上机训练与习题 332

第12章 免疫算法 334

12.1 免疫算法的原理 334

12.2 一种用于重叠信号解析的免疫算法 335

12.3 免疫优化算法及其应用 340

上机训练与习题 343

主要参考文献 345